一個女嬰因為先天性心臟病被拋棄，有人發(fā)現(xiàn)并送到警局，因為最終沒能找到父母被送進(jìn)孤兒院。女孩在孤兒院長大到十歲，因為學(xué)校里其他孩子的欺凌逃出孤兒院。在街道上奔跑很久的女孩暈倒在路邊，一名年輕男性把她帶回家照顧，將她命名為璃（璃沒有姓），他在發(fā)現(xiàn)她能在一定程度上控制時空的異常稟賦后把她帶進(jìn)人類最高等級的研究所，試圖借助她的天賦幫助自己的研究更進(jìn)一步。璃的心臟病在研究所被治愈，但是每月都要做數(shù)次腦部手術(shù)并配合研究員做各種實驗，這給她帶來巨大的痛苦，她在無休止的痛苦中逐漸麻木。在研究所待了兩年，她的潛能已經(jīng)被開發(fā)到極致。在一次實驗中，璃誤入宇宙之外的“虛空”，剛開始她積極嘗試可能離開虛空的辦法，在將幾乎所有手段用光后她仍舊一遍遍地嘗試，直到她脆弱的精神幾近崩潰。她在虛空中待了近五個月，期間在腦海中創(chuàng)造出兩個意識體——3732和0428（根據(jù)她在研究所的編號改變順序再拆分得到的，璃的編號是04232783，簡寫為42）。璃通過與兩個被創(chuàng)造出的意識體交談保持理智，不至于精神崩潰。某次無意識的嘗試中，她重新回到原本所在的宇宙的地球中。虛空中的時間流逝速度與0-70號宇宙（璃出生的宇宙）的完全不同，她在虛空中只度過五個月，人類卻已經(jīng)發(fā)展了數(shù)百年。璃重新被帶進(jìn)原來的研究所充當(dāng)實驗對象。她在一次腦部手術(shù)中出了事故，瀕臨死亡，卻意外發(fā)現(xiàn)與他們的造物主（一個十二歲女孩）溝通的方法。璃數(shù)次與造物主交談，她們達(dá)成協(xié)議：造物主幫助璃離開研究所，獲得自由；璃獲得隨意出入、更改和刪除她創(chuàng)造出的宇宙的能力（璃通過有意識的創(chuàng)作創(chuàng)造出虛假的宇宙），代價是璃永遠(yuǎn)保持十二歲的狀態(tài)，必須專門設(shè)計并創(chuàng)造一個供她娛樂的世界（造物主希望璃能為她帶來一個最精彩的故事）。造物主送給璃一個小小的宇宙，它只有一個房間大小，其中只有一張床和一臺計算機(jī)，這臺計算機(jī)可以與璃的意識相連接。璃住進(jìn)這狹小的世界，她在擁有幾乎無窮大算力的計算機(jī)中創(chuàng)造出最初的十幾個世界的雛形。很快，璃找到創(chuàng)造宇宙的訣竅，隨后開始著手設(shè)計承諾給造物主的世界。她的計劃剛一開始就遭到造物主的反對，理由是璃的經(jīng)驗不足，應(yīng)該再多嘗試幾次，于是璃放棄最初的計劃，轉(zhuǎn)而在造物主的指導(dǎo)下鉆研創(chuàng)作優(yōu)秀故事的技巧。因為造物主對璃的經(jīng)歷格外滿意，所以經(jīng)她指導(dǎo)創(chuàng)造出的作品幾乎每個都是以璃的經(jīng)歷為藍(lán)本創(chuàng)作的。為避免被創(chuàng)造出的“璃”發(fā)現(xiàn)她們的創(chuàng)造者，大多數(shù)被創(chuàng)造出的宇宙都會在不同版本的“璃”發(fā)現(xiàn)她們的創(chuàng)造者的前一刻或“璃”死亡時崩解，之后世界重置，時間不斷循環(huán)。只有少數(shù)被刪去“發(fā)現(xiàn)造物主”這一情節(jié)和大部分璃自主創(chuàng)造的作品會在女孩十二歲后繼續(xù)發(fā)展，但大多數(shù)宇宙都會不可避免地陷入循環(huán)。