生脈飲治療COVID-19重癥作用機制的網(wǎng)絡(luò)分析與分子對接研究
?來源??TMR Publishing Group
? 作者??Traditional Medicine Research 編輯部
研究亮點
本文以借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對接,從分子水平深入探討了生脈飲治療COVID-19的初步治療機理。

生脈飲原方為生脈散,由中醫(yī)易水學(xué)派的創(chuàng)始人張元素所創(chuàng),為益氣養(yǎng)陰的著名古方,該方由山人參、麥冬、北五味子組成。最早出現(xiàn)于《醫(yī)學(xué)啟源》,經(jīng)歷代醫(yī)家證實,該方由《傷寒雜病論》中所提及的復(fù)脈湯(又名炙甘草湯)加減化裁而來。
著名溫病學(xué)家吳鞠通認為此方益氣生津、固護陰陽而固脫救急,可用于治療高熱津傷或溫病所致的氣隨液脫之證,歷代醫(yī)家也對此方面的應(yīng)用較為廣泛,廣泛運用于臨床各科疾病。
現(xiàn)代藥理研究表明:生脈飲具有改善神經(jīng)系統(tǒng)功能,保護胃腸道、肝臟、心臟,改善機體免疫功能、造血功能及抗休克等作用。具體到可通過調(diào)節(jié)維生素C和脯氨酸、牛磺酸和?;撬?,可以起到抗氧化、抗炎、改善免疫功能和微循環(huán)的作用。此外,據(jù)報道,生脈飲對穩(wěn)定血氧飽和度和提高患者的氧水平有一定的影響可有效預(yù)防COVID-19的破壞,在危重病的臨床治療中起著重要的作用。
研究背景
目前,全球暴發(fā)的一種新型冠狀病毒肺炎( Coronavirus Disease 2019,COVID-19) 是由新型冠狀病毒引起的傳染性疾病。截至2020年11月27日12:00,《世界衛(wèi)生組織冠狀病毒狀況報告》(COVID-19)顯示:新冠狀病毒疫情已經(jīng)影響了除中國外的215個國家,世界各地的COVID-19已確認感染患者達到614萬,死亡14.4萬。盡管每個國家的健康保護系統(tǒng)都在努力控制這些疾病,但全球的COVID-19仍在持續(xù)蔓延。目前尚無治療特效藥物,尋找治療COVID-19的有效藥物或研發(fā)疫苗迫在眉睫。
COVID-19患者臨床上主要表現(xiàn)出發(fā)熱、干咳和乏力 等癥狀,該病毒具有潛伏 期長、傳染性強、各類人群普遍易感等特點。結(jié)合武漢地區(qū)的背景,新冠狀病毒肺炎適合我國傳統(tǒng)疾病的中醫(yī)學(xué)辨證分型?!缎滦凸跔畈《靖腥镜姆窝自\療方案( 試行第五版)》認為患者恢復(fù)期為肺脾氣虛證,主要表現(xiàn)為氣短、倦怠乏力、納差嘔惡、痞滿、大便無力、便溏不爽、舌淡胖和苔白膩等癥狀?;诖?,生脈飲及其制劑作為治療氣陰兩虛證的代表方劑而被廣泛推薦。
生脈飲注射液(生脈注射液)(中國藥監(jiān)局批準文號:Z32021056)是由生脈湯經(jīng)劑型改革獲得的現(xiàn)代新劑型,不僅副作用明顯減小,而且臨床應(yīng)用的安全性也大幅度提高,抗擊COVID-19中已被列入治療推薦。
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方法
利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TCMSP)、 BATMAN、 UniProt 數(shù)據(jù)庫和已發(fā)表的文獻中已報道的對COVID-19有治療作用的化合物篩選生脈飲的有效成分和作用靶點,構(gòu)建生脈飲的“藥物-活性化合物-靶點”網(wǎng)絡(luò)。使用GeneCards數(shù)據(jù)庫篩選出COVID-19的目標靶點。進一步構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖,并Cytoscape 軟件構(gòu)建活性成分、靶點和疾病網(wǎng)絡(luò)圖。此后,使用metascape網(wǎng)站和 David 數(shù)據(jù)庫進行GO和KEGG關(guān)鍵目標富集分析。
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結(jié)果
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生脈飲有效成分的收集
從TCMSP中收集到49種主要活性成分(紅參9種,五味子40種),BATMAN-TCM中收集到的22種麥冬主要活性成分。
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生脈飲藥物活性成分靶標網(wǎng)絡(luò)分析
用Cytoscape軟件構(gòu)建了Cytoscape活性靶網(wǎng)絡(luò),網(wǎng)絡(luò)圖直接反映了藥物、化合物和靶點之間的相互作用。它包含531個節(jié)點和292140個邊緣:531個節(jié)點包括3個中藥(紅色V形)、71個活性成分(黃色八角形:9個紅參活性成分;紅色圓圈:40個五味子活性成分;綠色菱形:22個麥冬活性成分)和457個靶基因(粉紅色六邊形)。

