可視化繪圖軟件Multi-omics Visual之韋恩圖繪制

韋恩圖應(yīng)該是最最常見(jiàn)的一種圖了吧。然而,即使是這么簡(jiǎn)單的一種圖,可能仍然需要許多濕實(shí)驗(yàn)用戶(hù)去通過(guò)一兩行代碼實(shí)現(xiàn)。而這一兩行代碼的實(shí)現(xiàn)可能需要的是七八分鐘乃至更久。如果用戶(hù)使用其他在線(xiàn)平臺(tái)的話(huà),大概率需要注冊(cè)攢積分或者付費(fèi)才能使用。免費(fèi)的繪圖網(wǎng)站則無(wú)法實(shí)現(xiàn)調(diào)參功能,或者數(shù)據(jù)量受限。本推文為了解決用戶(hù)這一痛點(diǎn),寫(xiě)了一個(gè)可視化繪圖軟件Multi-omics Visual,用戶(hù)只需要一次安裝好,后面繪圖即可通過(guò)點(diǎn)擊實(shí)現(xiàn)。那么開(kāi)門(mén)見(jiàn)山,下面直接介紹如何進(jìn)行繪制吧。
PS:因?yàn)楸拒浖怯胮ython腳本撰寫(xiě),調(diào)用了部分依賴(lài)包,用戶(hù)首次使用需要安裝python以及對(duì)應(yīng)的包,安裝之后便可永久使用。安裝部分可以參考之前的推文《高效繪圖小工具:Multi-omics Visual》。界面部分的話(huà)考慮到后期pyQt5使用需要授權(quán),為避免后期出現(xiàn)問(wèn)題,所以采用了python最原生的tkinter包撰寫(xiě),此部分詳見(jiàn)《Multi-omics Visual軟件之一點(diǎn)思考》。所以GUI部分還有待進(jìn)一步提升,后期也會(huì)持續(xù)改進(jìn)哈。
一?韋恩圖繪制
1、安裝好我們的軟件之后,首先第0步需要做就是打開(kāi)軟件界面。

我們的示例文件內(nèi)容如步驟1。當(dāng)用戶(hù)準(zhǔn)備好文件之后,即可通過(guò)步驟2,即直接將文件拖入對(duì)話(huà)框,內(nèi)容即會(huì)被軟件讀取。

考慮部分用戶(hù)會(huì)使用excel文件存儲(chǔ)數(shù)據(jù),在使用本軟件時(shí),需要將excel內(nèi)容轉(zhuǎn)換為文本內(nèi)容,所以本軟件也開(kāi)發(fā)了excel文件讀取模塊(有沒(méi)有很貼心,此處應(yīng)該有掌聲,嘿嘿),通過(guò)點(diǎn)擊‘load excel’按鈕,即實(shí)現(xiàn)步驟3,彈出對(duì)話(huà)框,對(duì)話(huà)中包括sheet num、Row from、Row to、Col from、Col to幾個(gè)文本框,分別表示讀取excel的表格數(shù)(sheet num)、行的范圍(起始:Row from、終止:Row to)、列的范圍(起始:Col from、終止:Col to)。如果excel的表格數(shù)的表格數(shù)為-1,則默認(rèn)讀取首頁(yè)表格的所有內(nèi)容,如本文所示。在設(shè)置excel文件的表格設(shè)置之后,將excel文件按照步驟5拖入對(duì)話(huà)框,隨后點(diǎn)擊‘ok’按鈕,即可實(shí)現(xiàn)步驟6的文件讀取。

需要注意的是,本軟件在繪制圖片時(shí),需要點(diǎn)擊‘Adjustment para(need open when plot)’,通過(guò)步驟7打開(kāi)對(duì)話(huà)框,否則程序無(wú)法繪制韋恩圖(算一個(gè)小bug吧,暫時(shí)沒(méi)有精力繼續(xù)修改)。最后,點(diǎn)擊‘start’按鈕,即可打開(kāi)韋恩圖界面,如圖5所示。

本軟件的一大優(yōu)化就是用戶(hù)友好。使用本軟件的用戶(hù)可以通過(guò)調(diào)參1(步驟9)和調(diào)參2(步驟10)完成韋恩圖內(nèi)標(biāo)簽大小的繪制,隨后,點(diǎn)擊對(duì)話(huà)框內(nèi)的‘ok’按鈕,或者主界面的‘start’按鈕,都可以完成圖片的美化工作。

二?慣例小結(jié)
其實(shí),現(xiàn)如今雖然也有其他編程語(yǔ)言如java、R等編寫(xiě)的可視化分析軟件。但是,這些軟件存在一些不足的地方,即并無(wú)法像python一樣,充分利用編程語(yǔ)言?xún)?nèi)豐富的生態(tài)的環(huán)境(也有些大神是可以規(guī)避這些缺點(diǎn)的,此部分不在討論范圍)。本軟件通過(guò)搭建純python實(shí)現(xiàn)的一個(gè)繪圖優(yōu)化的框架,可以實(shí)現(xiàn)python包的充分利用(在尊重別人的知識(shí)產(chǎn)權(quán)的前提下),實(shí)現(xiàn)無(wú)需編碼的繪圖可視化工作。相信這些工作的開(kāi)展可以將繪圖可視化的壁壘進(jìn)一步打破,讓用戶(hù)更專(zhuān)注于生物學(xué)問(wèn)題,外加多發(fā)文章。
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另外,怎么說(shuō)呢,投幣也可,不強(qiáng)求,但奢求。?


