在安裝RepeatModeler-2.0.1時，第一步配置configure文件，perl configure時提醒沒有安裝Perl的File::Which模塊。

The following perl modules required by RepeatModeler are missing from your system.? Please install these first:??? File::Which

因為我沒有root權(quán)限，那么學(xué)一下非root用戶怎么安裝perl模塊。

如果是非root用戶，很難用自動的cpan下載器，總有一些模塊用cpan下載失敗。

這樣只能下載模塊源碼，然后編譯，但是編譯有個問題，很多模塊居然是依賴于其它模塊的，你的不停地下載其它依賴模塊，最后才能解決，特別麻煩！我曾遇到這種情況，最后因為依賴太多了就放棄了。這種手工下載的方式安裝perl模塊的方式幾乎就是不可行。

查到了非root用戶運行下面的代碼獲取自己的私人cpan下載器的方法，在自己的目錄下試一試。

就能擁有一個私人的cpan下載器，~/.bashrc可能需要更改為.bash_profile, . profile, etc等等，取決于你的linux系統(tǒng)！

然后直接運行cpanm File::Which，就跟root用戶一樣的可以下載模塊啦！

cpanm File::Which運行后，

然后回到RepeatModeler-2.0.1目錄，再配置configure文件，perl configure，之前的安裝Perl模塊的報錯提醒就沒有了。

成功安裝了File:Which模塊。

報錯提醒：

一、yum安裝報錯

因為perl模塊是Linux世界中非常重要的組成部分，因此centos或者ubuntu默認(rèn)的軟件源中都會內(nèi)置大量perl的模塊，采用這種方式安裝是最好的方式，因為來自軟件源里的內(nèi)容都會安裝成功，并且自動解決好依賴。首推這種方式。

1、首先，利用yum search進(jìn)行搜索，

yum search File::Which

2、找到對應(yīng)的模塊，使用安裝。

yum install -y rh-perl524-perl-File-Which.noarch

報錯提醒：

Loaded plugins: fastestmirror, langpacks

Repodata is over 2 weeks old. Install yum-cron? Or run: yum makecache fast

You need to be root to perform this command.

二、cpan>install File::Which安裝這個perl模塊

許久沒有反應(yīng)，放棄。

如果是root用戶，直接用cpan下載器，幾乎能解決所有的模塊下載安裝問題！

但是如果是非root用戶，很難用自動的cpan下載器，總有一些模塊用cpan下載失敗。

參考：

http://www.bio-info-trainee.com/2451.html

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