Nature Immunology | 靶向抑制CD8T細(xì)胞G蛋白偶聯(lián)受體通路顯著抑制細(xì)胞耗竭而發(fā)揮抗腫

G-蛋白偶聯(lián)受體GPCR是研究的相當(dāng)廣泛和深入的信號(hào)通路,也是大家深入探究的藥物靶點(diǎn),然后再腫瘤免疫中卻沒有很好的開發(fā),整個(gè)文章的思路也非常清晰,確認(rèn)GCRP信號(hào)通路異常-導(dǎo)致的CD8+T細(xì)胞信號(hào)通路的異常-腫瘤免疫。文章從單細(xì)胞數(shù)據(jù)出發(fā),利用多個(gè)大型單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)集,包含19中不同的癌癥類型,確認(rèn)了Gas 偶聯(lián)的GPCR信號(hào)通路再衰竭的CD8+T細(xì)胞中富集,包含EP2、EP4、A2AR、β1AR和β2AR,他們都能促進(jìn)T細(xì)胞的功能障礙。異常的激活自然就是要探究靶向抑制該信號(hào)通路的抗腫瘤作用,發(fā)現(xiàn)利用CD8+限制性Gαs-DREADD的轉(zhuǎn)基因小鼠,抑制Gas信號(hào),進(jìn)一步確認(rèn)了Gas-PKA信號(hào)軸促進(jìn)了CD8+T稀薄的功能障礙和免疫治療的靶點(diǎn),文章的最后發(fā)現(xiàn)抑制Gas信號(hào)通路能夠顯著促進(jìn)免疫檢查點(diǎn)療法的免疫治療效果。
▉結(jié)果:
1.Gα偶聯(lián)的GPCR表達(dá)以及T細(xì)胞失能
基于過往研究,揭示了腫瘤細(xì)胞的onco-GPCRome和異常的GPCR信號(hào)和活性8,收集數(shù)據(jù)并對(duì)19種癌癥類型的scRNA-seq數(shù)據(jù)集綜合分析GPCR表達(dá)(圖1a和)。使用Seurat SCTransform scRNA-seq整合方法,分析了217,953個(gè)總的CD8+T細(xì)胞,根據(jù)地標(biāo)基因和近鄰分析ProjecTIL,將其分層為幼稚型、增殖型、細(xì)胞毒性型、效應(yīng)記憶型和衰竭型亞型(圖1b,c)。導(dǎo)致了功能性(細(xì)胞毒性和效應(yīng)記憶)和功能性(衰竭)CD8+亞型的劃分,非特異性幼稚T細(xì)胞隨機(jī)遷移通過腫瘤和增殖的T細(xì)胞,表達(dá)效應(yīng)記憶和衰竭T細(xì)胞的特征。當(dāng)分析386個(gè)非嗅覺GPCR基因的相對(duì)表達(dá)時(shí),許多GPCR在每個(gè)CD8+T細(xì)胞亞型中顯示出不同的表達(dá)模式(圖1d)。癌癥和慢性病毒感染中終末衰竭的CD8+T細(xì)胞最常見的是表達(dá)高水平的PD-1、TIM-3、CXCR6、LAG3、CTLA-4和CXCL13蛋白,所有這些都反映在綜合分析中的轉(zhuǎn)錄組水平上,正如以前記錄和驗(yàn)證的個(gè)別數(shù)據(jù)集。在衰竭的CD8+T細(xì)胞內(nèi),發(fā)現(xiàn)CXCR6、PTGER4、GPR65、ADGRE5和F2R是編碼GPCRs的最高度表達(dá)的基因之一,其表達(dá)模式與標(biāo)志性衰竭基因類似(圖1e)。
