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對于從事生物醫(yī)學(xué)及生物信息學(xué)的人員來說，GEO（Gene Expression Omnibus database）數(shù)據(jù)庫的重要性大家一定不陌生了吧，GEO數(shù)據(jù)庫收集了大量表達譜、甲基化、LncRNA、miRNA、拷貝數(shù)變異（CNV）等各種芯片數(shù)據(jù)，并且還存儲了一些二代數(shù)據(jù)和其他高通量測序數(shù)據(jù)。那么今天小云將帶大家學(xué)習(xí)如和從GEO數(shù)據(jù)庫下載你所需要的數(shù)據(jù)，讓GEO數(shù)據(jù)庫成為你科研路上重要的助力。

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? ? GEO數(shù)據(jù)庫所包含的信息：

1) GEO Platform (GPL) 芯片平臺

2) GEO Sample (GSM) 樣本ID號

3) GEO Series (GSE) study的ID號

4) GEO Dataset (GDS) 數(shù)據(jù)集的ID號

數(shù)據(jù)下載

方法一：

打開GEO官網(wǎng)：

Home - GEO - NCBI (nih.gov)

輸入GSE編號，點擊Search

下拉，選擇Series Matrix File（s）

?

? ? 下載matrix文件 ，可以下載到本地，也可以通過文件傳輸?shù)姆绞皆诜?wù)器進行傳輸wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE102nnn/GSE102031/matrix/GSE102031_series_matrix.txt.gz（42M）

? ? 如果想要下載原始數(shù)據(jù)，可以點擊Download下面的下載鏈接進行下載，

? ? 還可以通過直接查找SRA編號—Send to—File—Runinfo下載csv表格，打開后有一個下載鏈接可以直接下載

也可以打開網(wǎng)址：Index of / (nih.go11111v)：

? ? 選擇geo—seris—要選的系列—GSE編號：

? ? 方法二：
通過加裝GEOquery包，使用GEOquery包可以得到對應(yīng)GEO的表達矩陣，注釋信息，樣本信息等。

?

options()$repos #翻墻

options("repos" c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#選擇鏡像

options()$BioC_mirror

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

library(GEOquery)

gset <- getGEO('GSE102031', ##GSE編號

destdir=".",

???????????????AnnotGPL = T, ????## 注釋文件

???????????????getGPL = T) ??????## 平臺文件