個人學(xué)習(xí)記錄:LeafNet的下載安裝和使用
由于網(wǎng)頁版一次只能單張圖像上傳處理,如果需要批量處理的話,就需要下載和安裝。
網(wǎng)頁的Documentation里面詳細(xì)介紹了安裝及應(yīng)用說明(https://leafnet.whu.edu.cn/doc)。提供了兩種安裝方式,由于第二種方式十分麻煩,選用第一種用conda來安裝。
先到官網(wǎng)下載miniconda(推薦),安裝好后可以找到conda自帶的命令提示符的框

如果在系統(tǒng)的命令提示符內(nèi)輸入conda會顯示找不到這個命令,添加路徑配置環(huán)境的話應(yīng)該也可以,不過直接點開conda帶的就好了。


按照網(wǎng)頁提示的命令復(fù)制粘貼就行

這里建議不要安裝gpu版本,一般電腦的cpu會高于要求但gpu不一定,以我的電腦為例,gpu雖然有4G,但是用leafnet運行的時候它檢測能自由使用的只有3.24G,運行時間長且識別效果會很差。
安裝好后開始使用。
安裝教程里面有激活環(huán)境這一步,每次打開anaconda的命令提示符后如果想要使用leafnet的命令都需要先輸入(? conda activate leafnet_env )激活環(huán)境,如果在(base)環(huán)境下是無法運行的。

如果沒用使用命令行的基礎(chǔ)可以使用窗口界面,輸入? leafnet-gui? 等一會就會自己彈出來


運行的時候會顯示未響應(yīng),但實際上是在運算中的,耐心等待就好了,如果把窗口關(guān)閉就會終止運行。(第一作者大大說是因為沒有設(shè)置進(jìn)度條,安心等待就行了,是在算在)

結(jié)束時會有提示

如果想練習(xí)一下命令行的使用就按照網(wǎng)頁教程來就行。最簡單的命令至少包括輸入路徑(-i path)、輸出路徑(-o path)和輸出文件類型(-m),如果你的輸出指定的文件夾不是空的,會報錯無法運行。

可以改個名字,他會幫你以新名字自動生成空文件夾并將結(jié)果輸出到里面。


運行的時候中間會有很多WARNING,可以直接忽略,如果運行失敗的話跟這個沒有關(guān)系,出現(xiàn)error才會終止運行。
批量處理的話,將要處理的圖片放在一個文件夾里或壓縮包里,在輸入路徑后加-r或-z,如果-r|-z直接跟在-i后面則無法識別輸入的文件。



進(jìn)階的參數(shù)按需調(diào)整,具體參考網(wǎng)頁教程。
幾天的試驗下來基本上理解這個東西大概是咋運作的了,沒有猜錯的話是根據(jù)對比度來劃分邊界(感覺有點像PS里的魔棒工具選區(qū)了……),依照劃分區(qū)域的面積大小和形狀來判斷是否是真的細(xì)胞邊界并識別出表皮細(xì)胞與氣孔。因此背景色參數(shù)等如果輸入錯誤的話,就沒有辦法很好的劃分邊界,設(shè)定分辨率和細(xì)胞、氣孔的大小界限有利于判斷和識別。植物表皮細(xì)胞和氣孔的形狀各異,有時候表皮還會有腺毛等附屬物遮蔽,而該軟件對于這些情況的處理能力似乎比較有限,有些人眼都難以識別的氣孔軟件更會出現(xiàn)誤判的情況。該軟件提供了軟件學(xué)習(xí)的流程,但只能提高氣孔識別的能力,實際上提高效果如何有待探究,因而只能說這個軟件的適用范圍有限,還有著很大的提升空間。
下面舉個例子,這是一張表皮細(xì)胞分界不清楚,并且有葉表皮附屬物的電鏡照片,無論如何調(diào)整參數(shù),識別效果都不是很好。



還行,能識別出來一個氣孔(多次運行都只能識別出來一個,識別的結(jié)果還不是同一個……)