在黑色素瘤患者中建立了一個(gè)轉(zhuǎn)錄基因模塊,預(yù)測(cè)與LAG3表達(dá)有關(guān)的T細(xì)胞功能障礙程序(例如TIGIT、PDCD1、LAG3和CXCL13)。為了確定與該功能障礙程序最相關(guān)的GPCRs,從綜合分析中為所有CD8+T細(xì)胞生成了功能障礙評(píng)分(圖1f)。正如預(yù)期的那樣,19種癌癥類型的衰竭型CD8+T細(xì)胞顯示出最高的功能障礙得分,明顯高于增殖型、細(xì)胞毒性和效應(yīng)記憶型CD8+T細(xì)胞(圖1g)。接下來調(diào)查了與T細(xì)胞功能障礙得分最密切相關(guān)的GPCR基因。編碼CXCR6的基因,在慢性病毒感染期間表達(dá)于PD-1hi效應(yīng)和衰竭的CD8+T細(xì)胞上,是與T細(xì)胞功能障礙最顯著相關(guān)的GPCR基因19(圖1h)??偣灿?5個(gè)GPCR基因被證明與功能障礙得分明顯相關(guān),其中GPR56、CCRL2、GIPR和F2R是導(dǎo)致T細(xì)胞衰竭的首要候選基因(圖1h)。接下來的目標(biāo)是根據(jù)異三聚體G-蛋白偶聯(lián)信息區(qū)分GPCR的表達(dá)模式,以開始定義功能基因組。根據(jù)國際基礎(chǔ)和臨床藥理學(xué)聯(lián)合會(huì)(IUPHAR)的分類,根據(jù)所有GPCRs與Gα12/13、Gαi、Gαq/11或Gαs的主要G蛋白偶聯(lián),將其歸入G蛋白程序。耐人尋味的是,當(dāng)計(jì)算每條途徑的平均相關(guān)性時(shí),發(fā)現(xiàn)Gαs程序與T細(xì)胞功能障礙的關(guān)聯(lián)度最高,而Gαi程序的關(guān)聯(lián)度最低(圖1i)。編碼Gαs偶聯(lián)GPCRs的多個(gè)基因與T細(xì)胞功能障礙呈正相關(guān),有明顯的Spearman相關(guān)性,包括GIPR、ADORA2A、PTGER4、GPR65和TSHR(圖1j)。這些數(shù)據(jù)提出了一種GPCR-Gαs信號(hào)程序的可能性,它與腫瘤浸潤性CD8+T細(xì)胞的T細(xì)胞功能障礙相關(guān)。

2.內(nèi)源性Gas-GPCRs 削弱效應(yīng)T細(xì)胞功能
接下來調(diào)查了Gαs-GPCRs與衰竭T細(xì)胞表型的相關(guān)性。分析了小鼠淋巴細(xì)胞性絨毛膜炎病毒(LCMV)慢性感染模型的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),它代表了最近定義T細(xì)胞衰竭的里程碑式發(fā)現(xiàn)的最核心的實(shí)驗(yàn)?zāi)P拖到y(tǒng)(圖2a)。在這個(gè)模型中,急性感染LCMV產(chǎn)生強(qiáng)大的、增殖的和激活的效應(yīng)性CD8+T細(xì)胞,能夠解決感染。相比之下,慢性感染不同的LCMV菌株(克隆13)會(huì)導(dǎo)致持續(xù)的抗原暴露,產(chǎn)生一種獨(dú)特的疲憊的T細(xì)胞狀態(tài),抑制性受體持續(xù)表達(dá),效應(yīng)性功能分層喪失。結(jié)合了三個(gè)RNA-seq數(shù)據(jù)集,即來自急性LCMV感染的效應(yīng)CD8+T細(xì)胞和來自慢性LCMV感染的衰竭T細(xì)胞,并使用DESeq2直接比較兩種CD8+T細(xì)胞亞型之間GPCR的差異性表達(dá)。這表明,與效應(yīng)T細(xì)胞相比,編碼Gαs-GPCRs的多個(gè)基因在衰竭的T細(xì)胞中上調(diào),包括Glp1r、Ptger2、Ptger4和Gpr65,它們也與人類腫瘤浸潤性CD8+T細(xì)胞的T細(xì)胞功能障礙明顯相關(guān)(圖1g和2b)。這表明,在慢性病毒感染期間,耗竭腫瘤浸潤性CD8+T細(xì)胞和CD8+T細(xì)胞上所表達(dá)的Gαs-GPCRs在本質(zhì)上是相似的。
