Rsamtools是一個(gè)方便的R包，能過(guò)對(duì)bam文件操作，查看read sequence，提取或者過(guò)濾掉一些不想要的reads，之后生成新的bam file。以下是一些我所應(yīng)用過(guò)的操作流程。

一：定義想要從bam中讀取的header，然后提取出來(lái)：

二，接著就可以對(duì)anab中的read進(jìn)行查看了。

三，利用CIGAR string和nM標(biāo)簽計(jì)算Edit distance:

參考這篇文章中的做法

https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2353-5

10X的bam文件中沒(méi)有NM header, 我覺(jué)得應(yīng)該是用nM標(biāo)簽對(duì)應(yīng)的數(shù)字計(jì)算Edit distance。

代碼如下（參考https://github.com/NKI-GCF/XenofilteR/blob/cf6165a22d64462d544e11a789299bbff904f1ca/R/XenofilteR.R#L205）：

四，如何過(guò)濾掉/選取符合自定義條件的一些reads：

我一開(kāi)始應(yīng)用的場(chǎng)景比較復(fù)雜，參考的是https://support.bioconductor.org/p/119592/#119629， 能琢磨透這個(gè)基本上就能搞懂Rsamtool這一塊的功能了。