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• hi大家，好久不見，小果又來啦！

• xCell是一種基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)的免疫細(xì)胞浸潤評(píng)估工具，可以識(shí)別出潛在的免疫細(xì)胞亞群并計(jì)算它們在組織中的相對豐度。它可以廣泛應(yīng)用于癌癥、自身免疫性疾病和其他疾病的免疫浸潤分析中。

今天小果就來教大家如何實(shí)戰(zhàn)應(yīng)用xCell進(jìn)行基因表達(dá)數(shù)據(jù)的免疫浸潤分析，那就和小果一起來看下吧！

數(shù)據(jù)預(yù)處理

下載xCell包并導(dǎo)入：

xCell免疫浸潤分析

導(dǎo)入基因表達(dá)矩陣，并通過xCellAnalysis分析表達(dá)矩陣，該函數(shù)用于預(yù)測細(xì)胞組分在給定樣本中的相對豐度：

先來一起看下分析后的數(shù)據(jù)集吧！

處理xCell分析后的結(jié)果數(shù)據(jù)集

接下來，我們可以根據(jù)樣本的分組情況，提取出對應(yīng)的細(xì)胞類型得分。

首先我們要讀取 group.txt 的文件，這里包含了樣本的分組信息，溫馨提示，細(xì)胞表達(dá)樣本數(shù)據(jù)包含兩種類型哦！

我們可以讀入這個(gè)文件，并提取出“septic_shock”?和?“healthy”?兩組樣本的得分：

整合樣本分組信息與細(xì)胞分組信息

處理好分析后的數(shù)據(jù)后，我們可以通過進(jìn)一步整合繪制所有結(jié)果數(shù)據(jù)集對應(yīng)的熱圖，那就和小果一起來看一下怎樣繪制吧！

在繪制熱圖之前，我們首先要整合數(shù)據(jù)、對所需數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選等操作，為后續(xù)的熱圖繪制工作做好準(zhǔn)備工作，我們一起來看一下吧！

生成熱圖

做好上述準(zhǔn)備工作后，我們可以導(dǎo)入pheatmap包并繪制熱圖，熱圖的具體繪制方法可以看小果之前發(fā)過的筆記哦，接下來和小果一起來看一下繪制過程吧！

好啦！現(xiàn)在你已經(jīng)成功完成了熱圖的繪制，接下來我們看看繪制效果：

xCell對分析結(jié)果下游分析

同樣地，我們也可以對xCell分析的結(jié)果進(jìn)行下游分析并通過小提琴圖對結(jié)果進(jìn)行直觀的分析，和小果一起來看一下怎樣操作吧！

現(xiàn)在我們提取出了xCellAnalysis分析后的樣本數(shù)據(jù)集并做了封裝處理，現(xiàn)在我們可以針對我們的細(xì)胞群數(shù)據(jù)進(jìn)行下游分析以及可視化處理的操作。

主要的流程為：根據(jù)不同的細(xì)胞子群對樣本進(jìn)行分類，遍歷每個(gè)細(xì)胞子群，并計(jì)算每個(gè)子群的差異顯著性，并對顯著差異的細(xì)胞子群進(jìn)行繪圖展示和保存結(jié)果。那么就讓我們一起來看下代碼實(shí)現(xiàn)吧！

現(xiàn)在，小果給大家展示遍歷到的其中一個(gè)細(xì)胞子群的最終計(jì)算結(jié)果數(shù)據(jù)，即我們提取出的要可視化的數(shù)據(jù)集，一起來看看吧！

通過小提琴圖可視化下游分析的結(jié)果

現(xiàn)在，我們可以將最終的計(jì)算結(jié)果通過小提琴圖展示出來，讓我們來看看具體的代碼實(shí)現(xiàn)吧！

現(xiàn)在，你已經(jīng)成功完成了xCell分析細(xì)胞到可視化的左右工作，現(xiàn)在小果給大家展示其中一個(gè)細(xì)胞子群的下游分析可視化結(jié)果！一起來看吧！

怎么樣，你學(xué)會(huì)怎么使用xCell包了嘛? 更多學(xué)習(xí)資源請大家移步小果專屬云生信平臺(tái)搜索更多資源哦！

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