小智來到櫻木研究所擔任特別調(diào)查員，之后幾天，小智先后去了豐源地區(qū)調(diào)查蛇紋熊遷徙，去了合眾地區(qū)調(diào)查巨大泥偶巨人…… 在個繁星爍爍的和平的夜晚，無論是人還是神奇寶貝，晝出夜伏的神奇寶貝在享受平靜的休息時光，晝伏夜出的神奇寶貝則開始自己的“夜生活”{想歪了的自己扇自己一個耳光}?？萑~市的某處天臺上，一個正在用天文望遠鏡觀賞著星光燦爛的夜空，那人離開“沒有什么，能比這浩渺的星空更加美麗，更加神秘了……啊，那是什么？”這個人離開天文望遠鏡裸眼觀看星空，發(fā)出感慨時，他驚奇的看見了一顆金黃色的流星劃過天際，他急忙用天文望遠鏡觀察，并拍攝下來，隨后他發(fā)現(xiàn)，那顆流星降落了。 這時，位于枯葉市的櫻木研究所中，正在熟睡中的小智突然睜開了眼睛，只不過他的眼睛不是平時的棕色，而是金黃色，他從床上起來，下床走向了窗邊，看向了漆黑的遠方；另一邊，遙遠的地方，他的眼睛變成紫色看向遠方…… “pika”此時被小智起床的動靜吵醒的皮卡丘向站在窗邊的小智叫了一聲。 “啊，皮卡丘”小智被皮卡丘叫醒，眼睛由金黃色變回了原本的棕色，轉頭看向皮卡丘，“皮卡丘，你怎么了。” “pikapika”皮卡丘一邊叫著一邊比劃，表示“是你突然醒來把我吵醒的，你怎么了？” 小智：“是這樣嗎？我總覺得好像有人在叫我。”“pika？” 小智：“算了，睡覺吧。” 小智回到了床上，重新躺下，腦里還在想：“剛剛，好像是誰在呼喚我？” 說回那位天文愛好者，他回到屋里，對剛剛觀察到的進行分析，發(fā)現(xiàn)，這顆金黃色的流星降落的地點是…… 第二天早上—— 吃完早餐的小智被櫻木博士叫到研究所大廳。 小智：“博士早上好?！?櫻木博士：“早上好?！?小智：“博士你找我們有什么事??？” 櫻木博士：“你們看?！?電腦屏幕上，出現(xiàn)了一段影像——夜空之下，星光閃閃，然后天空劃過一顆金黃色的流星。 小智：“那顆流星是？” 櫻木博士：“這是昨天我的一位天文愛好者朋友拍到的，今天我又聽到有人說在常磐森林發(fā)現(xiàn)了一塊金黃色的石頭，而那顆流星降落的地點，經(jīng)過我那位朋友的觀察分析就在常磐森林……” 小智：“所以博士你是希望我作為特別調(diào)查員去調(diào)查一下嗎？” 櫻木博士：“沒錯，最好是能把他帶回來研究。畢竟我還是第一次聽說金色的隕石?！?小智：“沒問題，交給我們吧?！?常磐森林—— “常磐森林，好懷念啊。是吧，皮卡丘。”小智看著常磐森林，十分懷念的對皮卡丘說到?！皃ika(是啊)” 小智：“我從真新鎮(zhèn)出發(fā)后的第一站，我們兩個經(jīng)歷了很多事呢，還有就是……” “pika？” 小智：“不知道比雕怎么樣了？” 小智不想耽誤時間，和皮卡丘進入常磐森林，開始尋找那塊金色的隕石。 