產(chǎn)物的純化可以有效地去除內(nèi)毒素﹐常用的純化流程由幾個(gè)層析步驟組成，包括離子交換、疏水相互作用層析和凝膠過(guò)濾色譜法。一般來(lái)說(shuō)，起初，高內(nèi)毒素含量的產(chǎn)物通過(guò)上述過(guò)程的純化而不再經(jīng)別的特殊處理就能將內(nèi)毒素減少至100EU/ml左右，甚至更低。如重組α1-抗胰蛋白酶在粗制的細(xì)胞勻漿中濃度為1.2×107EU/ml，當(dāng)采用超濾﹑離子交換和固定的金屬螯合物吸附層析法三步純化后，終產(chǎn)物中的內(nèi)毒素含量小于0.22 EU/ml。

另外，雖然有幾種吸附步驟的混合使用，但在最終產(chǎn)物中仍有相當(dāng)量的內(nèi)毒素未能被清除。雖然在通過(guò)陽(yáng)離子交換和肝素吸附劑等無(wú)菌層析后，蛋白質(zhì)的純化度可達(dá)到99%以上，但是最終產(chǎn)物中的內(nèi)毒素含量仍有14EU/ml。再如，在純化的鼠IgG1預(yù)備物（PI=5.5）中微生物污染是很少的，經(jīng)過(guò)立即無(wú)菌過(guò)濾后，內(nèi)毒素和?IgG1分別為100EU/ml和3EU/ml。此時(shí)再用其他方法（包括離子交換、疏水相互作用和蛋白質(zhì)A親和層析）再處理此IgG1溶液并未能進(jìn)一步去除所含的內(nèi)毒素。同樣，當(dāng)多黏菌素B或組胺酸用作層析柱時(shí)，在大劑量的樣品情況下，不能有效地將內(nèi)毒素減少到一個(gè)理想的限度以下。而在處理少量的樣品時(shí)則可以一定程度地減少內(nèi)毒素，但問(wèn)題是會(huì)丟失相對(duì)大量的產(chǎn)物。

蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素分子的特性對(duì)于蛋白質(zhì)和內(nèi)毒素的進(jìn)一步減少有獨(dú)特的影響。如針對(duì)堿性纖維母細(xì)胞生長(zhǎng)因子（bFGF）的內(nèi)毒素選擇性吸附劑是以聚乙胺葡聚糖為基礎(chǔ)的，能成功地在負(fù)性層析模型中進(jìn)行。當(dāng)內(nèi)毒素被吸附的同時(shí)，bFGF的殘留可以避免。對(duì)IgG1來(lái)說(shuō)，只有特殊的內(nèi)毒素選擇性吸附劑是成功的。

在制藥工業(yè)上有一些可選擇的方法可以得到低內(nèi)毒素含量的產(chǎn)物，這些方法之間的差異表現(xiàn)在內(nèi)毒素清除時(shí)魚和熊掌不能兼得的問(wèn)題。因?yàn)樗幱眯缘鞍踪|(zhì)的酸堿性不同，在制造過(guò)程中需要的合適環(huán)境也不同，所以不能采用完全相同的方法來(lái)去除其中的內(nèi)毒素。例如，離子交換層析對(duì)尿激酶或bFGF等堿性蛋白質(zhì)的去污染有用，而對(duì)酸性蛋白質(zhì)則因?yàn)槲揭蛩氐淖饔脤?huì)同時(shí)伴有產(chǎn)物的丟失。小分子蛋白質(zhì)如肌球蛋白（相對(duì)分子質(zhì)量為18000）可用于超濾法去除大的內(nèi)毒素聚合物，而對(duì)大分子蛋白質(zhì)如免疫球蛋白（相對(duì)分子質(zhì)量為150000）來(lái)說(shuō)，超濾則不起作用。此外，如果內(nèi)毒素和蛋白質(zhì)的相互作用使內(nèi)毒素單體通過(guò)細(xì)胞膜滲透到蛋白質(zhì)中，則此時(shí)超濾也是無(wú)效的。

由于產(chǎn)物多種多樣，人們期望用一個(gè)統(tǒng)一適用的內(nèi)毒素清除方法是不切實(shí)際的。另一方面，由于所采用技術(shù)的不同也說(shuō)明，在純化步驟的改進(jìn)時(shí)，內(nèi)毒素分子的特殊性質(zhì)并不總是被完全考慮到的。