蛋白質(zhì)組學(xué)（英語：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)），是以蛋白質(zhì)組為研究對象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。這個(gè)概念最早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名詞。

上次分享了蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題（三），本周二將分享蛋白產(chǎn)品相關(guān)問題（四）~

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16.?通過?iTRAQ/TMT?實(shí)驗(yàn)篩選到的差異蛋白，如何挑選驗(yàn)證？

答案：大規(guī)模的組學(xué)數(shù)據(jù)需要后期具體的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，以支持組學(xué)數(shù)據(jù)和結(jié)論的可信度、說服力，也可以進(jìn)一步提供文章發(fā)表的檔次。可以從如下幾個(gè)方面進(jìn)行選擇：

a)?研究相關(guān)的文獻(xiàn)報(bào)道，已知與該研究課題密切相關(guān)的蛋白質(zhì)進(jìn)行進(jìn)一步的研究；b)?優(yōu)先挑選蛋白質(zhì)組學(xué)定量差異倍數(shù)較大的蛋白進(jìn)行研究；c)?挑選鑒定到的差異蛋白中unique?peptide?數(shù)量相對多的蛋白進(jìn)行研究（unique?peptide?數(shù)量越多，可信度越高）、d)?挑選組間平行性好的，表達(dá)趨勢一致的蛋白進(jìn)行進(jìn)一步研究（趨勢越一致，說明蛋白變化越可信）e)?結(jié)合功能分析或通路分析（生物信息學(xué)的分析范疇），篩選得到的有意義的蛋白進(jìn)行研究

17.?通過iTRAQ/TMT?實(shí)驗(yàn)篩選到的差異蛋白，如何進(jìn)行進(jìn)一步的驗(yàn)證？

答案：驗(yàn)證方法很多，如Western blot、Elisa?、PRM(平行反應(yīng)監(jiān)測)，該方法是基于靶向的蛋白質(zhì)組學(xué)，研究特定蛋白的表達(dá)變化。也可以用代謝組學(xué)，基因組學(xué)等多組學(xué)互相驗(yàn)證。

18.?通過?iTRAQ/TMT?實(shí)驗(yàn)篩選到的差異蛋白，為什么后續(xù)驗(yàn)證不出來？

答案：可以從以下幾個(gè)方面考慮：

A、選擇驗(yàn)證的目標(biāo)是否合理,?實(shí)驗(yàn)是否具有重復(fù)性和可靠性；B、蛋白修飾水平的驗(yàn)證是否具有時(shí)效性；不同階段如基因水平到蛋白質(zhì)水平的驗(yàn)證可能會(huì)有表達(dá)差異；大規(guī)模數(shù)據(jù)的篩選會(huì)存在一定的假陽性。

19.?為什么通過?Elisa、WB?能檢測到的蛋白在?iTRAQ/TMT?或蛋白鑒定實(shí)驗(yàn)中沒有檢測到？

答案：western blot檢測是將目的蛋白質(zhì)信號(hào)放大很多級(jí)之后進(jìn)行檢測的，靈敏度很高，（除非特異性結(jié)合之外）專一性強(qiáng)，特異性檢測目標(biāo)蛋白，幾乎不受復(fù)雜樣品中背景蛋白質(zhì)豐度的影響。對于純蛋白質(zhì)樣品，質(zhì)譜檢測的靈敏度達(dá)fmol?水平。但在復(fù)雜樣品中，質(zhì)譜不是專一性檢測的，而是選擇樣品中豐度較高的蛋白質(zhì)優(yōu)先檢測，而豐度較低的蛋白質(zhì)則因?yàn)殡亩涡盘?hào)過弱被淹沒而不能被檢測到。因此，如果樣品中待檢測的目標(biāo)蛋白質(zhì)豐度較低（或者蛋白質(zhì)分子量較?。词?WB?能夠檢測到，質(zhì)譜并不一定能檢測到。

20.?為什么DIA無需進(jìn)行高豐度去除、無需分級(jí)？

答案：DIA是一種全掃描技術(shù)，是將質(zhì)譜整個(gè)全掃描范圍分為若干個(gè)窗口，高速、循環(huán)地對每個(gè)窗口中所有離子進(jìn)行選擇、碎裂及檢測，從而無遺漏、無差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息。因此DIA在獲得更高覆蓋度信息的前提下，還盡可能減少高豐度蛋白對質(zhì)譜掃描的影響。

本周的FAQ就到此結(jié)束啦~

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我們下周不見不散~

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