為華生物的普通Cy染料包括Cy3，Cy3.5，Cy5，Cy5.5，Cy7和Cy7.5。其中Cy3， Cy5和Cy7的發(fā)色團是indolenine，而Cy3.5， Cy5.5和Cy7.5的是Benzoindole。Benzoindole僅僅比indolenine多了個苯環(huán)，這多余的一個苯環(huán)讓整個染料吸收峰和發(fā)射峰紅移，從而讓Cy染料系列覆蓋更廣泛的熒光譜圖。Cy染料的結(jié)構(gòu)幾乎是對稱的，為了讓染料可標記，這其中的一個發(fā)色團上引伸出一個6碳鏈羧基來活化標記。

普通Cy染料帶一個正電荷，水溶性比較低。一般在緩沖溶液中標記生物分子時，常常需要加入有機溶液（一般5-20%的DMF或者DMSO）助溶。常規(guī)操作是將染料先溶于有機溶劑中，然后按比例加入到生物分子的水溶液中反應。反應完成后離心除去沉淀的染料，再透稀或者柱分離（HPLC，離子交換或者除鹽柱）除去未反應的染料小分子。當然普通Cy染料也可以直接在有機溶劑中直接與有機小分子反應，標記小分子或者高分子材料，普通Cy染料也易溶于氯仿，甲醇，THF，乙腈等常規(guī)有機溶劑，非常適用有機合成反應。

對于近紅外染料Cy7和Cy7.5，市場上一般會有兩種不同的結(jié)構(gòu)，不同點一般在次甲基橋鏈上：直鏈次甲基橋鏈或者環(huán)己烯加固的橋鏈。前者是一種比較原始的，直接從ICG染料繼承的結(jié)構(gòu)，后者是優(yōu)化的結(jié)構(gòu)。和前者相比，后者利用環(huán)己烯結(jié)構(gòu)固定次甲基橋鏈，結(jié)構(gòu)更剛性更穩(wěn)定，因此熒光量子產(chǎn)率提高了~20%，從而顯影更靈敏。有一些文獻討論兩種結(jié)構(gòu)的毒性差別，據(jù)報道直鏈次甲基橋鏈Cy7和Cy7.5在小動物體內(nèi)有非特異性和毒性，而橋鏈加固后的染料要好很多。

所有的普通Cy染料有基本相同的斯托克位移（Stokes shift），大概15nm到20nm之間。這個位移足夠大（其實比很多熒光染料的斯托克位移都大，比如BODIPY系列），絕大部分熒光儀器都可以將熒光信號從激發(fā)光中分辨出來。另外，溶劑和環(huán)境對普通Cy染料的熒光特性影響很小，讓它們可以勝任很多條件下的顯影任務，比如在低pH溶液或者脂溶性環(huán)境下都可以發(fā)出穩(wěn)定的強熒光。

為華生物CY系列熒光染料的衍生材料有：
DOPE-CY5.5 二油酰磷脂酰乙醇胺-CY5.5

DOPE-PEG-CY5 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇CY5

DOPE-EPG-CY3 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY3

DOPE-EPG-CY7 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY7

DSG-PEG2000-CY7 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇 2000-CY7

DSG-PEG-CY5二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5

DSG-PEG-CY3 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY3

DSG-PEG-CY5.5 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5.5

PLGA-CY7 聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）CY7

PLGA-PEG-cy5 CY5-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

PLGA-PEG-CY7 CY7-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

DSPE-PEG-CY5/CY5.5/CY3/CY7/CY3.5

Cy5-PEG-Silane?cy5-聚乙二醇-硅

葉酸-PEG-cy3

RB-PEG-多巴胺

CY5-PEG-多巴胺

CY5.5-PEG-COOH/nh2/mal/疊氮N3

CY3/CY5.5-PEG-Mal?CY3/CY5.5-聚乙二醇-馬來酰亞胺

CY5/CY5.5-PEG-OPSS?CY5/CY5.5-聚乙二醇-巰基吡啶