空間代謝組分析內容解析(數(shù)據(jù)挖掘必看)
空間代謝組學可開展生物組織中代謝物成像與原位分析,有利于掌握機體生理或病理相關的代謝物變化規(guī)律和時空分布特征,能深層次地理解其在生命活動及病變過程中的作用和機制。空間代謝組學首先可得到物質的分布信息,然后根據(jù)物質分布信息對組織區(qū)域代謝特征進行劃分,并尋找不同區(qū)域特征代謝物,以解釋生命活動機理。接下來我們看下空間代謝組的核心結果展示。
01·HE&離子成像圖&SSCC
樣本HE染色圖,不同離子模式成對離子的成像圖,單樣本水平降維聚類cluster圖。
02·成對離子MSI合并圖
前體離子與其代謝產物的比例圖,圖中區(qū)域顏色越亮,前體離子的表達水平越高。
03·差異代謝物SSCC
所有樣本和單樣本水平,差異代謝物降維聚類可視化圖形。all-cluster,所有樣本的像素點按照聚類的cluster區(qū)分;all-sample,所有樣本的像素點按照樣本名區(qū)分;sample1,單樣本水平按照聚類的cluster區(qū)分。
04·差異代謝物大類熱圖
兩個比較組間,差異代謝物按照Fold Change 值繪制熱圖。橫軸色塊顯示差異代謝物的Super Class類別,縱軸色塊顯示像素點所屬區(qū)域信息及不同比較組。差異代謝物按表達值橫聚類繪制熱圖。橫軸色塊顯示差異代謝物的Super Class類別,縱軸色塊顯示像素點所屬區(qū)域信息及不同組別。
05·WGCNA
特征離子聚類樹及對應模塊;特征離子模塊及性狀關聯(lián)分析。
06·circos差異代謝物相關性環(huán)圖
不同顏色顯示代謝物Super Class信息,點的大小顯示Fold Change值,線的顏色顯示相關性系數(shù)的大小。
07·KGML網(wǎng)絡圖
圓為不同的代謝物;三角為與代謝物有顯著相關性的蛋白;方塊為代謝物&蛋白富集到的通路信息;菱形表示與代謝物有相互關聯(lián)的外源性代謝物。紅藍兩色表示上下調的信息。點的大小為節(jié)點之間的連接度。
優(yōu)質的空間代謝組
定性算法經(jīng)過多維校準
定性結果同時考慮物質表達空間情況、加和離子及同位素峰表達強度相似性、同位素表達空間分布相似性、非靶向質譜數(shù)據(jù)和空代自建數(shù)據(jù)庫進行校準。
項目實測結果
可實現(xiàn)定性代謝物數(shù)量:1000-3000個代謝物
定性代謝物類型:70%為700Da以下的小分子物質,30%為脂質大分子
本期的高分辨率空間代謝組學分析篇—質譜成像與空間成像分析到這里就結束啦,后續(xù)基于不同領域及方向的空間代謝組鹿明將有一系列,進一步解讀更多空間代謝組學方法和結果,干貨多多,請不要錯過!
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