按編碼功能分：蛋白質(zhì)編碼序列；
rRNA基因、tRNA基因等RNA編碼基因；
基因間隔區(qū)序列、重復(fù)序列等非編碼序列；

其它功能序列，如復(fù)制起點(diǎn)、端粒區(qū)、轉(zhuǎn)座子元件等。