歐易生物生物信息分析——IGV快速上手教程
前不久，咱們給老師們介紹過(guò)基因表達(dá)可視化的多種實(shí)現(xiàn)方式，有windows操作的IGV，也有Linux環(huán)境下使用的工具。很快小歐在后臺(tái)收到很多老師的需求，希望有更詳細(xì)IGV教程。于是小歐馬不停蹄趕工出來(lái)，咱們一起來(lái)看看吧~
IGV介紹
1、簡(jiǎn)介：Integrative Genomics Viewer (IGV) 是一種高性能、易于使用的交互式工具，用于對(duì)基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化探索。它支持所有常見(jiàn)類型的基因組數(shù)據(jù)和metadata的靈活集成。
2、功能：IGV支持各種各式的大型數(shù)據(jù)集的可視化，包括二代測(cè)序，芯片測(cè)序數(shù)據(jù)和基因組數(shù)據(jù)等。例如，查看轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)不同區(qū)域的Reads豐度，不同樣本的基因表達(dá)差異，查找SNP位點(diǎn)，查看甲基化，查看基因結(jié)構(gòu)信息。
IGV 軟件安裝
官網(wǎng)下載即可，推薦使用內(nèi)置java版本,以方便安裝，如下圖：
IGV 有下載文件的需求，所以要通過(guò)網(wǎng)絡(luò)訪問(wèn)權(quán)限哦，然后根據(jù)提示一步步安裝即可。
下載好的IGV主窗口如下：
IGV軟件界面介紹
1、設(shè)置放大倍數(shù)，設(shè)置在5-8之間可以比較清晰的查看reads的分布狀況，也可以通過(guò)雙擊選中區(qū)域進(jìn)行放大；
2、Fa 文件欄，顯示物種的Fasta文件，也就是基因組文件;
3、Read coverage: reads的覆蓋度，準(zhǔn)確表現(xiàn)該次測(cè)序reads的覆蓋度；
4、樣品bam文件：本次測(cè)序的reads經(jīng)與參考基因組比對(duì)后的結(jié)果，可得到其在染色體上的分布情況；
5、Sequence：注釋文件的核酸序列信息；
6、GTF注釋文件的注釋信息，此列展示注釋文件中的基因及外顯子的信息
7、選擇參考基因組，IGV上已有一部分物種基因組。
8、可以選擇基因組染色體，是一條還是全部。
9、顯示特定位點(diǎn)或特定基因，可對(duì)關(guān)注的基因及基因集進(jìn)行直接搜索。
查看轉(zhuǎn)錄組的比對(duì)數(shù)據(jù)
1、導(dǎo)入基因組
既可以導(dǎo)入IGV自帶的參考基因組文件，也可以從本地導(dǎo)入已下載好的參考基因組文件。
導(dǎo)入IGV自帶的基因示例：
可在基因組選擇框中選擇自己數(shù)據(jù)對(duì)應(yīng)的基因組，或下拉框中輸入關(guān)鍵詞選擇對(duì)應(yīng)的基因
從本地導(dǎo)入已下載好的參考基因組示例：
從本地導(dǎo)入基因組文件的同一路徑，還要準(zhǔn)備好基因組的gtf注釋文件或者gff注釋文件，基因組文件通過(guò)Genomes→Load Genome from File... 加載，注釋文件需要通過(guò)File→ Load from File... 加載；加載注釋文件過(guò)程中會(huì)有提示需要建立gff文件的索引，可根據(jù)提示操作即可。
2、導(dǎo)入bam 文件
bam文件也是通過(guò)File→ Load from File... 加載，準(zhǔn)備bam文件時(shí)，要在相同目錄下同時(shí)存在bam.bai文件。
3、查看樣本的表達(dá)情況，可以通過(guò)不斷放大關(guān)注位點(diǎn)查看更多詳細(xì)信息。
注意:
要選擇自己對(duì)應(yīng)的參考基因組文件，且基因組文件較大，加載需要一定的時(shí)間。
選擇的基因組區(qū)域過(guò)大，reads覆蓋區(qū)會(huì)出現(xiàn)“Zoom in to see coverage” 的字樣，只需增加放大倍數(shù)即可。
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End本文系歐易生物原創(chuàng)
