? ? 各位看官老爺們大家好，俗話說，萬丈高樓平地起，今天小果就帶大家學(xué)習(xí)下生物信息學(xué)習(xí)過程經(jīng)常用到的最基礎(chǔ)但也是最實(shí)用的一些linux命令，當(dāng)你的小伙伴們還在使用鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)的時(shí)候，你只要一個(gè)命令行就可以解決大部分重復(fù)的工作，而學(xué)習(xí)這些命令只需要花費(fèi)很短的時(shí)間哦。

? ? 這里小果先給大家簡(jiǎn)單的介紹一部分，可能不深入但會(huì)盡可能解答詳盡。至于需要掌握到什么層次自然是見仁見智，多多益善了。當(dāng)然很可能日常使用過程中很多可以不掌握也不出問題，但是畢竟有備無患么。

基本操作、常識(shí)部分

一、文件系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)

linux目錄的特殊性，都是windows用戶沒有接觸過的，所以需要了解。包括掛載、創(chuàng)建目錄、cd切換目錄等。

二、權(quán)限管理

這個(gè)對(duì)于windows用戶也會(huì)是一個(gè)十分陌生的領(lǐng)域，因?yàn)閣indows的日常就是不需要處理這些，或者說是無法處理。其中包括用戶與用戶組、執(zhí)行權(quán)限、chmod更改權(quán)限、sudo的使用等。

三、編譯基本操作

安裝軟件是每個(gè)生信人員無法規(guī)避的事情，那么編譯就是十分基本的一件事情，其中包括make、make install、指定編譯輸出地址等。

四、環(huán)境變量

環(huán)境變量是任何一個(gè)linux使用者都很容易出問題的地方，弄清楚可能需要遇到很多的坑問題才可以印象深刻和有比較成熟的經(jīng)驗(yàn)。其中包括$PATH的增減、$PATH的初始化、which和whereis的原理、alias與ln -s的區(qū)別、python的sys.path的由來與用處、虛擬環(huán)境的實(shí)現(xiàn)原理，bashrc配置環(huán)境等。

1、cd # 切換目錄

2、ls -alF # list all files?瀏覽該目錄下所有的文件（包括文件夾和文件）

3、head \ tail # 獲取首尾行數(shù)

4、export #賦值環(huán)境變量

5、top??# 系統(tǒng)負(fù)荷監(jiān)控

6、less\ more \ vi \ vim # 各種文本閱讀\編輯工具

7、gzip \ tar \ bzip \ # 各種壓縮軟件

8、which \ whereis # 獲取命令源文件地址

9、find # 搜索文件

10、cat \ echo # 打開文件\print?#打印字符串

11、wc #統(tǒng)計(jì)行數(shù)、字?jǐn)?shù)

12、bg \ fg \ jobs # 后臺(tái)、前臺(tái)、查看后臺(tái)任務(wù)下載

13、ifconfig # 查看網(wǎng)卡、ip

14、touch \ mkdir # 創(chuàng)建文件、文件夾

15、chown \ chmod \ chgrp #改變所有者、權(quán)限、所有組

16、rm \ cp \ mv # 刪除、復(fù)制、改名/移動(dòng)/剪切

17、ssh \ scp # ssh登錄、基于ssh的cp

18、wget \ curl?\git clone?# 下載

19、ps -ef # 查看所有進(jìn)程

20、grep # 正則匹配要求字符串

當(dāng)然，這些只是最基礎(chǔ)的命令，還有很多衍生命令小果將會(huì)在后面陸續(xù)分享給大家。