一、MIMIC IV數(shù)據(jù)庫簡介

MIMIC數(shù)據(jù)庫就是一個可為臨床研究者提供臨床數(shù)據(jù)的利器。該數(shù)據(jù)庫于2003年在美國國立衛(wèi)生研究院的資助下，由美國麻省理工學(xué)院計算生理學(xué)實驗室、美國哈佛醫(yī)學(xué)院貝斯以色列女執(zhí)事醫(yī)療中心(Beth Israel Deaconess Medical Center，BIDMC)和飛利浦醫(yī)療公司共同建立。

研究者可根據(jù)一定的納排標(biāo)準(zhǔn)篩選感興趣患者的臨床信息，利用這些信息可進行后續(xù)的數(shù)據(jù)分析然后撰寫文章，通過數(shù)據(jù)收集與分析可作為發(fā)表sci論文的重要依據(jù)。另外，MIMIC是一個公開數(shù)據(jù)庫，所有患者的信息都經(jīng)過脫敏處理，發(fā)文不需要臨床倫理審查。

以下各類疾病都有涉及：

二、數(shù)據(jù)庫樣本量

MIMIC 數(shù)據(jù)庫目前已經(jīng)產(chǎn)生了MIMIC Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ三個版本 MIMIC數(shù)據(jù)庫包含了BIDMC所有內(nèi)外科ICU患者的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)團隊為保護患者隱私，對患者信息進行去標(biāo)識化處理，向全世界的研究人員免費開放。

MIMIC Ⅲ數(shù)據(jù)庫收集了BIDMC 2001年6月至2012年10月ICU收治的53423例成年患者數(shù)據(jù)和2001年至2008年收治的7870例新生兒重癥患者數(shù)據(jù)。

MIMIC Ⅳ數(shù)據(jù)庫在MIMIC Ⅲ的基礎(chǔ)上做了一些改進，包括數(shù)據(jù)更新和部分表格重構(gòu)，收集了 2008至2019年BIDMC收治的超過19萬名患者、45萬次住院記錄的臨床數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫記錄了患者的人口統(tǒng)計學(xué)信息、實驗室檢查、用藥情況、生命體征、手術(shù)操作、疾病診斷、藥物管理、隨訪生存狀態(tài)等詳細信息。

MIMIC Ⅳ數(shù)據(jù)庫主要有三類數(shù)據(jù)：

第一類是從EHR中提取的臨床數(shù)據(jù)，包括患者的人口統(tǒng)計學(xué)、疾病診斷、實驗室檢測、藥物治療、生命體征等。

第二類是ICU床旁監(jiān)護設(shè)備采集的波形數(shù)據(jù)、生命體征、液體管理和事件記錄，主要來自于IMDSoft MetaVision系統(tǒng)。

第三類是死亡隨訪數(shù)據(jù)，通過社會保險系統(tǒng)得到患者院外死亡的日期，作為MIMIC 數(shù)據(jù)庫的組成部分，這部分數(shù)據(jù)對研究患者的預(yù)后很重要。

三、 基本字段表述

患者入院信息， 以每次入院為單位記錄， 每條記錄有一個單獨的hadm_id, hospital_expire_flag只當(dāng)次住院是否院內(nèi)死亡， 部分院內(nèi)死亡患者沒有deathtime, 可能是數(shù)據(jù)庫本身問題

subject_id 每個患者有唯一的subject_id

hadm_id 患者的每一次入院會有一個唯一的hadm_id

transfer_id 患者每一次更換病房會有一個唯一的transfer_id

stay_id 在相同類型病房內(nèi)進行轉(zhuǎn)移，則會更新一個transfer_id，但會有相同的stay_id，例如用ICU中的一個病房轉(zhuǎn)移到另一個病房，則stay_id不變，transfer_id更新。?

所有id的分配都是隨機的，與時間先后無關(guān)。

date and time

后綴為date的，分辨率最低為天；后綴為timed的字段，分辨率最低為分鐘。

charttime and storetime：分別是測量的記錄時間與儲存時間。通常以charttime為準(zhǔn) d and icd 命名為d_開頭，為編碼表。d_icd開頭，為icd編碼表。icd結(jié)尾的表，為使用icd編碼的記錄表。

四、MIMIC-IV數(shù)據(jù)表說明

Tables

分為六個模塊，Core、Hosp、ICU、ED、CXR、Note

Core

Core模塊包含患者跟蹤數(shù)據(jù)。這里描述了人口統(tǒng)計、入院信息和住院病房轉(zhuǎn)院情況

admission?患者入院信息，以每次入院為單位記錄，每條記錄有一個單獨的hadm_id

patient?患者信息

transfers?病房轉(zhuǎn)移信息

Hosp

Hosp模塊涵蓋的信息包括實驗室測量，微生物學(xué)，藥物管理，和收費診斷等

d_icd_diagnoses 包含國際疾病分類(ICD)第9版和第10版的診斷代碼。icd_code一定要讀取為字符串，因為開頭為0是有意義的，若讀取為數(shù)值會有重復(fù)，如01622和1622代表不同疾病。