不出意外的話還是出現(xiàn)意外了，正所謂不是冤家不聚頭，當初的那只大嘴雀又找上門了，那個家伙一見到小智，就直接拉滿怒氣值，當初那塊砸它的石頭還有那只討厭的比雕，直接帶著小弟們向小智發(fā)起群毆。雖然有皮卡丘，但皮卡丘有演起來了，沒有打幾只就跟著小智逃跑了。 逃跑時小智不小心被石頭絆倒，遭受烈雀的群體攻擊，就在這個成群的波波、比比鳥與比雕飛來和烈雀戰(zhàn)斗并將其趕走。 領頭的比雕降落在小智面前，小智也抬起頭與比雕對視。 “pika”皮卡丘高興叫到，因為他認出它了。 “你是？比雕？是比雕嗎？真的是你嗎，比雕？”小智十分激動，他不敢相信，這么久居然在這里以這樣的方式再見到這位伙伴。 比雕點了點頭表示：“是我，我們又見面了小智?！?“比雕！”小智激動撲上去抱住比雕的脖子，皮卡丘也跳上了比雕的腦袋。 “對不起，比雕，對不起，當初說好我會來接你，結果讓你等了怎么久，對不起?！毙≈潜ё”鹊竦牟弊?，真誠地道歉。比雕則通過蹭小智的臉，用自己的叫聲表示：沒關系，我從來沒有怪過你，只要能等到你，我等多久都沒關系。” 小智拿出一顆神奇寶貝球，這是比雕的神奇寶貝球，小智一直將它戴在身上，為的就是今天能夠迎接比雕歸隊，小智拿著神奇寶貝球對著比雕：“比雕，你愿意繼續(xù)跟隨我，一起在成為神奇寶貝大師的路上一同前進嗎？” 比雕什么也沒說，只是用鳥喙點了一下神奇寶貝球上的按鈕，重新進入了神奇寶貝球(UP：歡迎比雕歸隊)。在比雕頭上皮卡丘在比雕進入神奇寶貝球后平穩(wěn)的落回地面。小智對著神奇寶貝球說到：“歡迎回來，比雕?！薄皃ipikaqiu”皮卡丘也高興一起慶祝。 就在此時，在森林某處，一塊金色石塊中，一個人形生物睜開了金色的瞳孔，而此時小智突然低下了頭，然后抬起頭了，瞳孔變成了金黃色，毫無意識向森林深處。 “pikaqiu，pikaqiu?！逼たㄇ鹨娦≈窍褚粋€木偶走進森林，焦急的叫著他，甚至用十萬伏特給小智來了幾個電療，結果小智在被電時停了一下，電擊結束后，小智還是走進森林深處?！皃ika”皮卡丘沒辦法只能焦急跟著小智進去。 走了一段路，翻過幾個灌木叢后，一塊閃耀著金色光芒的石塊出現(xiàn)了他們眼前。 “pika”皮卡丘驚奇的看著那塊石頭，那塊石頭有兩個小智那么高，金光燦爛，晶瑩剔透，十分漂亮，仔細一看石頭中間似乎隱隱約約的有一只人形生物的影子。 小智徑直走向石塊，走到面前時候，小智伸手觸碰一下石塊，就在接觸的一瞬間，石塊突然產(chǎn)生更加強大的光芒以及一股強大的能量進入小智體內(nèi)?！皃ikapi” 隨著能量變?yōu)榻鸸飧采w了小智的全身，將小智吸入石塊中，然后石塊突然炸裂成光點，重新匯聚成一塊黃色菱形晶石，和小智的神奇寶貝球一起落在了地上。 “pikaqiu”皮卡丘跑去撿起菱形晶石，著急得又是搖又是咬又是砸，但這顆晶石卻毫發(fā)未損，紋絲不動。 晶石世界中—— 被吸入晶石小智睜開眼睛，周圍是一個金燦燦的世界。

