“外泌體”一直都是國(guó)自然熱點(diǎn)榜上的常駐方向，一開(kāi)始是作為單獨(dú)熱點(diǎn)研究，現(xiàn)在更多是跟其他熱點(diǎn)方向進(jìn)行聯(lián)合研究。

講到外泌體，可能更多是認(rèn)為得做實(shí)驗(yàn)，要想深入挖掘它攜帶的基因等貨物就得做組學(xué)測(cè)序···

其實(shí)不然，它還是一棵做生信的好苗子，因?yàn)楝F(xiàn)在已經(jīng)出現(xiàn)了很多“外泌體數(shù)據(jù)庫(kù)”，測(cè)序、組學(xué)等等統(tǒng)統(tǒng)不需要，一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)就搞定了“外泌體相關(guān)基因或攜帶的基因/蛋白等貨物”，直接用來(lái)做生信可真是相當(dāng)簡(jiǎn)單了！

說(shuō)到“外泌體數(shù)據(jù)庫(kù)”，布小谷可就坐不住了，必須要跟小伙伴們分享一下自己的存貨——一次性盤(pán)點(diǎn)8個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，趕緊收藏吧！

外泌體幾乎可以從所有細(xì)胞中分泌，也參與眾多疾病，也就是說(shuō)“外泌體”方向做生信完全不受疾病方向限制，所以數(shù)據(jù)庫(kù)用起來(lái)，生信文章馬上來(lái)！

p?ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)涵蓋外泌體蛋白質(zhì)、RNA、脂質(zhì)體以及生物標(biāo)志物的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。當(dāng)前收錄了包括人、大鼠、小鼠、綿羊、豚鼠、果蠅、馬、牛等物種來(lái)源的286項(xiàng)研究數(shù)據(jù)，總計(jì)超四萬(wàn)個(gè)蛋白數(shù)據(jù)，近5000個(gè)mRNA，近3000個(gè)miRNA、1000多個(gè)脂質(zhì)數(shù)據(jù)。ExoCarta具有友好的網(wǎng)絡(luò)查詢系統(tǒng)，可以查詢多種生物來(lái)源的外泌體蛋白、RNA和脂類數(shù)據(jù)，注釋內(nèi)容包括詳細(xì)的外泌體組織來(lái)源和細(xì)胞類型，以及外泌體的分離制備方法。ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)、RNA數(shù)據(jù)集可以下載，下載的文件可直接導(dǎo)入FunRich工具，用于功能富集分析和相互作用網(wǎng)絡(luò)分析。此外為保持?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)的持續(xù)更新，ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)接受研究數(shù)據(jù)上傳。數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址為：http://www.exocarta.org/?

p?Vesiclepedia 數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)細(xì)胞外囊泡分子數(shù)據(jù)（脂質(zhì)、RNA和蛋白質(zhì)）的手工檢索數(shù)據(jù)庫(kù)，也是是目前最為豐富的胞外囊泡數(shù)據(jù)庫(kù)。收錄了41個(gè)物種的1254項(xiàng)EVs研究的將近35萬(wàn)個(gè)蛋白數(shù)據(jù)，27646個(gè)mRNA，10520個(gè)miRNA、639個(gè)脂質(zhì)數(shù)據(jù)。Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫(kù)可以根據(jù)物種、囊泡、分子和樣品類型等不同的搜索條件來(lái)檢索和下載數(shù)據(jù)，不僅提供了與EVs鑒定分子研究相關(guān)的實(shí)驗(yàn)描述和分子數(shù)據(jù)，而且支持鑒定Western blotting以及基于質(zhì)譜儀的肽細(xì)節(jié)和串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)。另外，Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫(kù)與ExoCarta數(shù)據(jù)庫(kù)部分相通，Vesiclepedia數(shù)據(jù)庫(kù)還提供FunRich插件，以供用戶進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)分析。網(wǎng)址為：http://www.microvesicles.org/??

p?exoRBase數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：exoRBase是從人類血液外泌體的RNA-seq數(shù)據(jù)分析得出的環(huán)狀RNA（circRNA），長(zhǎng)非編碼RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）的存儲(chǔ)庫(kù)。exoRBase數(shù)據(jù)庫(kù)目前收錄了869例血液，16例尿液，5例腦脊液以及15例膽汁來(lái)源外泌體RNA-seq數(shù)據(jù)，共計(jì)個(gè)19643個(gè)mRNA、15645個(gè)lncRNA和79084個(gè)circRNA數(shù)據(jù)，并提供了注釋和表達(dá)水平和可能的組織來(lái)源。其主要特點(diǎn)是對(duì)標(biāo)準(zhǔn)化RNA-seq數(shù)據(jù)的RNA表達(dá)譜進(jìn)行了整合和可視化。網(wǎng)址為：http://www.exorbase.org/??

p?EVpedia數(shù)據(jù)庫(kù)??

