圖1. Pwm

motif logo

圖2 Motif

Bit計算公式如下：

使用R語言

library(entropy)

pos_bits = log2(4) - entropy(c(0, 0.5, 0, 0.5), unit="log2") # 第一個位置，bits = 1

pos_bits = log2(4) - entropy(c(0, 0.75, 0, 0.25), unit="log2") # 第二個位置，bits=1.1887

pos_bits = log2(4) - entropy(c(0, 0, 0, 1), unit="log2") # 第二個位置，bits=2

注意：公式中前面的2是log2(4)，因為有4種堿基。若是蛋白質(zhì)則為log2(20)

深入的理論請搜索“信息熵”

motifStack介紹

motifStack包旨在為圖形化展示motif而設(shè)計，可以處理DNA、RNA序列motif和氨基酸motif。此外，它提供了顏色，字體等參數(shù)。非常方便使用。

motifStack 低版本小bug

圖3 舊版圖和新版圖

大家可以仔細看下除了顏色外，舊版和新版有什么不同之處。

細心的小伙伴可能已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，它們的Y坐標軸的刻度是不一樣的，舊版0到0.5是6個刻度，而新版0到0.5是5個刻度。很顯然，舊版的刻度有bug。

因此，我們給該包的作者反饋了這個bug，作者好像是中國人，我們直接給寫的中文郵件，^_^），很快就收到了作者的回復(fù)。

圖4 作者回復(fù)

motifStack新版

很快motifStack就更新了，目前最新版本是1.38.0。微生信建議大家都更新到最新版（需要R4.1+版本哦），不更新的話，就自帶bug，可以搜索下網(wǎng)上現(xiàn)有教程，全是bug版的！

微生信motifStack在線繪圖實操

首先使用瀏覽器打開微生信在線motif繪圖鏈接：http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_dna_rna_protein_motif_043

圖5 微生信motif作圖頁面

2，準備輸入數(shù)據(jù)

按照右側(cè)示例準備數(shù)據(jù)，其中第一行是>name1表示名字（輸入數(shù)據(jù)中必需有，后期不需要的話，可以編輯掉），第2-5行是4種DNA/RNA堿基每個位置對應(yīng)的堿基頻率（堿基順序無所謂，但是必需是4種），這里有7個位置，因此畫出來的圖就有7列。

而每個位置的4種堿基頻率之和就是1，即每一列豎著加起來正好等于1。

圖6 Motif輸入數(shù)據(jù)

3，選擇參數(shù)

包括顏色，scale與否等

4，點擊提交即可出圖

圖7 Motif圖

驚艷的motifStack可視化

最后，我們來欣賞下這個包出的驚艷圖吧

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