大家好！我是BioLadder生物信息在線可視化云平臺(tái)的工程師小宇，今天我來(lái)給大家分享怎樣用BioLadder畫(huà)出常見(jiàn)的序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo！

?如果您反饋問(wèn)題，報(bào)告Bug，提出新的需求，請(qǐng)直接在公眾號(hào)內(nèi)發(fā)留言給我哦！為感謝您對(duì)BioLadder的認(rèn)可我們還有星爸爸同款收納包相贈(zèng)哦！小宇先謝謝大家嘍！

1.序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo？

序列標(biāo)識(shí)圖（sequence logo），序列標(biāo)識(shí)圖就是序列的logo，它是以圖形的方式依次繪出序列比對(duì)中各個(gè)位置上出現(xiàn)的殘基，每個(gè)位置上殘基的累積可以反映出該位置上殘基的一致性。每個(gè)殘基對(duì)應(yīng)圖形字符的大小與殘基在該位置上出現(xiàn)的頻率成正比。在生物信息分析中，經(jīng)常需要做序列標(biāo)識(shí)圖。例如，突出序列比對(duì)中的保守位置，用于研究結(jié)構(gòu)域序列相似性等。本文我們就來(lái)討論一下序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo是如何繪制的。

2.繪圖前的數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

demo數(shù)據(jù)可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/seqLogo/demoData.txt下載。數(shù)據(jù)有且只有一列，沒(méi)有行名與列名。內(nèi)容是氨基酸序列或核酸序列。

3. BioLadder生信云平臺(tái)在線繪制序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo

不想寫(xiě)代碼？可以用BioLadder生信云平臺(tái)在線繪制序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo。

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/32

3.1?上傳文件

點(diǎn)擊“選擇”按鈕上傳自己的文件備注：點(diǎn)擊查看按鈕可以查看自己的上傳的數(shù)據(jù)；

點(diǎn)擊下載示例，可以下載demo數(shù)據(jù)；

3.2?調(diào)整參數(shù)

??顯示模式：有”頻率“和”bits“2種選項(xiàng)?！鳖l率“按照百分比分布??自定義顏色：通過(guò)上傳文件定義每個(gè)字母的顏色??橫軸名字：坐標(biāo)軸名稱??縱軸名字：坐標(biāo)軸名稱??標(biāo)題名字：坐標(biāo)軸名稱??坐標(biāo)軸刻度字體大?。鹤煮w大小

??坐標(biāo)軸標(biāo)題字體大小：字體大小

3.3?提交查看

上傳完數(shù)據(jù)，并調(diào)好參數(shù)后，點(diǎn)擊右上方“提交”按鈕，圖像會(huì)出現(xiàn)在左側(cè)。如果沒(méi)有上傳自己的數(shù)據(jù)，會(huì)使用默認(rèn)的demo數(shù)據(jù)繪圖。

3.4?下載

首先，挑選自己想要的格式有png，jpg和pdf供選擇，接著調(diào)整圖片的寬，高和分辨率（注：這里的寬高比會(huì)反饋到左上的繪圖區(qū)），最后點(diǎn)擊“Download”下載按鈕，將圖片保存到本地。

備注：關(guān)于分辨率DPI的解釋，分辨率（DPI）指的是圖像每英寸長(zhǎng)度內(nèi)的像素點(diǎn)數(shù)。假如需要長(zhǎng)10英寸，寬10英寸的，分辨率300的圖片。對(duì)應(yīng)的電腦里的像素就是10*300=3000像素。

4.BioLadder生物信息在線分析可視化云平臺(tái)

網(wǎng)址：https://www.bioladder.cn/BioLadder

目前上線了生物學(xué)分析最常用的50多個(gè)模塊，主要包括以下四類：

數(shù)據(jù)可視化：箱線圖，南丁格爾玫瑰圖，韋恩圖，UpSet圖，餅圖，詞云圖，小提琴圖，餅圖/甜甜圈圖，弦圖，柱形圖等

組學(xué)數(shù)據(jù)分析：序列的多重比對(duì)，表達(dá)數(shù)據(jù)的CV曲線圖，餅圖/甜甜圈圖，T-SNE，熱圖，趨勢(shì)分析的mFuzz，差異分析的火山圖，富集分析的氣泡圖，修飾位點(diǎn)上下游模體分析的seqLogo，Motif熱圖等

功能分析：GO弦圖，相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，富集分析

數(shù)據(jù)預(yù)處理：歸一化，補(bǔ)值，F(xiàn)DR校正，長(zhǎng)寬表互換等

好了序列標(biāo)識(shí)圖seqlogo的繪制就到這里了，后續(xù)大家想要了解什么內(nèi)容可以給我們?cè)u(píng)論反饋，我們會(huì)根據(jù)大家的意見(jiàn)持續(xù)更新。我們歡迎您以任何方式提出您的優(yōu)化意見(jiàn)，使BioLadder平臺(tái)成為廣大科研工作者的生物信息分析首選平臺(tái)！