Rosetta 從頭蛋白抗體設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用

一.?從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)

教學(xué)目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。??

1?蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介

1.1?主鏈二面角與二級(jí)結(jié)構(gòu)

1.2?側(cè)鏈堆積與三級(jí)結(jié)構(gòu)

2?蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)介

2.1?蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的分類(lèi)及應(yīng)用

二.??Rosetta基礎(chǔ)?

三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、Linux和Python基礎(chǔ)

教學(xué)目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。?

3?Pose/mover/scorefunction

4?LINUX 入門(mén)命令

4.1?用戶屬組及權(quán)限 目錄文件屬性

4.2?LINUX基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量

4.3?shell常用命令練習(xí)

4.4?conda介紹

四．?結(jié)構(gòu)擾動(dòng)與結(jié)構(gòu)優(yōu)化

五．序列設(shè)計(jì)

PackRotamer和FastDesign

教學(xué)目標(biāo)：了解Rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和RosettaScript編寫(xiě)應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。

5.Minmover,????MC?Mover, Fastrelax mover

5.1?Movemap

6.RosettaScript組成和要素

6.1?Filter?ResidueSelector?

TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

六. 蛋白-蛋白對(duì)接基礎(chǔ)

??教學(xué)目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測(cè)手段。?

7?Translat和rotation mover

7.1?Low?resolution的全局搜索

7.2?High resolution的精細(xì)調(diào)整

7.3?FoldTree

七. 抗體設(shè)計(jì)

教學(xué)目標(biāo)：熟悉抗體模型預(yù)處理流程, 掌握RAbD常用命令?

8?抗體結(jié)構(gòu)文件的處理

8.1?PyIgClassify

8.2?抗體抗原對(duì)接模型

8.3?CDR區(qū)優(yōu)化

8.4?Framework區(qū)優(yōu)化

案例實(shí)踐：

?SSD和MSD設(shè)計(jì)任務(wù)

八. CartisenDDG 突變掃描?

九.?RosettaScript應(yīng)用

教學(xué)目標(biāo)：熟悉RosettaScript開(kāi)發(fā)流程，了解序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)原理，完成從頭蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的操作練習(xí)。?

9?序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)

9.1?Input和Output flags控制輸入輸出

9.2?CleanAtom結(jié)構(gòu)預(yù)處理

9.3?ROSETTACLASH.LOG和???RosettaCommons

9.4?ResFile等輔助文件

9.5?小改中改與大改

9.6?練習(xí)答疑

案例實(shí)踐：

?FastDesign設(shè)計(jì)任務(wù)

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