生信分析Hiplot和BioSciTools
《生物信息學Omics》?公眾號 由生物信息學分析云平臺?Hiplot?
https://hiplot.com.cn?的核心開發(fā)者?苗奔奔 (benben-miao)?設計和維護，同時我基于Java (JDK-11), JFX, R (R-4.2.0)開發(fā)了新的 UI界面美觀、參數(shù)組件完善、分析功能強大 的桌面端生信分析程序?BioSciTools (BSTools)?https://bioscitools.github.io?免費提供給科研工作者使用。因此生物信息學Omics公眾號主要分享我們Openbiox?https://openbiox.org/#/生信社區(qū)的Hiplot團隊(來自上海交大、中山大學等高校的李劍峰、王銘杰、王詩翔、董煒等優(yōu)秀科研者https://hiplot-academic.com/developer-wall)開發(fā)的Hiplot、我獨立設計開發(fā)的BioSciTools、生物信息多組學(Omics)、生信數(shù)據(jù)分析(Python/R)、生信編程開發(fā)(Python/R/Java/Go)、深度機器學習(Python/TensorFlow/PyTorch)、服務器布署運維(Linux/Docker)相關(guān)的內(nèi)容。1. Author brief introduction
苗奔奔 (benben-miao)?廈門大學博士在讀，發(fā)表二區(qū)以上SCI 3篇、軟件著作 16項、新型專利 6項。①Hiplot?
https://hiplot.com.cn、②BioSciTools?https://bioscitools.github.io、③BioNav?https://bio-nav.hiplot.com.cn、④NCBI-Parser?https://pypi.org/project/ncbiparser設計皆開發(fā)者Email:
benben.miao@outlook.com
MyBlog:https://benben-miao.github.io
Github:https://github.com/benben-miao
Gitee:https://gitee.com/benben-miao
ResearchGate:https://researchgate.net/profile/Benben-Miao
ScholarRjmart:https://researcher.rjmart.cn/#/10556/benbenmiao2. Hiplot cloud platform
Hiplot[1]?
https://hiplot.com.cn?生物信息學分析云平臺免費為生物信息學、生物統(tǒng)計學、臨床醫(yī)學、地理信息學、數(shù)學統(tǒng)計學、機器學習等領域科研者提供在線生物信息數(shù)據(jù)分析的服務。時至今日Hiplot平臺開發(fā)程序150+，使用者遍布全球90+國家，注冊者20,000+，SCI引用160+。此前與UCSC Xena?https://xena.ucsc.edu、CNGB?<!--StartFragment-->https://www.cngb.org<!--EndFragment-->等醫(yī)學/生物學研究開發(fā)團隊展開合作。Li J,?Miao B, Wang S, Dong W, Xu H, Si C, Wang W, Duan S, Lou J, Bao Z, Zeng H, Yang Z, Cheng W, Zhao F, Zeng J, Liu XS, Wu R, Shen Y, Chen Z, Chen S, Wang M; Hiplot Consortium. Hiplot: a comprehensive and easy-to-use web service for boosting publication-ready biomedical data visualization.?Brief Bioinform.?2022 Jul 18;23(4):bbac261. doi:?
https://doi.org/10.1093/bib/bbac261. PMID: 35788820.2.1 HiPlot User Interface
https://hiplot.com.cn
2.2 HiPlot Operating Interface
https://hiplot.com.cn/basic/chord
2.3 HiPlot Developers Wall
https://hiplot.com.cn/developer-wall
2.4 HiPlot Application Categories
2.5 HiPlot Application Courses
2.6 HiPlot Clients
Hctl Commands
2.7 HiPlot Scientific Gifts
https://www.yuque.com/hiplot/hiplot-pack
3. BioNav Introduction
Bio-Nav (Bioinformatics Navigation) (https://bio-nav.hiplot.com.cn) 為生物科研工作者開發(fā)的友好貼心的用于收藏和分類生物數(shù)據(jù)庫、在線服務、期刊摘要的導航網(wǎng)站等便捷服務。
3.1 BioNav (Biology Navigation)
BioNav desktop category
3.2 BioNav phone UI
BioNav phone UI
4. BioSciTools (BSTools)
BioSciTools?
