1 1,打開繪圖頁面

首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開富集分析結(jié)果繪制頁面，左側(cè)為常見作圖導(dǎo)航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GO_KEGG_bar_dot_plot_111

圖1.可視化頁面

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。

示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括5列：

第1列是GO/Pathway名字；

第2列是分類（分類名必需是BP、CC、MF、KEGG中的一個(gè)或者多個(gè)）；

第3列是基因數(shù)；

第4列是Pvalue（或者FDR、qvalue等，程序會(huì)默認(rèn)自動(dòng)將其轉(zhuǎn)化成-log10值，因此p值不能為0）；

第5列是上調(diào)或者下調(diào)（上調(diào)基因的富集結(jié)果標(biāo)注為Up，下調(diào)基因的富集結(jié)果標(biāo)注為Down。注意必需是Up或者Down，注意大小寫）。

注意：你需要參考示例數(shù)據(jù)，將自己的富集結(jié)果在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。

圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例

3，粘貼示例數(shù)據(jù)

直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的ABCDE 5列數(shù)據(jù)，然后粘貼到輸入框。

注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)哦。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。

圖3. 必需輸入

4，修改參數(shù)，并提交

我們?cè)O(shè)置了圖片尺寸，顏色等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用。如需更高級(jí)的定制，請(qǐng)聯(lián)系我們。

部分參數(shù)詳解：

Bar高度：顏色條的高度（粗細(xì)）

點(diǎn)最小、點(diǎn)最大：控制點(diǎn)的大小

X軸說明：根據(jù)所提供的數(shù)據(jù)自行輸入，默認(rèn)為-log10(pvalue)

P值排序：即長的顏色條在上面還是短的在上面

圖4. 顏色等參數(shù)

5，提交出圖

輸入數(shù)據(jù)粘貼好，參數(shù)調(diào)整好后，點(diǎn)擊提交按鈕，約3秒后，在頁面右側(cè)會(huì)出現(xiàn)結(jié)果預(yù)覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。

圖中點(diǎn)表示基因數(shù)，點(diǎn)越大表示基因越多；條形表示p值（-log10轉(zhuǎn)化）；右側(cè)的矩形表示分類；顏色表示來自上調(diào)還是下調(diào)的結(jié)果。

圖5.預(yù)覽與下載

沒有預(yù)覽就是沒有出圖，這時(shí)請(qǐng)參考示例數(shù)據(jù)，檢查輸入數(shù)據(jù)格式。

最后，讓我們?cè)賮砘仡櫹挛⑸抛鲌D三部曲。

圖6. 微生信繪圖步驟

遇到文字截?cái)?，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，使用scape軟件。

參考論文：Hepatic transcriptome perturbations in dairy cows fed different forage resources. Fig3