上篇中小云帶領(lǐng)小伙伴們解讀了Power圖和cluster dendrogram圖（聚類樹狀圖）（ps：沒有看到的朋友可以點(diǎn)擊文末鏈接觀看哦）

下面就繼續(xù)跟著小云看我們?cè)谏盼恼轮凶铌P(guān)注的WGCNA結(jié)果如——module-trait-relationship（模塊與表型特征關(guān)聯(lián)圖譜）和MM-GS相關(guān)性圖。（ps：結(jié)果圖解讀過程中會(huì)涉及到一些WGCNA分析中的關(guān)鍵術(shù)語，不理解術(shù)語的朋友可以點(diǎn)擊文末鏈接觀看WGCNA術(shù)語介紹文章）

p?Module-trait-relationship圖

n 先回顧下Module的意義，它本質(zhì)是高度內(nèi)連的基因集，模塊內(nèi)是高度相關(guān)的基因。在WGCNA分析中把基因聚類成模塊后，對(duì)每個(gè)模塊進(jìn)行了功能富集分析、模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析和模塊與樣本進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，分別可以去查找基因的功能特征，篩選出表型與性狀（比如腫瘤進(jìn)展、預(yù)后良好、轉(zhuǎn)移、xx疾病等）關(guān)聯(lián)較高的的模塊和查找樣本中特異表達(dá)基因。

Module-trait-realtionship是模塊與表型特征關(guān)聯(lián)圖譜，也是WGCNA中我們最關(guān)注的結(jié)果。橫坐標(biāo)是表型性狀（trait），上圖中顯示有兩個(gè)表型性狀，一個(gè)是Control，另一個(gè)是COVID-19?？v坐標(biāo)是對(duì)應(yīng)模塊，用每個(gè)模塊的特征基因（eigengene）來表示這個(gè)模塊（ps：回顧一下，eigengene代表的是每個(gè)模塊的第一主成分）。在上圖中有10個(gè)模塊，分別用不同顏色表示。格子代表橫坐標(biāo)的表型性狀和縱坐標(biāo)的每個(gè)模塊的相關(guān)性以及p-value值，黃的越深，越正相關(guān)；藍(lán)色越深，越負(fù)相關(guān)。最右邊的圖例，代表的是相關(guān)性，越接近1黃色越深，代表正相關(guān)，越接近-1藍(lán)色越深，代表負(fù)相關(guān)。根據(jù)上圖可以看出分析得到的10個(gè)模塊中，MEpink（r = 0.57，P = 4E?20）、MEtan（r = 0.33，P = 6E?07）與COVID-19的相關(guān)性較高。

p?MM-GS相關(guān)性圖

模塊與指定性狀的相關(guān)性我們已經(jīng)分析得到了，但是一個(gè)模塊通常有很多基因。我們?nèi)绾握业阶钕嚓P(guān)的基因呢？WGCNA通過GS和MM給出了一個(gè)合理的解決辦法。

首先我們將模塊中的每個(gè)基因與eigengenes進(jìn)行相關(guān)性分析，得到的結(jié)果就是module membership（MM）。當(dāng)結(jié)果越接近于0，則我們認(rèn)為該基因與其所在的模塊越不相關(guān)。而結(jié)果越接近于1或者-1，則我們認(rèn)為該基因與模塊基因高度正或負(fù)相關(guān)。此外，MM與模塊內(nèi)的連通性是高度相關(guān)的，所以高連通性的hub genes傾向于有更高的MM值。

模塊內(nèi)的基因，我們不僅想知道它與模塊的相關(guān)性，還想知道它與模塊對(duì)應(yīng)的性狀的相關(guān)性。于是WGCNA定義了一個(gè)新的變量GS (gene significance)，即計(jì)算模塊內(nèi)gene 與對(duì)應(yīng)性狀的顯著性。?

MM-GS相關(guān)性散點(diǎn)圖代表的是MM與GS的相關(guān)性，從上圖我們可以看到，GS和MM相關(guān)性很高（cor=0.79，p<1 × 10?200），這表明與性狀高度相關(guān)的基因，通常也是該性狀對(duì)應(yīng)模塊內(nèi)比較重要的基因。因此當(dāng)我們選擇感興趣的重要基因時(shí)，推薦選取散點(diǎn)圖右上角部分的基因。

本次WGCNA分析結(jié)果圖的分享就到這里啦，覺得有用的朋友可以碼住備用哦！

小云之聲

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