miRNA基因調(diào)控怎么做?一文帶你輕松get常用研究方法
之前介紹了如何選擇研究的miRNA(文章名稱:《研究miRNA,到底是研究5p成熟體還是3p成熟體呢?》)以及miRNA表達量的檢測方法(文章名稱:《莖環(huán)法or加尾法?哪種更適合你的miRNA檢測?》),這次小編來講講miRNA過表達和干擾的常用研究方法。
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miRNA作用機制
miRNA首先在細胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄出較長的初級miRNA(pri-miRNA),然后在細胞核內(nèi)由Drosha加工成前體miRNA(pre-miRNA),在Exprotin?5復合物的幫助下被轉(zhuǎn)運出細胞核,在細胞質(zhì)中由Dicer剪切成為成熟的miRNA(mature-miRNA),隨即被整合進RNA沉默復合物(RISC)中,基于與mRNA完全或不完全配對來調(diào)節(jié)基因表達。
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圖1 miRNA作用機制
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miRNA過表達
研究miRNA過表達通常有三種方法:(1)根據(jù)pri-miRNA序列構(gòu)建過表達載體,選擇pre-miRNA上下游在內(nèi)的300bp以內(nèi)的序列克隆到啟動子下游;(2)根據(jù)mature-miRNA序列構(gòu)建過表達載體,將mature-miRNA序列及其反向互補序列加上loop序列構(gòu)建到載體上;(3)直接化學合成小片段mimics(mature-miRNA序列)。
其中,根據(jù)pri-miRNA序列構(gòu)建過表達載體,載體轉(zhuǎn)入細胞或?qū)嶒瀯游矬w內(nèi)后可利用miRNA加工機制獲得成熟的miRNA并發(fā)揮作用,過表達效果較好,是最常用的一種過表達方法。
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表1 miRNA過表達的研究方法
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miRNA干擾
研究miRNA干擾通常有三種方法:(1)antango,合成mature-miRNA序列的反向互補序列構(gòu)建到載體上;(2)sponge,一般是將4個mature-miRNA序列的反向互補序列用linker連接,合成相應(yīng)序列,構(gòu)建到載體上;(3)inhibitor,直接化學合成mature-miRNA反向互補序列。
sponge有多條mature-miRNA反向互補序列,相比單條序列,干擾效率更高,且II/III型啟動子均可啟動,使用范圍更加廣泛,是最常用的干擾方法。
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表2 miRNA干擾的研究方法
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注:由于miRNA干擾只是利用反向互補序列吸附miRNA,而非讓miRNA降解,所以miRNA依然存在,使用qPCR檢測其表達量沒有變化是正?,F(xiàn)象,可通過檢測與其相互作用的靶基因的表達量來判斷miRNA表達量是否下降。
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