通過(guò)前四篇推文（詳細(xì)內(nèi)容可以點(diǎn)擊《轉(zhuǎn)錄組分析<一>之Hisat2不完全使用指南一》、《轉(zhuǎn)錄組分析<二>之Hisat2不完全使用指南二》、《轉(zhuǎn)錄組分析<三>之Stringtie不完全使用指南》和《轉(zhuǎn)錄組分析<四>之使用DEseq2/edgeR進(jìn)行差異分析》），讀者可以完成測(cè)序數(shù)據(jù)的比對(duì)、定量和差異表達(dá)基因。但是，我們有可能會(huì)發(fā)現(xiàn)分析的結(jié)果不夠理想，卻不知從何處找原因。這里就不得不提到轉(zhuǎn)錄組分析中最基礎(chǔ)，也是最重要的環(huán)節(jié)之一，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)控。

一?質(zhì)控原因

現(xiàn)在常用的測(cè)序儀器如Illumina，其下機(jī)的數(shù)據(jù)常常是包含接頭的，低質(zhì)量的reads，含有大量N的read。因此，我們首先需要對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾，去掉這些可能會(huì)干擾結(jié)果的reads。之后，我們就會(huì)得到clean data。但是，對(duì)于這些clean data是否需要再評(píng)估一下呢。答案顯然是yes!

二?質(zhì)控流程

1 單個(gè)測(cè)序文件的質(zhì)控

那么，就需要使用到一個(gè)重要的分析工具：Fastqc。下面，我將通過(guò)四行代碼介紹如何使用fastqc去進(jìn)行質(zhì)量的評(píng)估（下載程序、解壓程序，進(jìn)入目錄，運(yùn)行程序）。

完成上述步驟后，每個(gè)測(cè)序文件都生成一個(gè)html文件和文件夾。使用瀏覽器打開(kāi)html文件夾，我們就可以查看各個(gè)測(cè)序文件的質(zhì)控結(jié)果。

2 多個(gè)測(cè)序文件的質(zhì)控結(jié)果整合

這里會(huì)有一個(gè)問(wèn)題，如果我們有幾十個(gè)測(cè)序文件，那我們?cè)撊绾握线@些測(cè)序文件的質(zhì)控結(jié)果到一個(gè)文件中呢？這里就得介紹一個(gè)軟件multiqc（網(wǎng)址為https://multiqc.info/）。使用這個(gè)軟件，我們就可以實(shí)現(xiàn)兩步完成對(duì)多個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的質(zhì)控結(jié)果的整合。

運(yùn)行完上述代碼之后，我們就會(huì)在當(dāng)前目錄下產(chǎn)生一個(gè)html文件和一個(gè)文件夾：multiqc_report.html和文件夾multiqc_data。此時(shí)html文件會(huì)將所有的結(jié)果整合。因?yàn)閳D1已經(jīng)展示了質(zhì)控的評(píng)價(jià)指標(biāo)，而multiqc僅僅是對(duì)這些結(jié)果的整合，因此，下文僅以圖1中的‘2每個(gè)位置堿基質(zhì)量’整合結(jié)果進(jìn)行介紹，其余指標(biāo)也可參照相應(yīng)結(jié)果進(jìn)行解析。

如圖2所示，整合結(jié)果中一方面會(huì)顯示多少樣品達(dá)標(biāo)，另一方面也會(huì)將所有樣品的質(zhì)控結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，并以圖的形式展出。

三 結(jié)果評(píng)估

實(shí)際上，質(zhì)控結(jié)果中我們首先需要重點(diǎn)關(guān)注的是‘2 每個(gè)位置堿基質(zhì)量’、‘4 每個(gè)序列質(zhì)量得分’和‘11 序列中接頭含量’。而其余指標(biāo)則需要依據(jù)最終結(jié)果進(jìn)行選擇，如果影響后續(xù)分析，則需要根據(jù)結(jié)果重新對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行過(guò)濾。

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另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。