想做生信分析沒(méi)數(shù)據(jù)怎么辦？

還有其他性價(jià)比高的研究思路嗎？

都2023年了，有的朋友還在糾結(jié)“生信能不能發(fā)？好不好發(fā)？”

就像前幾年的測(cè)序一樣，一開(kāi)始出現(xiàn)的時(shí)候，簡(jiǎn)單做個(gè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序都能發(fā)高分文章，再看看現(xiàn)在，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已成基本操作。一個(gè)新的技術(shù)、發(fā)文形式、熱點(diǎn)方向都是有紅利期的，第一波“吃螃蟹”的人，生信文章已經(jīng)發(fā)的盆滿缽滿了，你還要繼續(xù)觀望嗎？

?現(xiàn)在生信熱點(diǎn)的更新之快，一開(kāi)始還能以簡(jiǎn)單的分析發(fā)高分文章，再往后就要拼思路創(chuàng)新性和驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)了~ ~

（不知道如何找新思路或創(chuàng)新升級(jí)的可以找小云，各種個(gè)性化分析思路等你來(lái)挑~(yú)）

????“干濕結(jié)合”類文章也是生信發(fā)展的大趨勢(shì)。目前常見(jiàn)的是公共數(shù)據(jù)生信分析+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的思路。小云之前也分享過(guò)利用公共數(shù)據(jù)和芯片自測(cè)數(shù)據(jù)的分析思路（詳見(jiàn)文末鏈接~）。

今天再來(lái)看點(diǎn)不一樣的思路：先做自測(cè)數(shù)據(jù)，再利用公共數(shù)據(jù)做驗(yàn)證分析。（ps：這種思路適用于公共數(shù)據(jù)庫(kù)沒(méi)有合適數(shù)據(jù)的情況~）。文章的分析內(nèi)容比較簡(jiǎn)單，容易復(fù)現(xiàn)。而且還關(guān)聯(lián)了Th2細(xì)胞，如果想發(fā)分?jǐn)?shù)高一點(diǎn)的，也可以對(duì)此分析思路進(jìn)行升級(jí)?。?strong>如何升級(jí)？文末有總結(jié)~）

題目：Th2細(xì)胞浸潤(rùn)高級(jí)別漿液性卵巢癌:一個(gè)可能導(dǎo)致預(yù)后不良的特征

雜志：Journal of gynecologic oncology

影響因子：4.756

發(fā)表時(shí)間：2023年3月

研究思路

研究?jī)山M預(yù)后不同的高級(jí)別漿液性卵巢癌(HGSOC)患者轉(zhuǎn)錄組譜的差異，并確定復(fù)發(fā)的潛在生物標(biāo)志物。對(duì)兩組具有不同無(wú)進(jìn)展生存期(PFS)的HGSOC患者進(jìn)行RNA測(cè)序，分析應(yīng)答不良 (PR;PFS≤6個(gè)月)和反應(yīng)良好(GR;PFS≥12個(gè)月)組的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。采用xCell評(píng)估了63個(gè)細(xì)胞在腫瘤微環(huán)境中的豐度。GEO和TCGA數(shù)據(jù)集驗(yàn)證了與復(fù)發(fā)相關(guān)的腫瘤浸潤(rùn)細(xì)胞的預(yù)測(cè)價(jià)值。采用加權(quán)相關(guān)網(wǎng)絡(luò)分析鑒定細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)基因。

主要研究結(jié)果

1.?自測(cè)數(shù)據(jù)

納入10例高級(jí)別漿液性卵巢癌(HGSOC)患者，分為反應(yīng)良好(GR, n=6)組和反應(yīng)不良(PR, n=4)組，分別定義為PFS≥12個(gè)月和≤6個(gè)月。對(duì)10例患者的樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

圖1本研究分析的患者流程圖

2.?分析DEGs并進(jìn)行功能富集分析

分析GR組和PR組的差異表達(dá)基因（DEGs）（圖2A-B）。并進(jìn)行GSEA。生物過(guò)程(BP)中基因富集到免疫相關(guān)通路(圖2C、G、H)。受抑制基因的分子功能(MF)的富集項(xiàng)與受體活性有關(guān)(圖2D)，細(xì)胞成分(CC)的富集項(xiàng)位于質(zhì)膜上(圖2E)。這些結(jié)果表明，與GR組相比，PR組通過(guò)細(xì)胞表面受體抑制了白細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞的相互作用。Ractome Pathway富集的結(jié)果也顯示，被抑制的基因富集到“淋巴細(xì)胞和非淋巴細(xì)胞之間的免疫調(diào)節(jié)相互作用”和“g蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)配體結(jié)合”(圖2F)。說(shuō)明通過(guò)趨化因子和細(xì)胞表面受體抑制非免疫細(xì)胞與免疫細(xì)胞之間的相互作用，可能會(huì)抑制TME中的整體免疫激活，導(dǎo)致白細(xì)胞浸潤(rùn)狀態(tài)的差異，從而影響HGSOC的預(yù)后。

