這次小云帶你學(xué)分子對(duì)接autodock的半柔性對(duì)接，進(jìn)行半柔性對(duì)接按照之前準(zhǔn)備的蛋白受體和配體文件，確定需要設(shè)定柔性的氨基酸(主要是在結(jié)合口袋附近的氨基酸。

傳統(tǒng)的分子對(duì)接中，通常假設(shè)分子是剛性的，即不考慮其內(nèi)部的柔性調(diào)整。然而，在許多生物分子的相互作用中，分子的構(gòu)象變化和柔性調(diào)整對(duì)于相互作用的準(zhǔn)確描述非常重要。

分子半柔性對(duì)接方法結(jié)合了剛性對(duì)接和柔性對(duì)接的優(yōu)點(diǎn)，允許其中一個(gè)分子在對(duì)接過(guò)程中保持柔性，而另一個(gè)分子則保持剛性。這種方法可以更準(zhǔn)確地描述分子之間的相互作用，尤其是在涉及柔性蛋白質(zhì)、配體和受體之間的相互作用時(shí)。

這里我們以配體小分子0.5nm內(nèi)的氨基酸為柔性flexible receptor?進(jìn)行對(duì)接。要將配體和受體文件預(yù)處理為PDBQT格式，可以使用一些分子對(duì)接軟件，如AutoDock Vina或Open Babel。以下是一個(gè)使用AutoDock Vina操作

準(zhǔn)備配體文件：將您的配體文件保存為PDB格式（例如，"ligand.pdb"）。準(zhǔn)備受體文件：將您的受體文件保存為PDB格式（例如，"receptor.pdb"）。

?Grid -> Macromolecule > Open

點(diǎn)擊確定，保存為文件名.pdbqt

pdbqt格式是'pdb'加'q'表示部分電荷，'t'表示AD4原子類(lèi)型。pdbqt file format，最后兩列是電荷和原子類(lèi)型

設(shè)定搜索空間（search space）

Grid -> Grid Box

搜索空間的中心為0, 0, 0 ，搜索空間的大小為16 X 16 X 16 ?3，搜索空間需覆蓋binding site，但需適當(dāng)，不可過(guò)大。

Ligand -> Input -> Open

設(shè)置客體分子的柔性

Ligand -> Torsion Tree -> Choose Torsions

點(diǎn)擊Done

Ligand -> Output -> Save as PDBQT保存為配體.pdbqt

flexible receptor

使用可視化軟件，選擇radius為5，以配體周?chē)?nm范圍的氨基酸被選中，

以下是將選中的Ctrl c到新建文件file里面的信息。

然后我們使用autoduck進(jìn)行分子對(duì)接前的柔性設(shè)置，首先構(gòu)建柔性部分flex.pdbqt和剛性rig.pdbqt。

我們選中之前查看到的所有氨基酸分子，如下設(shè)置完成后，報(bào)存為pdbqt文件。

分別保存Save Flexible PDBQT，Save Rigid PDBQT。

7查看幫助文檔

8創(chuàng)建配置文件：

創(chuàng)建一個(gè)文本文件，例如"config.txt"，并在其中指定對(duì)接的參數(shù)和設(shè)置。以下是一個(gè)示例配置文件的內(nèi)容：

示例，如上"receptor.pdb"是剛性受體文件的名稱(chēng)，"flex"是柔性受體的名稱(chēng)。"center_x"、"center_y"、"center_z"是定義對(duì)接計(jì)算框的中心坐標(biāo)，"size_x"、"size_y"、"size_z"是定義對(duì)接計(jì)算框的尺寸。

9運(yùn)行AutoDock Vina：

在命令行中執(zhí)行以下命令來(lái)運(yùn)行AutoDock Vina：

小云提示W(wǎng)in下可以win＋r輸入cmd打開(kāi)命令行哦

vina --config config.txt --out output.pdbqt

這將使用指定的配置文件運(yùn)行AutoDock Vina，并將輸出結(jié)果保存為PDBQT格式的文件"output.pdbqt"。

完成上述步驟后，您將獲得使用AutoDock Vina預(yù)處理的PDBQT格式的配體和受體文件，可用于后續(xù)的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)。您可以根據(jù)需要調(diào)整和優(yōu)化配置文件中的參數(shù)。

?PMV構(gòu)象展示

導(dǎo)入protein_rig.pdbqt，導(dǎo)入protein_flex.pdbqt，導(dǎo)入all.pdbqt，導(dǎo)入ligand.pdbqt

分子半柔性對(duì)接方法，可以更好地模擬和預(yù)測(cè)分子之間的相互作用，從而有助于藥物設(shè)計(jì)、酶底物相互作用研究等領(lǐng)域的科學(xué)研究。然而，該方法也需要考慮計(jì)算成本和計(jì)算復(fù)雜性，因?yàn)槿嵝哉{(diào)整可能需要較長(zhǎng)的計(jì)算時(shí)間和更高的計(jì)算資源。

下期將為你帶來(lái)更多分子對(duì)接的技巧。以下推薦一個(gè)生信多功能平臺(tái)。

云生信平臺(tái)鏈接：http://www.biocloudservice.com/home.html。

云生信平臺(tái)鏈接：http://www.biocloudservice.com/home.html。