如何進(jìn)行小分子蛋白對(duì)接
常用的對(duì)接軟件
glide (schrodinger)，dock，gold，autodock，autodock vina ...
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_protein-ligand_docking_software
蛋白質(zhì)預(yù)處理
刪除不需要的分子，如水分子，額外的蛋白和配體等（可選）??
補(bǔ)全、優(yōu)化缺失的H原子
能量?jī)?yōu)化（可選，優(yōu)化可能導(dǎo)致口袋的形狀發(fā)生變化，需謹(jǐn)慎適用）
用對(duì)接軟件生成格點(diǎn)文件用于對(duì)接
準(zhǔn)備小分子
選擇合適的pH
優(yōu)化小分子的3D結(jié)構(gòu)（可選）
對(duì)接
可使用不同的對(duì)接軟件（打分函數(shù)）進(jìn)行交叉對(duì)接
后續(xù)
由于大部分對(duì)接軟件的打分函數(shù)的準(zhǔn)確度較低，對(duì)接基本僅適用于活性小分子的富集
可對(duì)得分較高的小分子使用更準(zhǔn)確的方法進(jìn)行重打分，計(jì)算結(jié)合自由能等
標(biāo)簽：
