生信分析發(fā)展到現(xiàn)在，內(nèi)卷的現(xiàn)狀確實(shí)是亟待解決的···

走在發(fā)文第一線的小云也是一直在找各種突破口，常規(guī)生信的突破點(diǎn)一個(gè)是思路創(chuàng)新，一個(gè)是加驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)；非常規(guī)生信可以做臨床公共數(shù)據(jù)挖掘+分析（比如SEER和NHANES數(shù)據(jù)庫(kù)），或者孟德?tīng)栯S機(jī)化來(lái)實(shí)現(xiàn)換道超車(chē)（ps：小云前面已經(jīng)分享過(guò)了臨床公共數(shù)據(jù)分析和孟德?tīng)栯S機(jī)化相關(guān)文獻(xiàn)解讀，感興趣的小伙伴歡迎進(jìn)入公眾號(hào)搜索或點(diǎn)擊文末鏈接觀看哦）

這次推薦一個(gè)不怕思路撞車(chē)的新路子——病理分析聯(lián)合生信！既包含了實(shí)驗(yàn)部分（可以堵住部分不接受純生信雜志的嘴），又實(shí)現(xiàn)了思路創(chuàng)新，直接兩個(gè)突破口都占全了，一舉兩得預(yù)定高質(zhì)量文章~?~

具體怎么操作？下面上實(shí)例！這個(gè)接近6分的文章是利用病理聯(lián)合生信來(lái)分析免疫相關(guān)單基因，分析思路很簡(jiǎn)單，但創(chuàng)新性確實(shí)杠杠的！手握目標(biāo)基因想做生信創(chuàng)新思路的朋友快上車(chē)，高分文章在向你招手啦！

l?題目：LILRB1+免疫細(xì)胞浸潤(rùn)識(shí)別免疫抑制微環(huán)境和卵巢癌患者的不良預(yù)后

l?雜志：International Immunopharmacology

l?影響因子：IF=5.714

l?發(fā)表時(shí)間：2023年4月

研究背景

免疫檢查點(diǎn)抑制劑常用于各種類(lèi)型的癌癥，但其在卵巢癌(OC)中的療效有限。因此，識(shí)別新的免疫相關(guān)治療靶點(diǎn)至關(guān)重要。白細(xì)胞免疫球蛋白樣受體亞家族B1 (LILRB1)是人類(lèi)白細(xì)胞抗原G (HLA-G)的關(guān)鍵受體，參與免疫耐受，但其在腫瘤免疫中的作用尚不清楚。

數(shù)據(jù)來(lái)源

研究思路

首先在自有隊(duì)列中用IHC檢測(cè)了LILRB1在卵巢癌和正常組織中的表達(dá)，然后分析其在腫瘤細(xì)胞（TC）和免疫細(xì)胞（IC）上的表達(dá)，并探索LILRB1表達(dá)和OC患者臨床病理特征之間的相關(guān)關(guān)系。利用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)分析LILRB1表達(dá)與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的相關(guān)性。在TCGA隊(duì)列中分析LILRB1表達(dá)高組和低組之間22種腫瘤浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞水平的差異，以及免疫抑制分子表達(dá)差異。進(jìn)一步分析LILRB1表達(dá)與特異性免疫細(xì)胞亞型表面標(biāo)記和分泌因子的相關(guān)性。在TCGA隊(duì)列和自有隊(duì)列中進(jìn)行KM生存分析評(píng)估LILRB1和OC患者預(yù)后結(jié)果之間的關(guān)系。最后利用IHC分析LILRB1和CD8+T細(xì)胞的相關(guān)性，并評(píng)估LILRB1和CD8組合的預(yù)后價(jià)值。

主要結(jié)果

1. ICs和TCs上LILRB1表達(dá)與臨床病理參數(shù)相關(guān)性分析

首先在自有隊(duì)列中用IHC檢測(cè)了LILRB1在卵巢癌和正常組織中的表達(dá)（圖1A），LILRB1在OC中顯著高表達(dá)。然后分析LILRB1在TC和IC中的表達(dá)情況，利用免疫熒光檢測(cè)LILRB1和免疫細(xì)胞標(biāo)記CD45以及腫瘤細(xì)胞標(biāo)記pan-CK的共定位，結(jié)果表明LILRB1在TCs和ICs上均有表達(dá)（圖1D-F）。接下來(lái)探索LILRB1表達(dá)和OC患者臨床病理特征之間的相關(guān)關(guān)系（表1）。

