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史上最全生信數(shù)據(jù)庫使用教程，300+頁合集，吐血整理

2020-12-24 14:18 作者:酸談講科研 0人讀過 | 我要投稿

生信數(shù)據(jù)庫

“大數(shù)據(jù)”時代已經(jīng)降臨，在商業(yè)、經(jīng)濟(jì)及其他領(lǐng)域中，決策將日益基于數(shù)據(jù)和分析而作出，而并非基于經(jīng)驗(yàn)和直覺。在生物學(xué)領(lǐng)域，大數(shù)據(jù)的整合分析更是亟不可待。在大數(shù)據(jù)時代，如何充分利用數(shù)據(jù)，讓數(shù)據(jù)不再沉睡？如何結(jié)合自己的數(shù)據(jù)和已有的數(shù)據(jù)比較分析、充分挖掘數(shù)據(jù)的意義？如何基于臨床研究設(shè)計科研課題，整合多組學(xué)數(shù)據(jù)，形成科研論文？

這些問題都需要靠生物信息學(xué)來解決。生信學(xué)習(xí)入門不易，網(wǎng)上能夠找到的資料支離破碎，需要耗費(fèi)大量時間自學(xué)才能領(lǐng)悟一二，這顯然不符合醫(yī)生科研精力不足的現(xiàn)狀。為此，小編特意為大家整理了常見生信數(shù)據(jù)庫的使用合集?。?strong>資源領(lǐng)取方式見文末）

一

StarBase

starBase v3.0可以從多維測序數(shù)據(jù)中識別出超過110萬個miRNA-ncRNA、250萬個miRNA-mRNA、210萬個RBP-RNA和150萬個RNA-RNA相互作用。并且，基于32種癌癥的10,882個RNA-seq和10,546個miRNA-seq的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，研究人員還能用starBase v3.0對RNA-RNA和RNA-RNA相互作用進(jìn)行泛癌癥分析。starBase v3.0還允許平臺對miRNA、lncRNA、mRNA、偽基因等進(jìn)行生存和差異表達(dá)分析，功能非常強(qiáng)大。

二

R語言

R語言能夠“無中生有”通過挖掘和統(tǒng)計分析獲得可用于發(fā)表SCI的研究數(shù)據(jù)，故追求者眾。掌握此技能，年輸出SCI過3篇并不罕見。如此給力的科研技能，當(dāng)然不是隨隨便便就能學(xué)會的。

市面上幾千塊的生信培訓(xùn)班，聽的時候感覺都懂，自己實(shí)操每一步都會卡殼。錢多錢少，并不是能否學(xué)會的衡量標(biāo)準(zhǔn)。

利用R語言繪制的精美圖像

三

GEO數(shù)據(jù)庫

Gene Expression Omnibus（GEO）是一個儲存高通量功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，這些高通量功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)來自芯片和新一代的測序儀得到的試驗(yàn)數(shù)據(jù)。GEO除了收錄基因表達(dá)數(shù)據(jù)之外還收錄其它數(shù)據(jù)，例如基因組拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)、基因組-蛋白相互作用數(shù)據(jù)以及基因組甲基化數(shù)據(jù)等。

GEO數(shù)據(jù)庫被分為兩個部分收錄在Entrez中，分別是GEO Profiles數(shù)據(jù)庫（它負(fù)責(zé)收錄一個基因在一次試驗(yàn)中的定量基因表達(dá)數(shù)據(jù)）和GEO DataSets 數(shù)據(jù)庫（收錄整個試驗(yàn)的數(shù)據(jù)）。目前，GEO數(shù)據(jù)庫共收錄了由世界各地的實(shí)驗(yàn)室提交的超過1871121個樣本試驗(yàn)數(shù)據(jù)，16088個芯片平臺記錄，71339種實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目以及3848種研究類型的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)。

四

KEGG數(shù)據(jù)庫

信號通路是基礎(chǔ)科研的精粹所在，而掌握通路浩瀚數(shù)據(jù)的鑰匙就是KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）。KEGG——京都基因與基因組百科全書，是日本京都Kanehisa Laboratories根據(jù)文獻(xiàn)證據(jù)手工整理的一個龐大數(shù)據(jù)庫（包括信號通路、基因、疾病、藥物等等）。

KEGG有別于其他數(shù)據(jù)庫的一個顯著特點(diǎn)就是具有強(qiáng)大的圖形功能，它利用直觀圖形而不是繁縟的文字來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系，簡單明了。但初見KEGG也不是這么好用的，因?yàn)槿毡救饲迤娴哪X回路，很(sang)貼(xin)心(bin)的(kuang)在網(wǎng)站里放了16個子數(shù)據(jù)庫。