小分子吸附模擬之MS遇到的小問題集合(1)
MS構建的CO2分子,幾何優(yōu)化后不是直線型,怎么辦?
答:檢查C-O鍵長是不是雙鍵,要是構建的時候畫了一個碳原子,然后又畫了兩個氧原子,直接進行優(yōu)化,就會出現(xiàn)不是直線型這個問題!
AC模塊構建結構時,output盡可能多選幾個,不然僅輸出1個時,后續(xù)幾何優(yōu)化和動力學弛豫易出現(xiàn)能量震蕩現(xiàn)象??啥噍敵鰩讉€,比如10個,然后選擇能量最低的結構,進行下一步的優(yōu)化。
AC模塊構建完結構,在哪查看呢?
答:對應的project下點擊右鍵,新建一個table,然后在輸出的xtd文件,右鍵點擊insert可以看到輸出的結果。
輸出的table沒有能量信息?
答:因為AC建模時,沒有勾選里面的幾何優(yōu)化。月之藍老師(*木蟲MS版主)也不建議勾選,可以后續(xù)單獨勾選。
sorption模塊中想計算等溫線,但是由于是單核運行計算,怎么進行多核計算呢?
答:可以選用fixed pressure,多設置幾個任務,結果也一樣。
sorption模塊可選用的力場還是太少,RASPA軟件這個時候就體現(xiàn)出了優(yōu)勢,后續(xù)可用MS建模,RASPA進行計算。但是由于文獻使用的compass力場,而compass力場參數(shù)由不能直接獲得,沒辦法使用MS計算。如果能獲得力場參數(shù),RASPA是個很好的選擇!
目前使用sorption遇到這些小問題,后續(xù)遇到再總結記錄!



2023.04.12
港村