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：EVpedia是包括原核和真核生物胞外囊泡的高通量數(shù)據(jù)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，主要存儲(chǔ)2種類型的數(shù)據(jù)：胞外囊泡相關(guān)文獻(xiàn)和關(guān)于原核生物、非哺乳類真核生物和哺乳動(dòng)物囊泡組分（蛋白質(zhì)、mRNA、miRNA、脂質(zhì)）的高通量數(shù)據(jù)集。EVpedia數(shù)據(jù)庫(kù)還提供一款分析工具，可用于如檢索和瀏覽EVs成分、GO富集分析、蛋白質(zhì)組和mRNA的網(wǎng)絡(luò)分析等。網(wǎng)址為：http://evpedia.info??

p?EVmiRNA數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：EVmiRNA是細(xì)胞外囊泡（EVs）的miRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄了17種組織/疾病來(lái)源的462個(gè)EVs 的smRNA測(cè)序數(shù)據(jù)。EVmiRNA數(shù)據(jù)庫(kù)提供了3種功能性模塊：(i) EVs樣本信息，可以了解外泌體或微囊泡樣本來(lái)源的癌癥類型，miRNA表達(dá)情況等；(ii) miRNA注釋信息，包含miRNA表達(dá)譜，miRNA相關(guān)藥物，miRNA調(diào)控通路以及miRNA功能及相關(guān)文獻(xiàn)等；(iii)特異性miRNA，不同來(lái)源和癌癥樣本的特異性miRNA是潛在的miRNA生物標(biāo)志物。EVmiRNA具有用戶友好的Web界面，具有強(qiáng)大的瀏覽和搜索功能，以及數(shù)據(jù)下載功能。網(wǎng)址為：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA??

p?EMBL-EBI QuickGO數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：EMBL-EBI外泌體數(shù)據(jù)庫(kù)是一款針對(duì)外泌體蛋白GO功能分析的綜合注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)與外泌體數(shù)據(jù)庫(kù)Exocarta和Vesiclepedia緊密合作，識(shí)別用于注釋的靶蛋白以及外泌體實(shí)驗(yàn)方法學(xué)的注釋。網(wǎng)址：https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/??

p?Urinary Exosome Protein Database數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：Urinary Exosome Protein Database（尿液來(lái)源外泌體蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)）是基于NHLBI ESBL已發(fā)表的蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，包含1160種蛋白質(zhì)。所有數(shù)據(jù)均來(lái)自健康的人類志愿者尿液分離出來(lái)的外泌體。數(shù)據(jù)庫(kù)目前包含了用兩種不同的質(zhì)譜儀（LCQ與LTQ質(zhì)譜分析儀）來(lái)鑒定人類尿液來(lái)源外泌體的蛋白質(zhì)。網(wǎng)址：https://esbl.nhlbi.nih.gov/UrinaryExosomes/?

p?EV-TRACK數(shù)據(jù)庫(kù)

n?數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介：EV-TRACK是以Thery為首的EV-TRACK聯(lián)盟建立的EVs研究報(bào)告數(shù)據(jù)庫(kù)，其中包含了EVs相關(guān)研究的生物學(xué)和方法學(xué)參數(shù)，基于MISEV（EVs研究最小實(shí)驗(yàn)要求）評(píng)估EVs分離及鑒定相關(guān)參數(shù)。目前EV-TRACK數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了4897個(gè)外泌體實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，由9個(gè)實(shí)驗(yàn)參數(shù)組成：富含蛋白質(zhì)EVs、富含蛋白質(zhì)非EVs、定性和定量分析、電子顯微鏡圖像、密度梯度、EVs密度、超速離心、抗體特異性、裂解液制備。EV-TRACK數(shù)據(jù)庫(kù)可用于（i）研究人員之間相關(guān)實(shí)驗(yàn)參數(shù)交流；（ii）提高研究EVs的實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性和解釋性；（iii）記錄EVs研究的進(jìn)展；（ⅳ）查詢已發(fā)布的EVs研究數(shù)據(jù)。其最終目的旨在規(guī)范EVs研究，促進(jìn)EVs研究的標(biāo)準(zhǔn)化，便于將實(shí)驗(yàn)規(guī)范應(yīng)用于實(shí)際研究中。網(wǎng)址：http://www.evtrack.org/?

p?結(jié)語(yǔ)

看完小云分享的8個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，你對(duì)外泌體數(shù)據(jù)庫(kù)應(yīng)用心中有數(shù)了嗎？簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，如果想查詢或下載外泌體相關(guān)基因/蛋白進(jìn)行生信分析或準(zhǔn)備國(guó)自然研究基礎(chǔ)，可以通過(guò)前7個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)搜集數(shù)據(jù)綜合分析；如果想查找外泌體研究方法，可以使用最后一個(gè)EV-TRACK數(shù)據(jù)庫(kù)，讓實(shí)驗(yàn)少走彎路！