腸鏡及胃鏡檢查都是有創(chuàng)的操作，檢查需要就診正規(guī)醫(yī)院消化科門診的內(nèi)鏡中心，任何檢查都是可以出現(xiàn)風(fēng)險(xiǎn)及并發(fā)癥的。胃鏡及腸鏡最主要的風(fēng)險(xiǎn)有消化道出血，胃腸穿孔，心腦血管疾病發(fā)生。

能出現(xiàn)中毒、過敏、高敏、神經(jīng)毒性等反應(yīng)，導(dǎo)致休克、呼吸心跳停止;全身麻醉時(shí)，特別是對急癥飽胃病人，麻醉前已經(jīng)采取力所能及的預(yù)防措施，但仍不能完全避免發(fā)生。