表1?LILRB1表達(dá)和OC患者臨床病理特征之間的相關(guān)性分析

2. LILRB1表達(dá)與腫瘤微環(huán)境的相關(guān)性分析

作者利用TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)分析LILRB1表達(dá)與腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的相關(guān)性（圖2A）。在TCGA隊(duì)列中分析LILRB1表達(dá)高組和低組之間22種腫瘤浸潤(rùn)性免疫細(xì)胞水平的差異（圖2B），以及免疫抑制分子表達(dá)差異（圖2C），進(jìn)一步分析LILRB1表達(dá)與免疫抑制基因特征之間的相關(guān)性（圖2D）。結(jié)果顯示，較高的LILRB1表達(dá)水平有助于建立免疫抑制腫瘤微環(huán)境。接下來(lái)，作者分析了LILRB1表達(dá)與巨噬細(xì)胞、DC細(xì)胞和細(xì)胞毒性T細(xì)胞中一系列免疫細(xì)胞表面標(biāo)記物和細(xì)胞因子之間的相關(guān)性（圖3A,?B），分析顯示LILRB1的高表達(dá)水平與免疫抑制表型正相關(guān)。（ps：各種免疫浸潤(rùn)分析也可以用小云新開(kāi)發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來(lái)參觀喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。?

圖3?LILRB1表達(dá)與特異性免疫細(xì)胞亞型的相關(guān)性分析

3. LILRB1表達(dá)與預(yù)后的相關(guān)性分析

基于TCGA數(shù)據(jù)，使用KM曲線分析LILRB1高、低表達(dá)組間的OS和PFS預(yù)后差異（圖4A, B），發(fā)現(xiàn)LILRB1高表達(dá)僅與不良PFS相關(guān)，與不良OS無(wú)關(guān)。然后對(duì)ICs、TCs和all細(xì)胞上的LILRB1表達(dá)進(jìn)行了進(jìn)一步KM生存分析，IC 上LILRB1過(guò)表達(dá)與較差的OS和PFS顯著相關(guān)（圖4 C, D）。根據(jù)腫瘤復(fù)發(fā)/進(jìn)展是否發(fā)生在小于或大于6個(gè)月，患者被分為鉑類(lèi)敏感或耐藥，比較鉑類(lèi)敏感或耐藥患者ICs、TCs和all細(xì)胞上的LILRB1表達(dá)差異（圖4E），結(jié)果顯示在鉑耐藥患者的ICs上觀察到更高的LILRB1表達(dá)。

圖4 LILRB1表達(dá)與預(yù)后的相關(guān)性分析

4.?LILRB1表達(dá)與CD8+T細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性分析及其組合的預(yù)后價(jià)值評(píng)估

上述結(jié)果表明LILRB1高表達(dá)與免疫抑制相關(guān)，所以作者推測(cè)LILRB1+ICs可能抑制抗腫瘤CD8+ T細(xì)胞功能，通過(guò)IHC染色比較低和高水平LILRB1+ ICs的患者亞組中的CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)水平（圖5A），并分析LILRB1+ ICs的數(shù)量和CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)之間的相關(guān)性（圖5B）。然后根據(jù)LILRB1+?IC和CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)將OC患者分為四個(gè)亞組，并利用KM曲線比較4個(gè)亞組的生存結(jié)果（圖4C），結(jié)果表明，具有高CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)和低LILRB1+?IC水平的患者的預(yù)后比其他患者亞組好。通過(guò)IHC進(jìn)一步研究了接受抗PD-1/PD-L1治療的復(fù)發(fā)性O(shè)C患者樣本中的LILRB1+ IC和CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)（圖5D），結(jié)果顯示對(duì)免疫療法有反應(yīng)的患者表現(xiàn)出高水平的CD8+ T細(xì)胞浸潤(rùn)和低水平的LILRB1+?IC浸潤(rùn)。（ps：KM曲線繪制也可以用云生信平臺(tái)分析工具實(shí)現(xiàn)哦，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html，歡迎朋友們來(lái)探索~?~）

圖5 LILRB1表達(dá)與CD8+T細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性分析

文章小結(jié)

這個(gè)文章針對(duì)單個(gè)基因進(jìn)行IHC分析和生信分析，病理與生信兩者聯(lián)合在文章中非常加分，是個(gè)大亮點(diǎn)。文章整體基調(diào)定位與免疫方向，也是生信大熱點(diǎn)，創(chuàng)新性再次疊加，直接拿下5.7分+，很贊哦！手握目標(biāo)基因，想做創(chuàng)新性分析的小伙伴，不要猶豫啦，用上這個(gè)思路行動(dòng)起來(lái)吧！