參考基因組&注釋文件，這兩大文件是轉(zhuǎn)錄組分析的必備文件，可以說沒有它寸步難行。

需要者，可以直接從網(wǎng)站下載?

1.【小夢想在努力-2018-12-29】

http://www.360doc.com/content/18/1229/16/61186495_805301910.shtml

2.四種途徑下載參考基因組

http://www.360doc.com/content/20/0827/13/19913717_932471349.shtml

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哪些網(wǎng)址可以下載GTF、Fa、GFF文件(參考基因組和注釋文件)？以小鼠為例。

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一、Gencode 數(shù)據(jù)庫下載基因注釋文件； https://www.gencodegenes.org/mouse/

二、UCSC下載參考基因組http://hgdownload.soe.ucsc.edu

Sequence and Annotation Downloads??

????http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html

三、NCBI下載參考基因組&注釋文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/52?genome_assembly_id=992563

四、ENSEMBL下載注釋文件

??http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/gtf/mus_musculus/

【一】Gencode下載注釋文件https://www.gencodegenes.org/

https://www.gencodegenes.org/mouse/

在2021年3月23日星期二21：22下載了gencode數(shù)據(jù)庫中的GTF文件。第一個和第二個。

【二】UCSC下載參考基因組http://hgdownload.soe.ucsc.edu

?

Files included in this directory:

mm10.2bit - contains the complete mouse/mm10 genome sequence

????in the 2bit file format.??Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats

????Finder (with period of 12 or less) are shown in lower case; non-repeating

????sequence is shown in upper case. ?The utility program, twoBitToFa (available

????from the kent src tree), can be used to extract .fa file(s) from

this file.

??A pre-compiled version of the command line tool can be

????found at: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

?? ? See also:

????????http://genome.ucsc.edu/admin/git.html

? ? ? ? http://genome.ucsc.edu/admin/jk-install.html

包含完整的鼠標/mm10基因組序列的2bit文件格式。

重復掩蔽器和串聯(lián)重復發(fā)現(xiàn)者的重復(周期為12或更少)用小寫表示;

非重復序列以大寫字母表示。

實用程序twoBitToFa(可從kent src樹獲得)可用于從該文件提取.fa文件。

?ChromeFa.tar.gz -

每條染色體在一個文件中的裝配序列。

重復掩蔽器和串聯(lián)重復發(fā)現(xiàn)者的重復(周期為12或更少)用小寫表示;

非重復序列以大寫字母表示。

下載鏈接：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/

我下載的有：

chromFa.tar.gz???2012-02-09 13:54 ?830M

?mm10.2bit???????2012-02-07 10:52 ?682M ?

?????mm10.fa.gz??????2020-01-23 02:22 ?830M??

【補充1】在UCSC首頁Genomes欄中查看小鼠基因結(jié)構(gòu)：

http://genome.ucsc.edu/index.html。

【補充2】UCSC可以鏈接到NCBI中的參考基因組&注釋文件

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?

【三】NCBI下載參考基因組&注釋文件

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/52?genome_assembly_id=992563

?

下載的是download sequences in FASTA formot for genome.&download genome annotation in GFF.

【四】ensembl下載注釋文件

http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/gtf/mus_musculus/

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我下載的是第三個文件：Mus_musculus.GRCm39.103.gtf.gz??

【補充資料】

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2021-03-24 周三

天馬行空的坦克兵