最近開(kāi)始做qPCR實(shí)驗(yàn)了，為了搞懂ddCt（Livak）法的原理，以及通過(guò)復(fù)現(xiàn)qPCR儀自帶軟件來(lái)鍛煉自己的能力，而且軟件好像只能分析一個(gè)96孔板的數(shù)據(jù)，多板數(shù)據(jù)合并分析的話不行，就寫(xiě)了一下程序。

首先聲明，水平有限，歡迎指正與改進(jìn)。

原始數(shù)據(jù)格式如下：

數(shù)據(jù)直接來(lái)源于儀器生成的文件。

需含Sample name,Sample type,GOI,Reference gene,Ct GOI,Ct Ref. gene等6列。GOI即gene of interest，即目標(biāo)基因

注意Ct Ref. gene這里是Ct空格Ref點(diǎn)空格gene，到了R里面會(huì)自動(dòng)識(shí)別成Ct.Ref..gene，其余同理。

Sample name列中，命名格式為材料（如NIL-A或NIL-B）-處理時(shí)間（0/8/16h）-生物重復(fù)序號(hào)（1/2/3），如A82即表示NIL-A的8小時(shí)取樣的三分材料中的第二份。

各列名直接繼承自軟件，為了方便就沒(méi)有更改，大家若有需要可以直接在代碼中更改，以適配自己的數(shù)據(jù)列名。

> sample_groups

[1] "Calibrator" "A0"? ? ? ? ?"B0"? ? ? ? ?"A8"? ? ? ? ?"B8"? ? ? ? ?"A16"? ? ? ? "B16"? ?

即將樣品劃分為了以上7種，根據(jù)自己需要調(diào)節(jié)

出圖如下：

很不幸，沒(méi)有啥大差別，而且重復(fù)性很不好。圖和儀器軟件出的圖一樣。

如果樣品重復(fù)性好的話，就可以合并生物重復(fù)，比較處理之間有沒(méi)有差異了

注意：以上程序僅適用于一個(gè)內(nèi)參和一個(gè)目標(biāo)基因的情況。因?yàn)槲乙簿椭皇亲隽艘粋€(gè)目標(biāo)基因，那么如果有多個(gè)目標(biāo)基因怎么辦呢？

我的思路是先每個(gè)目標(biāo)基因都篩選原數(shù)據(jù)集使得只剩單一目標(biāo)基因與內(nèi)參基因，然后經(jīng)過(guò)上述過(guò)程，獲得ddCt_all，然后再新增一列基因名以作區(qū)分，或者其他的操作，反正ddCt已經(jīng)算出來(lái)了，剩下繪圖的應(yīng)該不難。

啊，我何時(shí)才能定位到基因啊。