3.?Th2細(xì)胞浸潤(rùn)水平高與HGSOC預(yù)后不良相關(guān)

為了評(píng)估免疫細(xì)胞在TME中的浸潤(rùn)狀態(tài)，使用xCell包分析了每個(gè)樣本中所有細(xì)胞的浸潤(rùn)評(píng)分。在63個(gè)腫瘤浸潤(rùn)細(xì)胞群中，PR組CD8+有效記憶T (Tem)細(xì)胞、Th2細(xì)胞浸潤(rùn)水平顯著高于GR組，而GR組CD4+ T細(xì)胞浸潤(rùn)水平高于PR組(圖3)。

（ps：免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析可以用小云新開(kāi)發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼分析和繪圖小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來(lái)嘗試喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html?）。

圖3.?GR組與PR組的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析

接下來(lái)，作者評(píng)估差異浸潤(rùn)細(xì)胞是否對(duì)HGSOC患者的復(fù)發(fā)有預(yù)測(cè)價(jià)值。利用GEO數(shù)據(jù)繪制時(shí)間相關(guān)的ROC曲線，結(jié)果發(fā)現(xiàn)只有高浸潤(rùn)的Th2細(xì)胞預(yù)示預(yù)后不良，復(fù)發(fā)6個(gè)月時(shí)AUC = 0.84(圖4A)。作者進(jìn)一步利用TCGA-OV隊(duì)列測(cè)試Th2細(xì)胞浸潤(rùn)的預(yù)測(cè)能力。與GR患者相比，PR患者的Th2細(xì)胞浸潤(rùn)明顯更高(圖4B)，Th2細(xì)胞高浸潤(rùn)患者的生存率也明顯較低(圖4C)。

圖4.?GEO和TCGA組中差異浸潤(rùn)細(xì)胞預(yù)后價(jià)值的評(píng)估

4.?Th2細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)基因的鑒定及功能富集分析

利用WGCNA網(wǎng)絡(luò)來(lái)識(shí)別與Th2細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的關(guān)鍵基因(圖5A)。共檢測(cè)到48個(gè)模塊，它們之間的關(guān)系用熱圖表示(圖5B)。其中orangered1模塊(包括72個(gè)基因)與Th2細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的基因顯著性最高(圖5C)。

作者對(duì)orangered1模塊進(jìn)行了GO富集分析，發(fā)現(xiàn)72個(gè)基因主要富集于細(xì)胞外基質(zhì)組織和整合素結(jié)合(圖5D和E)，說(shuō)明細(xì)胞外基質(zhì)和整合素對(duì)Th2細(xì)胞浸潤(rùn)的重要作用，可能影響HGSOC的預(yù)后。

圖5.?鑒定與Th2細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的模塊，并對(duì)模塊基因進(jìn)行GO富集分析

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總結(jié)

這篇文章不是先利用公共數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，而是收集臨床樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，再對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析，而公共數(shù)據(jù)用來(lái)做輔助驗(yàn)證分析，思路有別于常見(jiàn)的公共數(shù)據(jù)分析+樣本驗(yàn)證的模式。

如果公共數(shù)據(jù)沒(méi)有你感興趣的疾病方向，想做生信分析沒(méi)數(shù)據(jù)，可以考慮做測(cè)序，用自測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，也是一個(gè)不錯(cuò)的選擇，而且普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序價(jià)格不貴，可以嘗試。如果沒(méi)有臨床樣本也可以用細(xì)胞或動(dòng)物樣本做測(cè)序~

另外，這篇文章的思路也可升級(jí)？接下來(lái)可以針對(duì)Th2細(xì)胞相關(guān)的關(guān)鍵基因進(jìn)行分析，比如預(yù)后模型、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分、功能富集分析、免疫浸潤(rùn)等等。當(dāng)然還可以加入單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析以及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，為后續(xù)課題做基礎(chǔ)。

如果你還苦惱于生信分析沒(méi)有思路，或者嫌分析方法太過(guò)簡(jiǎn)單、太過(guò)老套，想要?jiǎng)?chuàng)新思路的，或者對(duì)免疫細(xì)胞等熱點(diǎn)方向感興趣的小伙伴快來(lái)聯(lián)系小云吧！