#方便自己回來復(fù)習(xí)的個(gè)人學(xué)習(xí)記錄，僅供參考，如有錯(cuò)誤，請(qǐng)多指正?

寫在前面：這部分涉及進(jìn)化獨(dú)特性（ED）的度量，研究區(qū)域的區(qū)域劃分（柵格化研究區(qū)域），將系統(tǒng)發(fā)生樹按深度或指定劃分類群數(shù)進(jìn)行劃分，形成一個(gè)顏色映射。

evol_distinct? ?度量類群進(jìn)化獨(dú)特性

計(jì)算一組物種的進(jìn)化特征，進(jìn)化獨(dú)特性ED（要素察覺x）反應(yīng)一個(gè)類群的進(jìn)化多樣性，排名靠前的物種具有跟高的進(jìn)化獨(dú)特性，也就是跟他關(guān)系比較近的物種較少，遺傳上比較獨(dú)特，可能有更多的特有基因，需要首先保護(hù)。

evol_distinct( tree, type = c("equal.splits", "fair.proportion"), scale = FALSE, use.branch.lengths = TRUE, ... )

tree對(duì)應(yīng)有枝長(zhǎng)的進(jìn)化樹phylo，type里選擇其中一種模式，scale沒太看懂，use.branch.lengths是否反應(yīng)枝長(zhǎng)信息。

示例：

tree <- ape::rcoal(10)

這里調(diào)用了一個(gè)ape里的數(shù)據(jù)，這個(gè)樹展示如下

幾個(gè)參數(shù)都試了一下，數(shù)字會(huì)有差異，但是無論如何t9的值肯定是最高的，use.branch.lengths=FLASE的時(shí)候t9=1，算是標(biāo)準(zhǔn)化了。

fishnet? 將研究區(qū)域分割成規(guī)則的網(wǎng)格

用法：fishnet(mask, res = 0.5, type = "square")

示例：

get_clades? ?獲取樹某一深度后的節(jié)點(diǎn)

直接示例：

require(ape)

ape處理系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)

data(bird.orders)

plot(bird.orders)

加載了一個(gè)鳥目間關(guān)系樹，畫出來，看樣子帶枝長(zhǎng)信息

axisPhylo(side = 1)

在樹圖旁添加了一個(gè)縮放軸

abline(v=28-23) # the root is here at 28

abline在當(dāng)前圖中加一條或多條線，v是指加垂直的線，根為28這個(gè)注釋把我偏離，v=28的時(shí)候線加在最末端，估計(jì)指的是縮放軸吧，加線的時(shí)候是從左開始的。

get_clades(bird.orders, 23)

得到的結(jié)果就是根據(jù)上面這條線切割后分得的類群，cut=23同效，如果想把上面的分成4堆就k=4

hexcols? 生成顏色映射

用法：hexcols(x)? x為metaMDS類對(duì)象（總算理解MDS了，多維度分析，這里是為了顯示聚類結(jié)果）

示例：

library(vegan)

vegan提供了描述社區(qū)生態(tài)的工具。它具有多樣性分析、群落排序和差異性分析等最基本的功能。它的大多數(shù)多元工具也可以用于其他數(shù)據(jù)類型。

data(dune)

表格數(shù)據(jù)

c1 <- metaMDS(dune, trace = 0)

???之后回來補(bǔ)

hexcols(c1)

生成了一個(gè)色號(hào)對(duì)照的映射表

plot(c1$points, pch = 21, cex = 7, bg = hexcols(c1), las = 1)

畫點(diǎn)圖，pch點(diǎn)類型，cex大小，bg圖形背景色【對(duì)應(yīng)了上面的色號(hào)映射表】，las坐標(biāo)軸類型。