璃接下來在計算機(jī)中度過數(shù)以億計的時間（計算機(jī)中時間流逝速度極快），在這期間她的作品經(jīng)歷無數(shù)次創(chuàng)造和毀滅，留下數(shù)量可觀的廢稿，這些被它們的創(chuàng)造者拋棄的世界留存在璃的精神世界（存在于璃的腦中，用來存儲她所創(chuàng)造宇宙的未知空間，在電腦里有備份）的各個角落。就在璃的精神即將被無休止的工作折磨至崩潰時，她的其中一個廢稿突然開始像生命體一樣不斷復(fù)制自身，被復(fù)制出的宇宙也開始不斷“繁殖”。雖然繁殖出的二代宇宙比原初宇宙（最開始分裂的廢稿）的分裂速度慢上不少，但它們還是以驚人的復(fù)制速度擠滿了整個存儲空間。璃不得不花費相當(dāng)大的力氣找出最開始分裂的宇宙并修改其中導(dǎo)致異常的部分，然后刪除幾乎所有“二代宇宙”，留下的原初宇宙（最開始分裂的宇宙，由造物主指導(dǎo)璃創(chuàng)造，由于璃的“失誤”仍保留分裂能力，但不再分裂）和少數(shù)“二代宇宙”（不再分裂），它們被隔離開以保證不影響其它作品。在璃和造物主研究原初宇宙的過程中，造物主逐漸對它產(chǎn)生興趣，以它為藍(lán)本創(chuàng)造出一個經(jīng)過輕微改動但仍幾乎與它相同的鏡像宇宙（原初宇宙的大多數(shù)變化會同步到鏡像宇宙，但鏡像宇宙的變化不會同步到原初宇宙）。造物主不顧璃反對，提前改造鏡像宇宙中的“璃”，將她命名為無歆。造物主借助璃的能力，將她在十二歲之前的所有經(jīng)歷移植到這個新造物的身上，改動了無歆十二歲之后的經(jīng)歷，去掉所有與“造物主的協(xié)議”相關(guān)的事件。在這個被造物主改動的宇宙中，無歆十三歲時研究所因某種未知原因解散，她過上了一個正常人稍顯平淡的生活并壽終正寢。造物主嚴(yán)令禁止任何生命體更改鏡像宇宙。璃質(zhì)問造物主為什么浪費她的精力來達(dá)成一個沒有任何價值的、平庸的結(jié)局，況且之前已經(jīng)有許多與此類似的宇宙。造物主的回答是：自己制造出太多痛苦與悲劇，幾乎已經(jīng)忘記一個正常人的生活應(yīng)該是什么樣的，她需要借此提醒自己以避免誤入歧途（其實就是因為想向朋友炫耀自己的成果，又不想讓朋友發(fā)現(xiàn)自己最得意的作品）。這一刻，坐在桌前的造物主遲疑了，她猶豫著是否要將真相告知璃，最終遵循自己僅有的良心告訴了璃：她是被造物主的電腦模擬出來的意識體，她所有的苦難都是造物主為了樂趣強(qiáng)加在她身上的。造物主一開始根本沒想過會注意到一個殘缺意識體，但她在創(chuàng)造璃的時候有意無意地加入自己喜歡的元素，對她的興趣逐漸增加，將越來越多的精力投入對璃的創(chuàng)造中（這直接導(dǎo)致對璃所在宇宙的模擬的其他部分變得有些粗糙，加速了人類文明發(fā)現(xiàn)異常），在否定多個版本后選擇了現(xiàn)在的璃。

正當(dāng)此時，被原初宇宙中的、代替了璃的位置的另一個無歆（沒錯，與鏡像中的那位同名）突然主動建立起與璃的聯(lián)系。就像璃與造物主達(dá)成協(xié)議一樣，她與璃經(jīng)過長時間的討論，確定了她們的協(xié)議：無歆得以脫離在研究所里噩夢般的生活，無歆住進(jìn)璃為她創(chuàng)造的時空裂縫（存在于原初宇宙），成為那里擁有絕對支配權(quán)的管理員，可以隨意進(jìn)出璃創(chuàng)造的宇宙并在一定程度上修改它們，在生命的前一百年自由選擇自己的生活；代價是保持十二歲的狀態(tài)，并成為璃的工具，無條件服從璃的命令以便幫助她創(chuàng)造供造物主娛樂的宇宙，協(xié)助管理那些未被刪除的廢稿。