在生信分析中，我們往往希望對(duì)我們關(guān)注的某一個(gè)基因進(jìn)行下游功能的探索，然而，單個(gè)基因想要研究，大多數(shù)情況下只能是通過(guò)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行，通常會(huì)對(duì)該基因進(jìn)行敲除或過(guò)表達(dá)后進(jìn)行測(cè)序，從而和正常組進(jìn)行比較，得到差異基因認(rèn)為是受該基因影響的，但是這樣做一是耗時(shí)耗力，而是得到的差異基因仍然是一堆，我們?nèi)匀徊恢滥男┗蚝驮摶蛎芮邢嚓P(guān)。皮爾森相關(guān)系數(shù)和斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)為研究基因之間的表達(dá)相關(guān)性提供了很好的思路，因此本軟件通過(guò)基于基因在各個(gè)樣本中的表達(dá)矩陣，利用皮爾森相關(guān)系數(shù)和斯皮爾曼相關(guān)系數(shù)計(jì)算原理，分別獲得各個(gè)基因與關(guān)注基因的相關(guān)性排名，通過(guò)給定的基因個(gè)數(shù)N，繪制相關(guān)性最強(qiáng)的TOPN基因和關(guān)注基因的散點(diǎn)分布圖，并標(biāo)識(shí)出具體的相關(guān)系數(shù)和顯著性p.value值，從而為下游功能研究提供參考。

使用方法：

batchCorrelation.r??-Eset=???-symbol=???-topnumber=??

參數(shù)說(shuō)明：

USAGE:

batchCorrelation.r?-Eset=<Eset>?-symbol=<symbol>?-topnumber=<topnumber>

PARAMETERS:

-Eset???the?gene?expression?matrix?,gene?as?row,sample?as?column,?input?csv?format.

-symbol??the?gene?of?interested?,input?gene?symbol?format.

-topnumber??????the?number?genes?of?most?significantly?related?to?the?gene?of?interested,?input?integer?format.

操作步驟：

1、打開(kāi)命令行界面，輸入“Rscript??batchCorrelation.r”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說(shuō)明內(nèi)容，對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有3個(gè)，分別是-Eset，表示基因表達(dá)矩陣文件，以基因?yàn)樾?，樣本為列，保存為csv文件；-symbol，表示關(guān)注的基因名稱，為gene?symbol格式，必須包含在基因表達(dá)矩陣的行名中；-topnumber，表示預(yù)期繪制的與關(guān)注基因最相關(guān)的基因個(gè)數(shù)，這里假如是6，則會(huì)繪制與關(guān)注基因最正相關(guān)的6個(gè)和最負(fù)相關(guān)的6個(gè)基因的相關(guān)性散點(diǎn)圖。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車(chē)鍵，整個(gè)程序即正式開(kāi)始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會(huì)顯示“Program?execution?is?completed”結(jié)束語(yǔ)。

結(jié)果展示：

1.HDAC1_cor.pdf

該圖表示各個(gè)基因與關(guān)注基因的相關(guān)性散點(diǎn)圖，縱軸名稱是其它各個(gè)基因symbol，橫軸名稱為關(guān)注基因symbol，最上方P值表示顯著行p.value值，r值表示pearson相關(guān)系數(shù)

2.HDAC1other_gene_cor.csv

特別說(shuō)明：本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B52”領(lǐng)?。?

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