d_icd_diagnoses表

icd_code一定要讀取為字符串，因為開頭為0是有意義的，若讀取為數(shù)值會有重復(fù)

diagnoses_icd 患者診斷信息表。seq_num代表診斷的優(yōu)先級，序號越靠前越重要，而低優(yōu)先級的排序有時并不準(zhǔn)確

drgcodes 也是與診斷相關(guān)的表，使用DiagnosisRelatedGroup(DRG)code編碼 與diagnose表中的主要診斷相對應(yīng)。

d_icd_procedures

procedures_icd 患者住院期間的手術(shù)信息，包括在ICU期間的信息。

d_labitems 實驗室檢查定義表

labevents 病人實驗室檢查的記錄

prescriptions 處方數(shù)據(jù)，藥物數(shù)據(jù)

pharmacy 藥房數(shù)據(jù)表，以pharmacy_id字段與prescriptions表相關(guān)聯(lián)，相當(dāng)于對prescriptions表中各處方信息的補充。此外，還有微生物培養(yǎng)、收費、訂單等表格

ICU

包含從ICU內(nèi)使用的臨床信息系統(tǒng)收集的信息。記錄在案的數(shù)據(jù)包括靜脈給藥、呼吸機設(shè)置和其他圖表項目等。每個患者每次入院可能有多次icu，每次icu對應(yīng)一個stay_id

d_items 包含ICU內(nèi)發(fā)生的所有項目的編碼，通過itemid字段與ICU模塊內(nèi)的其他表格關(guān)聯(lián)。

ICU stays 入住ICU的時間信息

chartevents Chartevents包含了一個病人可用的所有圖表數(shù)據(jù)，有些lab數(shù)據(jù)與labevents表中的數(shù)據(jù)重復(fù)。

ED

急診信息，包含急診診斷，病人體征等信息。通過subject_id和hadm_id與其他模塊相連接。急診的患者如有hadm_id，則說明該患者住院治療。ed患者不一定住院，住院的患者也不一定從急診入院。

diagnosis table 診斷表為患者提供診斷列表。從急診科出院后確定診斷。

edstays table 急診科來訪的主要跟蹤表。它提供了病人進入急診科和離開急診科的時間

medrecon table 在進入急診室時，工作人員會詢問病人目前正在服用什么藥物。這個過程被稱為藥物協(xié)調(diào)，醫(yī)療檢查表存儲了護理人員的調(diào)查結(jié)果

pyxis table 提供了通過pyxis系統(tǒng)配制藥物的信息。

triage table 包含病人在急診室第一次分診時生命體征信息

vitalsign table 急診室收治的病人常規(guī)的生命體征需要1-4小時。這些生命體征保存在生命體征表中

vitalsign_hl7 table 急診收治的病人可通過遙測技術(shù)進行監(jiān)測。每分鐘的生命體征都被傳送到醫(yī)院的中央服務(wù)器，這些生命體征都被記錄在這里。

CXR

X光胸片文件，源數(shù)據(jù)是dicom格式，但也提供了jpg格式的下載。包含了胸片及影像學(xué)報告。值得注意的是，存在有影像的患者沒有住院記錄的情況。

cxr-record-list 影像列表

cxr-study-list 影響報告列表

mimic-cxr-2.0.0-chexpert 使用CheXpert labeler（基于影像學(xué)報告的非人工標(biāo)注，斯坦福與麻省理工合作）標(biāo)注了14個標(biāo)簽，標(biāo)簽如下表

mimic-cxr-2.0.0-split 提供了參考的訓(xùn)練集、驗證集、測試集劃分

Note

官方還未發(fā)布 (NOT PUBLICLY AVAILABLE): 所有文本報告，出院、超聲、心電、影像等報告

五、官網(wǎng)及數(shù)據(jù)庫下載網(wǎng)址

官方介紹見 MIMIC官方網(wǎng)站 : https://mimic.mit.edu/

MIMIC-IV 數(shù)據(jù)庫下載見 MIMIC-IV發(fā)布頁: https://physionet.org/content/mimiciv/1.0/

X光胸片dicom格式數(shù)據(jù)下載見 MMIC-CXR Database: https://physionet.org/content/mimic-cxr/2.0.0/

X光胸片JPG格式數(shù)據(jù)見 MIMIC-CXR-JPG：https://physionet.org/content/mimic-cxr-jpg/2.0.0/

急診數(shù)據(jù)見 MIMIC-IV-ED :?

https://physionet.org/content/mimic-iv-ed/1.0/

參考

MIMIC-IV, a freely accessible electronic health record dataset：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9810617/

Python 系列 – MIMIC-IV Demo 描述性統(tǒng)計：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9810617/

臨床數(shù)據(jù)庫挖掘（MIMIC、NHANES），醫(yī)學(xué)統(tǒng)計，醫(yī)療數(shù)據(jù)分析