iqtree基于ML法建立系統(tǒng)發(fā)育樹的步驟
IQtree是利用最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的，具有高效建樹、模型選擇、超快自展等特點，適用于大數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析
1.?? 首先在NCBI下載用于建樹的序列，把這些序列放到同一個fasta文件里，每條序列的標(biāo)簽名要以“>”開始并且序列標(biāo)簽名中不要有空格和標(biāo)點等，不然后續(xù)無法識別. IQtree支持多種序列數(shù)據(jù)格式，如:Phylip/ fasta/fas/nexus/clustlw等格式，程序也會自動轉(zhuǎn)為Phylip格式，省去格式轉(zhuǎn)換的步驟。如圖所示：
2.將上述的fasta格式序列文件進行序列比對，我一般采用如下兩種方法：
? ? 采用Geneious進行Multiple Align(多序列比對)，比對后保存為Nexus格式;再到Mesquite中進行序列剪切,保存文件格式為Simplified NEXUS;最后在Geneious中將文件轉(zhuǎn)化為fasta格式。
? ? ?采用MEGA進行alignment序列處理，然后再保存成fasta格式。
如圖所示（采用方法1）：
3.?在應(yīng)用ML法重建系統(tǒng)發(fā)育樹前，需要先進行核苷酸替換模型的選擇，可以直接用IQ-TREE的ModelFinder這個模塊，能快速獲得最佳進化模型，也可以使用jModelTest、ModelTest-NG等選擇最佳模型。
4.iqtree是要使用命令運行的。在建樹前，首先需要調(diào)用出Window的命令運行界面Win鍵+R，輸入cmd打開命令提示符，點擊確定。如圖所示：
5.因為我的 iqtree2.exe 安裝在了D盤，所以要先切換到D盤, 然后回車。
6.之后輸入cd+iqtree2.exe的安裝路徑，再回車；把iqtree2.exe拖入，回車
看上邊9點，需要什么就復(fù)制哪一條指令，找最適模型+建樹，可選擇1，例如：
iqtree2 -s example.phy —— iqtree2 -s +自己序列的名字，然后，回車就可以運算了
?除此之外，也可以直接在命名提示符里寫指令，具體操作如下：前5步都一樣，從第6步開始稍微有所不同
轉(zhuǎn)盤之后，輸入cd+iqtree2.exe 的安裝路徑，再回車
接著測式最佳模型，我自己在記事本中提前寫好了指令，將測式最佳模型的指令復(fù)制粘貼
然后將比對好的序列fasta文件拖入，回車
這樣就找到了最佳模型，有fasta序列的那個文件夾將會出現(xiàn)幾個文件，先不用管，后期建樹的時候這些文件都會被覆蓋
接著就開始建樹了，復(fù)制粘貼建樹指令，回車
?接著繼續(xù)輸入指令，然后開始跑樹(序列多的需要的時間很長), 再做一次之前的操作，需要加-redo，防止結(jié)果被誤覆蓋.
?結(jié)果分析?
建樹完成后，會在序列文件夾中生成多個文件，覆蓋之前產(chǎn)生的文件，主要包括程序運行日志、一致樹文件(example.fasta.contree)、ML樹文件(example.fasta.treefile)即TREEFILE文件（含有Bootstrap/UFBoot/SH-aLRT值的BP評估分支置信度），可以用Figtree進行查看和賦根，使用Adode Photoshop 對進化樹進行編輯和美化.
注：此方法的步驟是我看各種學(xué)習(xí)視頻和互聯(lián)網(wǎng)資料之后自己總結(jié)的，若有錯誤的地方或有更好的學(xué)習(xí)步驟，歡迎指出和分享。
