9世紀(jì)中葉南疆北緣操吐火羅語的綠洲國家讓位于高昌回鶻， 11世紀(jì)時 ，南疆南緣存在千年的于闐古國覆滅于伊斯蘭教的喀喇汗國 。至此 ，在語言上，西域接近完成了突厥化。 從11世紀(jì)開始， 在西方的喀喇汗國以及其后的察合臺汗國的步步侵入和剿滅之下， 佛教的高昌回鶻完全讓位給了喀喇汗國以及察合臺的穆斯林 。

目前我們談維吾爾的四大族源：1、 跟回鶻相關(guān)的只有西遷的回鶻； 2、印歐人土著 ——包括吐火羅語人群以及塞人。 現(xiàn)在這部分人群對維吾爾人更多的只是基因以及文化底層的貢獻(xiàn)；3、伊斯蘭化的突厥語各部 ，比如：喀喇汗國的葛邏祿 、樣磨、 處月， 這些人構(gòu)成了后來突厥語系葛邏祿語族的主體， 取代了西伯利亞語族的回鶻，成為了維吾爾人的文化以及語言主體；4、突厥化的蒙古部落，在波斯語文獻(xiàn)中的蒙兀兒人， 這些人 主要是察合臺汗國/葉爾羌汗國的遺民。 比如帖木兒帝國 、莫臥兒帝國的巴魯剌思部落 就是典型的蒙兀兒人；在察合臺汗國的中后期，伊斯蘭化的突厥語各部以及突厥化的蒙古部落，其實(shí)已經(jīng)以察合臺人這樣一個新的民族共同體，存在于中亞中部以及如今新疆。也就是現(xiàn)代烏茲別克人以及維吾爾人的前身；這兩個民族后來的分野，主要是西察合臺汗國或叫后帖木兒時代，率先被青帳或叫藍(lán)帳也或者叫金帳幼裔的術(shù)赤-昔班系取代， 而形成了烏茲別克人。 其實(shí)南遷河中的原烏茲別克人是極少的 ，多數(shù)是本地的察合臺人以及塔吉克人 。而葉爾羌汗國的這部分察合臺人——清代稱為回部的人群 ，在20世紀(jì)初 由本民族的知識分子追溯了回鶻這一族源 ，將本民族定名為維吾爾族。 要知道，元、 明的回鶻-畏兀兒人 ，指的都是高昌回鶻和黃頭回紇（撒里畏兀兒）及其后裔 。到了近代 重新出現(xiàn)在我們眼前的維吾爾人，已經(jīng)是一個跟歷史上的回鶻-畏兀兒人在文化 、宗教、 和人群組成上差異巨大的新的民族。 本質(zhì)上 ，現(xiàn)代的烏茲別克人和維吾爾人， 是察合臺人因政權(quán)更迭而人為分離的民族共同體。 三大烏茲別克汗國和準(zhǔn)噶爾汗國正是奠定這一格局的始作俑者 。標(biāo)志著東、西察合臺人的最終分離。