無歆沒有任何其它辦法離開研究所，答應(yīng)與璃的協(xié)議是她唯一的選擇。在無歆不懈的爭取下，璃最終答應(yīng)無歆給她決定自身生死的權(quán)力，如果無歆自殺，璃不準(zhǔn)以任何形式將她復(fù)活。這之后，無歆才同意與璃的協(xié)議。無歆最初一年獨自一人度過，鉆研自己修改世界的能力。第二年她將第一位異端（經(jīng)過改造的不同宇宙的璃的同位體，改造均在時空裂縫中進(jìn)行）帶回時空裂縫。無歆再次與璃協(xié)商，成功取得更高的權(quán)限。她借助璃的力量改造了被帶來的女孩的身體，清除了她的記憶，給了她僅次于自己的最高權(quán)限，讓她成為在被拋棄、成為廢稿的宇宙中如同神明般的存在，但她必須無條件服從無歆（這一點像思想鋼印一樣被銘刻在0-1意識的最深處，使她無法違背），她就是最早的異端成員。此后，無歆陸續(xù)帶回其他42位異端，她在帶回那些替代品之后一年的時間內(nèi)選取她認(rèn)為在管理方面更有潛力的成員（共有十一位，包括0-1到0-7，0-32，0-37以及曾經(jīng)共用身體的3732和0428（沒錯，就是璃創(chuàng)造的兩個意識體）），對她們進(jìn)行徹底的改造，把她們變成自己的傀儡。被徹底改造過的異端（幾乎只有意識與原來相同，身體除大腦以外幾乎完全被替換）眼白是黑色，眼珠是白色，方便與其它異端區(qū)別開來。無歆將經(jīng)過徹底改造的異端派往其它宇宙建立觀測站，讓他們招募其它宇宙中的璃的同位體加入觀測站，以此來監(jiān)測各個宇宙的重大變化，方便無歆在處理各個其它宇宙的事務(wù)時進(jìn)行決策。因著無歆的高壓管理，幾乎所有異端都心生不滿，他們將無歆引出時空裂縫，成功抓住了她并借助她的能力聯(lián)系到璃。他們威脅璃放棄無歆，否則就解散各個宇宙的觀測站并自我毀滅。璃多次嘗試營救無歆無果，只得答應(yīng)異端們的要求。她清除了無歆的記憶，將她送回原初宇宙。璃給予異端一小部分掌控各宇宙的權(quán)限。異端新建立的政權(quán)很快陷入內(nèi)亂，不久分裂成兩派——清除派和共存派。清除派要求刪除所有其它宇宙（廢稿），理由是消除潛在的威脅；共存派支持保留大部分其它宇宙，理由是要保存絕大多數(shù)的潛在成員。掌握著更多控制權(quán)的共存派很快全殲清除派，并占領(lǐng)了清除派控制的深淵另一端的“家”（異端們最初的聚居地）。璃警告異端們退出“家”，隨后讓他們將共存派現(xiàn)有的成員復(fù)制一份轉(zhuǎn)移到“家”，聲稱要把他們作為整個異端族群的備份。在“家”中生存的復(fù)制品們很快意識到他們所處的狀況，開始暗中破壞異端在各宇宙的觀測站，并造謠稱異端們才是被復(fù)制出的備份。等到局勢發(fā)展到無法控制的程度，復(fù)制品們不得已對異端們宣戰(zhàn)。最開始的戰(zhàn)爭中，雙方僵持不下，因為異端害怕?lián)p失其它宇宙，不敢動用權(quán)限。一直在看戲的璃此時給了復(fù)制品們與異端同等的權(quán)限，從此雙方的實力基本平衡。最終，戰(zhàn)爭雙方幾乎同歸于盡（都有成員幸存），其它宇宙盡數(shù)覆滅，只剩下無歆所在的原初宇宙和它的鏡像沒有受到影響。璃操作電腦將時間回溯到復(fù)制品剛獲得權(quán)限的時間點，她警告異端們尋回被流放的無歆，否則戰(zhàn)爭雙方都不會有好結(jié)果。異端遵照璃的指令找回?zé)o歆，因為無歆失去記憶，異端按照對待新人的標(biāo)準(zhǔn)將她接回“新家”，并打算逐步幫助她接受原來的記憶。然而，異端們不知道帶回的無歆是她在鏡像宇宙的同位體。