https://bioscitools.github.io基于Java (JDK-11), JFX, R-4.2.0開發(fā)的桌面程序，旨在為生物信息學的發(fā)展做出新的探索和貢獻，實現(xiàn)序列分析、轉(zhuǎn)錄組學、基因組學、蛋白質(zhì)組學、代謝組學、單細胞、微生物學、醫(yī)學等領域的數(shù)據(jù)分析和可視化。該程序繼承了HiPlot?https://hiplot.com.cn美觀的操作界面、優(yōu)秀的交互組件、完善的分析功能，但開發(fā)方式和分析內(nèi)容與Hiplot不同。BioSciTool調(diào)用用戶的本地計算資源，開發(fā)理念和宗旨在于基于Java開發(fā)更加得心應手的生物信息學分析軟件，早前受到少許程杰開發(fā)的TBTools?https://github.com/CJ-Chen/TBtools的啟發(fā)，我更加致力于的軟件交互設計、多組學分析功能、臨床醫(yī)學領域的開發(fā)。4.1 BioSciTools website
Github repository:
https://github.com/bioscitoolsDownload new version:
https://github.com/BioSciTools/BioSciTools.github.io/releases
BioSciTools website:
https://bioscitools.github.io
4.2 RevCom
RevCom:?Reverse Complete DNA序列反向互補分析
4.3 CorPlot
CorPlot:?Correlation analysis and plot. 基于轉(zhuǎn)錄組學、代謝組學等組學數(shù)據(jù)進行對樣本/分組間的Pearson相關(guān)性分析。
4.4 PCAPlot
PCAPlot:?基于轉(zhuǎn)錄組等組學中經(jīng)RPKM/FPKM標準化的基因表達數(shù)據(jù)，對所有樣本進行主成分分析（PCA） 并可視化科學繪圖，當樣本數(shù)量足夠時可以展示95%CI(P-value < 0.05)的圈圖。
4.5 VennPlot
VennPlot?可以實現(xiàn)7組數(shù)據(jù)間的統(tǒng)計與可視化，且提供 Circle 和 Ellipse 兩種形狀，提供 Sci 期刊顏色搭配 12 種，允許用戶更具美觀程序設置顏色透明度 Alpha，提供包含 Times New Romas字體在內(nèi)的多種字體選擇， 提供 PDF 和JPEG 圖像結(jié)果下載。
4.6 VocanoPlot
VocanoPlot?基于差異表達基因計算結(jié)果(包含差異表達基因/轉(zhuǎn)錄本名稱, log2FoldChange, P-value, P-adjust / Q-value)進行可視化繪制Volcano火山圖。適用于轉(zhuǎn)錄組學、代謝組學、蛋白質(zhì)組學等組學數(shù)據(jù)。
4.7 NetworkPlot
NetworkPlot?調(diào)控網(wǎng)絡在探索生物學復雜的調(diào)控關(guān)系分析中發(fā)揮著顯著的優(yōu)勢，本程序基于兩類節(jié)點間的調(diào)控配對數(shù)據(jù)（建議是符合顯著性的調(diào)控關(guān)系對）通過計算連接度或單純計算節(jié)點數(shù)進行構(gòu)建調(diào)控關(guān)系網(wǎng)絡并可視化。適用于Protein - Protein, Gene - Gene, MicroRNA - mRNA, TF - Gene, MicroRNA - CircRNA, MicroRNA - LncRNA等分子對調(diào)控關(guān)系。
4.8 GO and KEGG Enrichment
GO Enrichment Stat
KEGG Enrichment Net
4.9 Cluster
ClusterPlot: 多維數(shù)據(jù)經(jīng)過 kmeans, hclust, agnes, clara, diana, fanny, pam 等多種聚類算法進行聚類分析，如經(jīng)典的基于距離聚類的kmeans和基于層級聚類的hclust，最終可視化聚類結(jié)果。
Cluster Plot
Cluster Tree
4.10 WGCNA
根據(jù)各位醫(yī)學研究者的強烈需求，以及常規(guī)多樣本轉(zhuǎn)錄組（>=12樣本）利用
WGCNA的優(yōu)勢，篩選與性狀相關(guān)的基因。本程序基于WGCNA模塊并優(yōu)化數(shù)據(jù)分析和可視化代碼，實現(xiàn)常規(guī)多分組（以分組為性狀信息）轉(zhuǎn)錄組學模塊篩選與共表達網(wǎng)絡構(gòu)建的分析。此次更新帶來WGCNA分析流程。
4.11 ChordPlot
ChordPlot?弦圖用于展示兩種對象之間的復雜配對關(guān)系，連接圓上任意兩點的線段叫做弦，代表著兩者之間的關(guān)聯(lián)。不同的顏色來區(qū)分不同的對象關(guān)系，連接線的寬度表示數(shù)據(jù)之間的關(guān)系程度，弧線與圓的接觸面積上的寬度表示比例關(guān)系。
4.12 Survival Analysis
Survival Analysis?生存分析是將事件的結(jié)果和出現(xiàn)這一結(jié)果所經(jīng)歷的時間結(jié)合起來分析的統(tǒng)計分析方法。本程序基于生存分析，并對分析結(jié)果以分組生存ROC曲線、生存Table和Number Censor進行可視化。
5. Thanks
愿歡迎大家關(guān)注，期待探討交流，讓科研艱辛路綻放絢爛彩色，與諸位共勉！祝各位科研者、開發(fā)者：身體健康、科研順利、萬事如意！參考資料
[1]
Hiplot: https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac261/6620876?guestAccessKey=a05a27aa-9deb-475f-94d3-bd77b3513993