圖1 藥物活性化合物靶基因網(wǎng)絡(luò)
生脈湯復(fù)方共同靶病網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及關(guān)鍵基因的篩選
繪制了259個與COVID-19相關(guān)的靶點。457個生脈湯作用靶點,如圖所示(圖2A)。粉紅色圓圈代表生脈湯的靶點,綠色圓圈代表COVID-19的靶點,交叉部位的33個常見靶點是生脈湯治療COVID-19的潛在靶點。此外,利用能夠提供蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(包括直接(物理)和間接(功能)相關(guān)性)的嚴格評估和整合的PPI網(wǎng)絡(luò),構(gòu)建一個由疾病COVID-19(淺藍色菱形)組成的復(fù)合共靶疾病網(wǎng)絡(luò)(圖2B),33個常見靶點(橙色和紅色V形,黃色圓形),54個活性化合物(綠色橢圓形)。

圖2 與COVID-19相關(guān)的共同靶蛋白的相關(guān)網(wǎng)絡(luò)。(A) 目標的維恩圖。(B) 復(fù)合常見靶病網(wǎng)絡(luò)。
生脈湯治療COVID-19常見靶點的GO富集分析
收集到352個項目,包括264個生物過程(BP)、57個分子功能(MF)和31個細胞成分(CC)。

圖3 常見目標GO富集分析柱狀圖。BP,生物過程;MF,分子功能;CC,細胞成分。
生脈湯治療COVID-19常見靶點的KEGG富集分析

圖4生脈湯對某些信號通路的調(diào)節(jié)作用。(A) 生脈湯對線粒體活化蛋白激酶信號通路的調(diào)控。(B) 生脈湯在結(jié)核病途徑中的調(diào)節(jié)作用。(C) 生脈湯對細胞凋亡途徑的調(diào)控作用。(D) 生脈湯對腫瘤壞死因子信號通路的調(diào)節(jié)作用。(E) 生脈湯對乙型肝炎途徑的調(diào)節(jié)作用。(F) 生脈湯對腫瘤相關(guān)通路的調(diào)節(jié)作用。
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圖5 2019年與冠狀病毒疾病相關(guān)的共同靶蛋白的基因和基因組分析KEGG圖表。(A)前20個KEGG路徑的氣泡圖。(B)前20個KEGG路徑和相應(yīng)目標的弦圖。
分子對接結(jié)果

圖6 5個重要靶點與最高排序的生脈飲化合物組合模式圖。(A) 半胱氨酸蛋白酶-8和5,7-二羥基-2-(4-羥基-3-甲氧基苯基)-6((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羥基-6-(羥甲基)氧代-2-基)氧化鉻-4-酮的圖案圖。(B) 腫瘤壞死因子與5,7-二羥基-2-(4-羥基-3-甲氧基苯基)-6-((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羥基-6(羥甲基)氧代-2-基)氧化鉻-4-酮的模式圖。(C) C-C基序趨化因子3和5,7-二羥基-2-(4-羥基-3-甲氧基苯基)-6-((2S,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-三羥基-6-(羥甲基)氧代-2-y l)氧化鉻-4-酮的模式圖。(D) caspase-3和(-)-Gomisin L1的模式圖。(E) 凋亡調(diào)節(jié)因子Bcl-2和(-)-Gomisin L1的模式圖。
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結(jié)果
活性組分-目標網(wǎng)絡(luò)包含73種主要化合物和457個目標。
通過對33個共同靶點的拓撲分析,獲得了前5個主要活性成分(氫醌、鳥苷、麥冬c、麥冬b、麥冬d。
使用 Matthews相關(guān)系數(shù)算法,關(guān)鍵靶點包括白蛋白、腫瘤壞死因子-α 和環(huán)腺苷反應(yīng)元件結(jié)合。
結(jié)果表明,生脈湯煎液中的化合物具有良好的結(jié)合作用,與 caspase-8、 caspase-3、凋亡調(diào)節(jié)因子 Bcl-2、腫瘤壞死因子-α、 C-C 基序趨化因子3有較強的相互作用,可抑制炎癥反應(yīng),改善肺損傷。
此外,GO富集獲得31個生物學(xué)通路,主要與脂多糖反應(yīng)和細胞因子介導(dǎo)的信號通路有關(guān); KEGG獲得了71個生物學(xué)過程,主要與肺結(jié)核、乙型肝炎和有絲分裂原活化蛋白激酶信號通路有關(guān)
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結(jié)論
綜上所述,在本研究中,我們描述了生脈湯具有多組分、多靶點的特點,并且我們預(yù)測它可以通過抑制炎癥反應(yīng)、促進抗病毒活性、調(diào)節(jié)免疫等功能來減輕肺損傷,從而治療重癥COVID-19患者。但對生脈湯的藥理研究較少,因此,本研究結(jié)果在一定程度上反映了生脈湯對機體的整體調(diào)節(jié)作用,可為重度COVID-19患者的治療提供一定的理論支持。由于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的局限性,需要在后期對主要活性成分、關(guān)鍵靶點和途徑進行驗證,為藥物的開發(fā)提供理論和實驗依據(jù)。
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Jia-Ting Su, Xiao-Ling Li, Yu-Ge Huang, et al.?Network analysis and molecular docking of the mechanism?of Shengmai decoction in treating patients with severe novel coronavirus pneumonia.?Traditional Medicine Research?2020, 6?(4): 33. doi: 10.12032/TMR20201117207
傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)研究 Traditional Medicine Research(ISSN 2413-3973)
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