祖先分布區(qū)重建：BiogeoBEARS使用示例
BiogeoBEARS是Matzke開(kāi)發(fā)的功能強(qiáng)大的祖先分布區(qū)重建R包，介紹參考http://phylo.wikidot.com/biogeobears
示例腳本都可在這個(gè)R包的exdata文件夾中a_scripts文件夾中獲取
個(gè)人能力有限，對(duì)腳本的理解或有錯(cuò)誤，僅供參考
對(duì)應(yīng)文件可在exdata文件夾中搜索，也可參考http://phylo.wikidot.com/biogeobears#links_to_files
安裝
加載及數(shù)據(jù)了解
加載包
設(shè)置工作路徑，輸入物種系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)信息及地理分布信息
當(dāng)命令有誤，會(huì)產(chǎn)生一個(gè)錯(cuò)誤的pdf文件，打開(kāi)便會(huì)顯示如下圖，這時(shí)候需要?jiǎng)h除這個(gè)pdf文件，或更換另一個(gè)名字運(yùn)行（正確的命令）。先在命令框運(yùn)行輸入一遍?dev.off()? 確保pdf文件處于非打開(kāi)狀態(tài)再刪除。
區(qū)域數(shù)多，狀態(tài)數(shù)就多，狀態(tài)的數(shù)量超過(guò)500左右就會(huì)難以運(yùn)行。用以下命令檢測(cè)狀態(tài)數(shù)。
運(yùn)行基礎(chǔ)模型
DEC
DEC+j
DIVALIKE
DIVALIKE+j
BAYAREALIKE
BAYAREALIKE+j
繪制結(jié)果圖
test model
時(shí)間分層分析（time-stratified）以DEC+j為例
有的時(shí)候，在一段時(shí)間內(nèi)，一些區(qū)域不會(huì)有物種分布，可以使用這一約束條件，示例是夏威夷群島的研究數(shù)據(jù)，有的島嶼在某一時(shí)間節(jié)點(diǎn)后才出現(xiàn)，在此時(shí)間節(jié)點(diǎn)前不可能有物種分布。同樣的約束思路可以套用到其他情況中去，來(lái)引入大的地理事件帶來(lái)的影響。
BSM（biogeographical stochastic mapping）
用于估計(jì)生物地理事件的類型與數(shù)量
2022.11.27加筆
如何指定分布狀態(tài)的顏色
顏色的設(shè)定可以參考BSM的示例代碼里的繪圖部分，設(shè)定colors_list_for_states，然后在繪圖命令plot_BioGeoBEARS_results里添加就可以了
下面進(jìn)行一個(gè)演示
結(jié)果是這樣的原設(shè)定高飽和亮眼圖
下面設(shè)置一下?tīng)顟B(tài)跟顏色的對(duì)應(yīng)
下面截圖示例一下
先看一下都有哪些狀態(tài)
然后看一下自動(dòng)匹配的顏色列表
抽取一個(gè)幸運(yùn)顏色編號(hào)替換所有顏色編號(hào)
看一下替換后的顏色列表
繪圖
麻了，#806600這個(gè)色號(hào)好丑
換色很麻煩，主要是不知道色號(hào)，得去翻表，上網(wǎng)查，直接導(dǎo)PS里換顏色方便多了……
