航空人員在體檢合格證有效期內，因病情需要臨時停飛，如果暫停飛行連續(xù)超過30天或90天的，擬重新恢復飛行的，需要重新進行體檢鑒定后才能飛行。

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根據民航局飛標司管理程序《空勤人員和空中交通管制員體檢鑒定（AP-67FS-002）》的規(guī)定“3.3?暫停履行職責后的體檢鑒定”，航空人員因疾病、外傷或手術連續(xù)中斷履行職責超過30日而不足90日的，應申請單科鑒定，單科體檢醫(yī)師根據病情簽署單科結論，主檢醫(yī)師審核單科結論并簽署意見。申請人所在單位接收到書面單科鑒定結論和主檢結論后方可恢復申請人職責。

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航空人員因疾病、外傷或手術連續(xù)中斷履行職責超過90日的，在恢復職責前應接受全面的體檢鑒定并申請體檢合格證，獲得體檢合格證后方能恢復履行職責。

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因此，雖然在合格證有效期內，航空人員因病停飛連續(xù)超過30日的需申請單科鑒定后才能飛行，因病停飛連續(xù)超過90日的需重新接受全面的體檢鑒定并申請體檢合格證。