“這里是？”小智四周望了望，“皮卡丘在哪？這到底是什么地方??？那是？” 這時，小智看見了一個沐浴著金光的橢圓球體。 “那是什么？神奇寶貝的蛋?！?“這里是我的專屬異次元空間——光輝領域?！?“什么聲音？你是誰？” “我是米瑞斯?！?小智：“米瑞斯？你到底是誰？” “我在這?！蹦穷w神奇寶貝蛋釋放出一股金色能量，然后匯聚成了一只紅色神奇寶貝

小智：“你是？” 米瑞斯：“我是米瑞斯，我是阿爾宙斯和鳳王送給你的禮物?！?小智：“阿爾宙斯和鳳王送給我的禮物。” 米瑞斯：“你知道有關鳳王的傳說吧？” 小智：“知道啊?！?米瑞斯：“鳳王一只希望人類與神奇寶貝可以一直和平共存這個世界，可是千百年來人類的表現(xiàn)讓他一直很失望，直到那天，他看見了你?！?小智：“那天？難道是！” 米瑞斯：“沒錯。就在你從你的故鄉(xiāng)真新鎮(zhèn)出發(fā)的第一天。他看見了你奮不顧身地保護你的皮卡丘，之后有與眾不同的友善對待每一只神奇寶貝，你之前經(jīng)歷的事是，鳳王都看在眼中(畢竟是攝影師嘛)，他認為你就是實現(xiàn)人類與神奇寶貝和諧共存的重要紐帶?！?小智：“實現(xiàn)人類與神奇寶貝和諧共存的重要紐帶，我？” 米瑞斯：“沒錯，于是他去找到了阿爾宙斯送你一件禮物，而阿爾宙斯也正想送你一件禮物作為你之前幫助他的回報。于是他啟用了他用十八塊石板的力量加上時間之力，空間之力，鳳王的力量還有其他被你幫助過的神獸的力量，以及當初阿爾宙斯在創(chuàng)造宇宙時從他身上分離并散布在宇宙間的光屬性能量而創(chuàng)造了我，讓我來跟隨你成為你手下除了皮卡丘最重要的伙伴，幫助你實現(xiàn)夢想，并希望你和你的對手一起作為光明與黑暗的守護者一同保護這個秩序的世界，而我將作為紐帶將你和阿爾宙斯他們連接在一起?！?小智：“原來是這樣啊，那昨天晚上那顆流星還有那塊石頭……” 米瑞斯：“沒錯，那就是我，你能找到我就是我在呼喚你，小智，你愿意讓我告訴你嗎？” 米瑞斯：“那請你接收我的力量吧?！?小智：“你的力量？什么？” 米瑞斯雙手至于胸前，凝聚成一顆光球，然后發(fā)出光線射向小智。小智：“啊~~~” 一段時間后，能量注射完成。 小智：“剛剛是怎么了。” 米瑞斯：“我剛剛把光能量注入你的體內(nèi)，并且將其中一部分與你體內(nèi)的波導結合合成了光能波導，現(xiàn)在你可以自由使用你體內(nèi)的光能波導還有和我一樣的光能量?！?小智：“真的嗎？要怎么使用?。俊?米瑞斯：“你還記得那位亞玄先生吧。就像他那樣，之后還會擁有更多的作用，這個就看你自己的了?！保ㄟ@里設定是米瑞斯知道小智之前的所有記憶） 小智：“我明白了，謝謝你?！?米瑞斯：“對了，還有一件事，我出去后會以神奇寶貝蛋的形式存在一段時間，然后變成米咔，再變成米瑞爾，最后進化到最終形態(tài)——也就是現(xiàn)在的米瑞斯。

米瑞斯：“另外，這是我的神奇寶貝球和我的光屬性Z純晶以及你還缺少的屬性的純晶?！?小智接過一顆帶有金黃色V形圖案的神奇寶貝球還有13顆Z純晶說到：“對了，我還有一個問題？就是‘和我的對手一起成為光明與黑暗的守護者’，這是怎么回事？” 米瑞斯：“這個嗎？是這樣的……” …… 小智：“你有一個黑暗對立個體！” 米咔：“沒錯，他是和我由阿爾宙斯同時創(chuàng)造出來的，與我相生相克，就像達克萊伊與克雷色利亞，哲爾尼亞斯(X神)與伊裴爾塔爾(Y神)一樣。如果我是光明，而他則是黑暗。我的主人，也就是你會成為光明守護者，相應的他的主人就是黑暗守護者。那個家伙的名字叫格萊奧，至于它的樣子……”米瑞斯從頭頂發(fā)出投影。

米瑞斯收回投影，繼續(xù)說到：“由于光明與黑暗始終相生相克，所以，從你成為我的主人，也就是光明守護者的時候，你注定會和成為黑暗守護者的他成為相愛相殺的對手，也會是惺惺相惜的朋友?！?小智：“那……光明與黑暗的守護者，到底是要守護什么？” 米瑞斯：“這個你將來還知道的?！?小智：“這樣啊，我們要怎么出去??？” 米瑞斯將手伸出張開，出現(xiàn)了一個金色傳送門。

“從這里，記得帶上那顆蛋。”說罷，米瑞斯便化為能量回到蛋里。蛋表面的白光消失，一顆紅色并帶有黃色V型與十字星花紋的蛋顯形。 “我們走吧。”小智抱起米瑞斯，哦不現(xiàn)在應該叫米咔的蛋，走進來傳送門。 外面，皮卡丘依舊在搗騰晶石，這時不知是因為皮卡丘的搗騰，當然不是了，其實是因為小智要出來了，最后晶石破碎，小智化成一道光，出現(xiàn)在眾人面前，還抱著一顆蛋。晶石的碎片也化為一顆顆光粒子進入了蛋里。 “pikaqiu”皮卡丘見是小智高興的跳到了小智的肩上蹭了蹭小智的臉。 “對不起皮卡丘，害你擔心了。”小智則摸著皮卡丘道歉。 “pikaqiu？”皮卡丘看著小智手里的蛋十分疑惑 小智則將蛋舉了起來，興奮地說到：“皮卡丘，這是我們的新同伴，一只全新的神奇寶貝哦……” 就這樣，小智獲得了鳳王和阿爾宙斯送他的禮物，一只全新的神奇寶貝——米瑞斯。之后還會發(fā)生什么故事呢？