大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第12期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)7篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、人類腫瘤中同一細(xì)胞基因型和表型的高通量單細(xì)胞長讀測序分析

High throughput single cell long-read sequencing analyses of same-cell genotypes and phenotypes in human tumors

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39813-7

內(nèi)容概要：介紹了一種名為scNanoGPS的單細(xì)胞長讀測序分析方法，可以在不依賴短讀或白名單的情況下計(jì)算同一細(xì)胞的基因型和表型。將scNanoGPS應(yīng)用于4種腫瘤和2種細(xì)胞系的23,587個(gè)長讀轉(zhuǎn)錄組，發(fā)現(xiàn)腫瘤和基質(zhì)/免疫細(xì)胞表達(dá)不同的基因亞型組合，并且不同細(xì)胞類型存在特異性的突變。

2、空間細(xì)胞結(jié)構(gòu)預(yù)測膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的預(yù)后

Spatial cellular architecture predicts prognosis in glioblastoma

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39933-0

內(nèi)容概要：利用scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，開發(fā)了一個(gè)深度學(xué)習(xí)模型，從組織學(xué)圖像中預(yù)測膠質(zhì)母細(xì)胞瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄亞型，并分析了410名患者的4,000萬組織spots，發(fā)現(xiàn)腫瘤結(jié)構(gòu)與預(yù)后之間存在一致的關(guān)聯(lián)。預(yù)后不良的患者表現(xiàn)出更高比例的腫瘤細(xì)胞表達(dá)缺氧誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄程序。此外，星形膠質(zhì)細(xì)胞樣腫瘤細(xì)胞的聚集模式與較差的預(yù)后相關(guān)，而星形膠質(zhì)細(xì)胞的分散和與其他轉(zhuǎn)錄亞型的連接與風(fēng)險(xiǎn)降低相關(guān)。

3、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)相關(guān)電子顯微鏡揭示大腦損傷的轉(zhuǎn)錄和超微結(jié)構(gòu)反應(yīng)

Spatial transcriptomics-correlated electron microscopy maps transcriptional and ultrastructural responses to brain injury

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-39447-9

內(nèi)容概要：介紹了一種新的方法，通過在相鄰組織切片上集成MERFISH和大面積體積電子顯微鏡（electron microscopy，EM）技術(shù)，將單個(gè)細(xì)胞的空間定位基因表達(dá)與其超微結(jié)構(gòu)形態(tài)聯(lián)系起來，以研究腦損傷后膠質(zhì)細(xì)胞和浸潤性T細(xì)胞的反應(yīng)。通過該方法繪制了脫髓鞘腦損傷后單細(xì)胞的空間、超微結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄重組的綜合視圖。

4、空間轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示與膠質(zhì)母細(xì)胞瘤復(fù)發(fā)相關(guān)的浸潤性5ALA代謝細(xì)胞的獨(dú)特分子特征

Spatially resolved transcriptomic profiles reveal unique defining molecular features of infiltrative 5ALA-metabolizing cells associated with glioblastoma recurrence

Genome Medicine; IF: 12.300; DOI: 10.1186/s13073-023-01207-1

內(nèi)容概要：通過空間分辨率的轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)浸潤性5–氨基酮戊酸（5ALA）+代謝細(xì)胞群存在于空間上與腫瘤核心不同的侵襲邊緣內(nèi)，含有轉(zhuǎn)錄一致的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（glioblastoma，GBM）和骨髓細(xì)胞，具有間充質(zhì)亞型、活躍的傷口反應(yīng)和糖酵解代謝特征。此外，5ALA+代謝細(xì)胞的基因特征與GBM的低生存率和復(fù)發(fā)有關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)為開發(fā)更有效的治療方法提供了可能性，并強(qiáng)調(diào)了在原發(fā)性腫瘤手術(shù)切除后盡早開始治療的重要性。

5、胰腺導(dǎo)管腺癌誘導(dǎo)神經(jīng)損傷以促進(jìn)周圍神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和功能修復(fù)特征

Pancreatic ductal adenocarcinoma induces neural injury that promotes a transcriptomic and functional repair signature by peripheral neuroglia

Oncogene; IF: 8.000; DOI: 10.1038/s41388-023-02775-7

內(nèi)容概要：使用數(shù)字空間分析研究神經(jīng)周圍浸潤（perineural invasion，PNI）期間胰腺導(dǎo)管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）腫瘤的轉(zhuǎn)錄組變化，并對(duì)其神經(jīng)微環(huán)境中存在的神經(jīng)支持細(xì)胞類型進(jìn)行功能分析，揭示了固體腫瘤對(duì)局部神經(jīng)損傷的常見基因表達(dá)模式，為PDAC和其他胃腸道癌癥的腫瘤-神經(jīng)微環(huán)境的病理生物學(xué)提供了新的見解。

6、深度學(xué)習(xí)識(shí)別T細(xì)胞耗竭依賴性轉(zhuǎn)錄特征以用于預(yù)測臨床結(jié)果和對(duì)免疫檢查點(diǎn)封鎖的反應(yīng)

Deep learning identifies a T-cell exhaustion-dependent transcriptional signature for predicting clinical outcomes and response to immune checkpoint blockade

Oncogenesis; IF: 6.200; DOI: 10.1038/s41389-023-00482-2

內(nèi)容概要：使用單細(xì)胞和bulk轉(zhuǎn)錄組分析研究免疫檢查點(diǎn)阻斷（immune checkpoint blockade，ICB）治療期間T細(xì)胞耗竭（T-cell exhaustion，TEX）的分子特征動(dòng)態(tài)變化，并證明了與ICB反應(yīng)相關(guān)的不同耗竭分子特征。通過應(yīng)用深度學(xué)習(xí)計(jì)算框架，鑒定出一個(gè)由16個(gè)TEX相關(guān)基因組成的ICB相關(guān)轉(zhuǎn)錄特征，稱為ITGs。將16個(gè)ITGs納入機(jī)器學(xué)習(xí)模型MLTIP中，能可靠地預(yù)測臨床ICB反應(yīng)，以及多個(gè)ICB治療隊(duì)列的總生存期。該研究結(jié)果強(qiáng)調(diào)了這種依賴于TEX轉(zhuǎn)錄特征作為精確患者分層和個(gè)性化免疫治療工具的潛力，具有在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中的臨床應(yīng)用前景。

7、水平轉(zhuǎn)移糖基水解酶基因GH6-1在玻璃海鞘胚胎發(fā)育中的表達(dá)和可能功能

Expression and possible functions of a horizontally transferred glycosyl hydrolase gene,?GH6-1, in Ciona embryogenesis

EvoDevo; IF: 4.100; DOI: 10.1186/s13227-023-00215-x

內(nèi)容概要：結(jié)合定量反轉(zhuǎn)錄PCR、原位雜交和scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)糖基水解酶基因GH6-1（一種原核生物基因水平基因轉(zhuǎn)移起源的基因）被募集到玻璃海鞘 (Ciona)基因組中，并在玻璃海鞘胚胎的表皮細(xì)胞中表達(dá)和發(fā)揮作用。纖維素合成酶基因CesA和GH6-1都參與被囊動(dòng)物纖維素代謝，影響被囊動(dòng)物形態(tài)和生態(tài)。

《時(shí)空日?qǐng)?bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識(shí)，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。