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lammps運(yùn)行原子散開解決方法

2022-11-21 20:05 作者:旺-旺啊  | 我要投稿

——作者水平有限,僅供學(xué)習(xí)交流使用,如有問題還請(qǐng)指出

Lammps在運(yùn)行某個(gè)in文件時(shí)發(fā)現(xiàn)某部分原子在初始建模是正常的,但在之后的時(shí)間步就會(huì)散開(還有一種在初始建模時(shí)原子就已經(jīng)散開),本人通過平時(shí)與ERROR斗智斗勇過程并加以思考總結(jié)出該問題出現(xiàn)的可能原因,照例,我們根據(jù)一個(gè)實(shí)例去說這個(gè)問題,in文件如下;

每隔1000步輸出在dump文件中,總共運(yùn)行5000步也就是說共保存了5次。我們可以看到在初始(0)時(shí),模型是我們所需要的,但在此之后金剛石球部分的原子散開。

初始(0)
1
2
0-5全過程

造成這個(gè)現(xiàn)象的原因是金剛石球有了初始速度,可以回看in文件區(qū)域劃分以及溫度(速度)初始化的group。

注意看10-16行命令,可能會(huì)覺得我們對(duì)mobile層溫度初始化,怎么金剛石(ball)就有速度了,仔細(xì)看12行命令(mobile=all-lower)是不是把金剛石(ball)也化為mobile區(qū)了,是不是對(duì)金剛石也溫度初始化并賦予其速度了?

好,既然找到問題所在,就很好去改正,命令修改為

修改之后運(yùn)行嘗試一下

修改后0-5

運(yùn)行正常,修改完成。


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