1.增進(jìn)土壤肥力

　　這是微生物肥料的主要功能之一。例如，各種自生、聯(lián)合或共生固氮微生物肥料都能提高土壤中的氮含量。芽孢桿菌、假單胞菌等多種溶磷解鉀微生物的應(yīng)用，可以分解土壤中不溶性的磷、鉀，并將其轉(zhuǎn)化為可被作物吸收利用的磷、鉀化合物，使作物生長環(huán)境更加穩(wěn)定。中的營養(yǎng)素供應(yīng)增加一些微生物肥料的施用增加了土壤中的有機(jī)質(zhì)，提高了土壤的肥力。

　　2.改良土壤結(jié)構(gòu)

　　微生物還可以分泌和產(chǎn)生大量的胞外多糖，如莢膜多糖和肽聚糖。研究表明，這些有益微生物產(chǎn)生的糖類物質(zhì)占土壤有機(jī)質(zhì)的0.1%，它們能與植物根系分泌物和土壤膠體共同作用，形成土壤團(tuán)聚體。此外，它們還參與腐殖質(zhì)的形成，改善土壤理化性質(zhì)。

　　3.刺激作物生長發(fā)育

　　一些微生物肥料中的微生物還能分泌植物激素、維生素等，刺激和調(diào)節(jié)作物生長發(fā)育。例如，固氮菌能產(chǎn)生多種活性物質(zhì)(生長素、環(huán)己醇、泛酸、吡哆醇、硫胺素等)，在固氮菌的培養(yǎng)中能檢測到吲哚-3-乙酸。所有的熒光假單胞菌都能產(chǎn)生赤霉素和赤霉素樣物質(zhì)，部分菌株還能產(chǎn)生吲哚乙酸，少數(shù)菌株能合成生物素和泛酸。叢枝菌根真菌可誘導(dǎo)草場植物產(chǎn)生細(xì)胞分裂素(CTKs)，改變脫落酸(ABA)與赤霉素的比值。

　　4.改善作物品質(zhì)

　　許多微生物肥料可以提高作物品質(zhì)。根瘤菌固定的氮素可以轉(zhuǎn)運(yùn)到籽粒中，提高了豆科作物籽粒的蛋白質(zhì)含量。此外，在一些蔬菜上施用某些微生物肥料，可以增加維生素的含量，降低葉菜中的硝酸鹽含量，增加果蔬作物中的糖含量。

　　5.增強(qiáng)植物抗病(蟲)和抗逆性

　　一些微生物肥料中的微生物能產(chǎn)生抗牛物質(zhì)。可直接拮抗病原微生物。抑制它們的生長繁殖。產(chǎn)黃放線菌能分泌產(chǎn)生“5406”抗生素，對棉花黃萎病和枯萎病有一定的防治作用。此外，有益微生物定殖到作物根部后，大量生長繁殖，形成作物根際的優(yōu)勢菌群。通過占據(jù)營養(yǎng)資源和生存空間，它們對病原微生物具有競爭優(yōu)勢，從而抑制了這些有害微生物。植物的生長繁殖間接增強(qiáng)了植物的抗病能力。

　　6.減少化肥的使用量、提高肥料利用率

　　微生物肥料的使用可以減少化肥的使用量。由于微生物肥料可以提高土壤的養(yǎng)分含量，因此在土壤肥力水平相同的土壤上，可以減少化肥的施用量，達(dá)到同等的增產(chǎn)效果。微生物肥料對提高肥料利用率有顯著作用。根據(jù)作物類型、土壤類型和氣候條件，合理搭配微生物肥料和化學(xué)肥料，不僅能增加作物產(chǎn)量，還能提高肥料利用率。這不僅具有經(jīng)濟(jì)意義，而且具有生態(tài)環(huán)境保護(hù)的意義。除了以上的效果。微生物肥料還具有以下作用：施用后，不會造成作物中有害物質(zhì)的積累。對農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境無不良影響，有的還具有土壤凈化功能，減少土壤中有機(jī)質(zhì)的過度積累。如分解纖維素、木質(zhì)素等微生物肥料，能快速發(fā)酵城市生活垃圾和農(nóng)牧業(yè)有機(jī)廢棄物。