十步測序數(shù)據(jù)上傳GEO數(shù)據(jù)庫
我們在閱讀文獻的時候,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組等原始數(shù)據(jù)的都會注釋GEO數(shù)據(jù)庫的編號:GSExxxxxx,比如通過文獻鏈接到:

那么我們在投稿,發(fā)表論文前,測序數(shù)據(jù)又要如何上傳呢?
1,我們要首先保證在NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)有個自己的賬號,新用戶點擊下面Sign up

2,到NCBI主界面,點擊submit

3,搜索并進入GEO

3,搜索并進入GEO,點擊 右上角 logn in

4,?將NCBI 賬號與GEO 數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)并提交

5,選擇自己測序類型,通過示例要求上傳

6,選擇以下原始數(shù)據(jù)上傳的類型,測序直接得到的往往是fastq raw data

7,選擇上傳途徑

8,可以選擇FTP 上傳


9,“快速連接”工具欄中輸入主機(ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov),用戶名(geoftp)和密碼(rebUzyi1)來快速連接,會看到“快速連接”錯誤,可以忽略此錯誤。在“遠程站點”地址欄中輸入個性化工作區(qū)的路徑(如我的路徑為:/ uploads / zhaoyuhuan_8zOL842G)。然后可以通過從“本地站點”窗口拖動包含所有提交文件的文件夾并將其拖放到右側(cè)的上傳空間(“遠程站點”窗口)中來傳輸文件。

10,待傳輸完成后,點擊Notify GEO通知GEO審核數(shù)據(jù),GEO官方大概在5個工作日左右回復(fù),在收到管理員郵件確認之前不要引用GEO號。(注意根據(jù)發(fā)表情況,設(shè)置合適的公開時間)

部分參考:數(shù)據(jù)上傳 | GEO數(shù)據(jù)上傳操作指南 (qq.com)