最近,確定了148個(gè)人類GPCRs與11個(gè)特定的人類G蛋白的耦合,并使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來增強(qiáng)A類GPCRs的GPCR耦合預(yù)測(cè)。在這里,對(duì)其預(yù)測(cè)性的G-蛋白耦合進(jìn)行分層,如IUPHAR和報(bào)告的檢測(cè)方法所指定。發(fā)現(xiàn)IUPHAR指定的Gαs偶聯(lián)基因組與LCMV感染中耗盡的T細(xì)胞上調(diào)的GPCRs有最明顯的富集(圖2c)。其他的基因組也明顯富集于衰竭T細(xì)胞上調(diào)的GPCRs,包括GNAQ預(yù)測(cè)的偶聯(lián)、Gq/11初級(jí)IUPHAR偶聯(lián)和GNA14預(yù)測(cè)的偶聯(lián)(圖2d)。這一起表明,除了T細(xì)胞功能障礙外,這些Gαs偶聯(lián)的GPCRs的表達(dá)也可能在驅(qū)動(dòng)T細(xì)胞衰竭中起作用。
為了更好地了解這些Gαs-GPCRs的表達(dá)是如何調(diào)節(jié)CD8+T細(xì)胞的,首先試圖通過在體外調(diào)節(jié)T細(xì)胞的激活來模擬由持續(xù)的T細(xì)胞抗原受體(TCR)信號(hào)傳導(dǎo)導(dǎo)致的T細(xì)胞功能損傷(圖2e)。來自C57BL/6小鼠脾細(xì)胞的CD8+T細(xì)胞被抗CD3和抗CD28激活48小時(shí)。隨后,細(xì)胞受到額外的再刺激(慢性刺激),以模擬TCR在腫瘤處接觸后T細(xì)胞的重新激活。作為對(duì)照,CD8+T細(xì)胞也用白細(xì)胞介素-2進(jìn)行培養(yǎng)。與急性刺激的CD8+T細(xì)胞相比,PD-1、CTLA-4、TIM-3和LAG3在CD8+T細(xì)胞上的表達(dá)水平都明顯升高,同時(shí)IFNγ和腫瘤壞死因子(TNF)減少,在這種試驗(yàn)中證實(shí)慢性激活的CD8+T細(xì)胞開始獲得類似衰竭的表型。
為了模擬Gαs配體在TME的暴露,將刺激Gαs-GPCRs的配體添加到的慢性衰竭試驗(yàn)中,β1腎上腺素能受體(β1-AR)和β2AR的多巴胺以及腺苷2A受體(A2AR)的CGS-21680)。在初始激活48小時(shí)后,CD8+T細(xì)胞在有或沒有Gαs配體的情況下再進(jìn)行48小時(shí)的激活,通過流式細(xì)胞儀分析IFNγ、TNF和顆粒酶B來測(cè)量其功能能力。連續(xù)刺激和添加PGE2、多巴胺或CGS-21680都明顯減少了IFNγ、TNF和顆粒酶B的單一陽性和高細(xì)胞毒性的多功能CD8+T細(xì)胞,這是由同時(shí)表達(dá)IFNγ和TNF的細(xì)胞測(cè)量的(圖2f、g)。CD8+T細(xì)胞的活力和增殖能力也有類似的下降,如Ki-67陽性率的下降所表明。此外,PGE2和多巴胺的刺激明顯提高了PD-1和TIM-3的表達(dá)(圖2g)。T細(xì)胞功能和增殖的同時(shí)減少和抑制性受體表達(dá)的增加表明,Gαs配體增強(qiáng)了CD8+T細(xì)胞極化為衰竭的功能障礙表型。
為了評(píng)估Gαs配體對(duì)細(xì)胞毒性T細(xì)胞殺傷的功能抑制,激活了來自O(shè)T-1轉(zhuǎn)基因小鼠的純化T細(xì)胞,其TCR對(duì)卵清蛋白(OVA)肽SIINFEKL(OVA257-264)具有特異性,并將其與表達(dá)OVA的MC38腫瘤細(xì)胞(MC38-OVA)以1:5的效應(yīng)物與靶體比例進(jìn)行共培養(yǎng)(圖2h)。Gαs配體明顯減少了OT-1 CD8+T細(xì)胞對(duì)MC38-OVA細(xì)胞的細(xì)胞毒性,這是通過2天后的腫瘤細(xì)胞存活率衡量的(圖2i)??傊?,體外實(shí)驗(yàn)確定了Gαs-GPCRs的配體對(duì)T細(xì)胞功能和細(xì)胞毒性的抑制作用。
為了闡明Gαs介導(dǎo)的CD8+T細(xì)胞功能障礙的基本機(jī)制,接下來描述了Gαs/cAMP下游驅(qū)動(dòng)免疫抑制的途徑,并重點(diǎn)關(guān)注PGE2,因?yàn)檫@種炎癥介質(zhì)導(dǎo)致所有測(cè)試的Gαs-GPCR配體對(duì)功能的抑制最為明顯。在慢性刺激期間加入PGE2和福斯克林(fsk),一種直接的腺苷酸環(huán)化酶-cAMP激活劑,導(dǎo)致cAMP反應(yīng)元件結(jié)合蛋白(CREB)明顯增加,在細(xì)胞內(nèi)cAMP和蛋白激酶A(PKA)激活增加后,CREB變得磷酸化(pCREB)(圖2j)。EP2或EP4抑制劑(分別為EP2i和EP4i)明顯減少了PGE2誘導(dǎo)的pCREB的激活,但不是fsk誘導(dǎo)的,這支持了PGE2對(duì)PKA的受體介導(dǎo)作用(圖2j)。同樣,加入EP2i或EP4i拮抗劑后,在PGE2的抑制下恢復(fù)了IFNγ和TNF的分泌,但對(duì)fsk的反應(yīng)則沒有(圖2k)。加入EP2和EP4拮抗劑比單獨(dú)加入每個(gè)拮抗劑更明顯地減少PGE2介導(dǎo)的IFNγ和TNF抑制作用,這表明同時(shí)阻斷多個(gè)Gαs受體對(duì)Gαs的激活可能提供對(duì)CD8+T細(xì)胞免疫抑制作用的更好救援。接下來,確定PGE2/cAMP誘導(dǎo)的抑制作用是否可以通過激活內(nèi)源性表達(dá)的Gαi-GPCR CXCR3與其配體CXCL10而得到拯救。盡管CXCL10單獨(dú)使用并不明顯影響IFNγ和TNF的分泌,但CXCL10與PGE2的添加可減輕PGE2的抑制作用??傊@些數(shù)據(jù)強(qiáng)烈表明,Gαs激活導(dǎo)致CD8+T細(xì)胞功能的抑制,這可以通過阻斷Gαs-GPCRs或刺激Gαi軸來挽救。
為了開始探索Gαs-PKA軸在PGE2介導(dǎo)的T細(xì)胞功能抑制中的作用,產(chǎn)生了條件性CD8特異性Gnas基因敲除(KO)小鼠(圖2l)。用CD8+T細(xì)胞限制性Cre重組酶與他莫昔芬2E8i-CreERT2)的小鼠與Gnas第1外顯子側(cè)翼有l(wèi)oxP位點(diǎn)的小鼠交叉(稱為CD8-Gnas KO;圖2l)。E8i-CreERT2小鼠在成熟的CD8+T細(xì)胞中表達(dá)報(bào)告基因,但在CD4+T細(xì)胞、B細(xì)胞、骨髓細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞或自然殺傷(NK)細(xì)胞群中不表達(dá)。給予他莫昔芬后,分離出CD8+T細(xì)胞并進(jìn)行長(zhǎng)期刺激。正如預(yù)期的那樣,用PGE2處理后,具有功能性Gαs的CD8+T細(xì)胞表達(dá)較少的IFNγ和TNF(圖2m),但這種抑制在CD8-Gnas KO小鼠中得到了拯救(圖2m)。為了尋找潛在的機(jī)制,研究了PKA的參與,這是Gαs的一個(gè)關(guān)鍵下游信號(hào)效應(yīng)器。在這些研究中,利用了我們的蛋白激酶抑制劑(PKI)肽小鼠模型。Tet-GFP-PKI小鼠與E8iCreERT2-ROSA26LSLrtTA小鼠雜交,產(chǎn)生一個(gè)條件性的、四環(huán)素誘導(dǎo)的PKI系統(tǒng),專門抑制CD8+T細(xì)胞中的PKA(稱為CD8-PKI)。在服用他莫昔芬和多西環(huán)素后,從CD8-PKI小鼠中分離出CD8+T細(xì)胞,并如上所述進(jìn)行長(zhǎng)期刺激。當(dāng)綠色熒光蛋白(GFP)-PKI在慢性激活的CD8+T細(xì)胞中表達(dá)時(shí),它可以防止PGE2引起的IFNγ+TNF+雙陽性CD8+T細(xì)胞的減少,這反映了Gnas的缺失(圖2m)。這強(qiáng)烈表明Gnas及其下游信號(hào)靶點(diǎn)PKA是PGE2介導(dǎo)的對(duì)CD8+T細(xì)胞的抑制作用的必要條件。
