本文的mdp文件選自gromacs官方教程。里面的參數(shù)只為了自己對gromcas有更深入的理解。

這里用的只是比較粗暴的谷歌翻譯。望大佬指正

ions.mdp

; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save

integrator? = steep? ? ? ? ?; 算法（陡峭=最速下降最小化）

emtol? ? ? ?= 1000.0? ? ? ? ;當最大力 < 1000.0 kJ/mol/nm 時停止最小化

emstep? ? ? = 0.01? ? ? ? ? ;最小化步長

nsteps? ? ? = 50000? ? ? ? ?; 要執(zhí)行的最大（最小化）步驟數(shù)

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions

nstlist? ? ? ? ?= 1? ? ? ? ?; 更新鄰居列表和遠程力場的頻率

cutoff-scheme = Verlet? ? ; 緩沖鄰區(qū)搜索

ns_type? ? ? ? ?= grid? ? ? ; 確定鄰居列表的方法（簡單、網(wǎng)格）

coulombtype? ? ?= cutoff? ? ; 長程靜電相互作用的處理

rcoulomb? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程靜電截止點

rvdw? ? ? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程范德瓦耳斯截止點

pbc? ? ? ? ? ? ?= xyz? ? ? ?; 所有三維空間的周期性邊界條件

nvt.mdp

title? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= OPLS Lysozyme NVT equilibration?

define? ? ? ? ? ? ? ? ? = -DPOSRES? ; position restrain the protein

; Run parameters

integrator? ? ? ? ? ? ? = md? ? ? ? ; leap-frog integrator

nsteps? ? ? ? ? ? ? ? ? = 50000? ? ?; 2 * 50000 = 100 ps

dt? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 0.002? ? ?; 2 fs

; Output control

nstxout? ? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 保存一次坐標

nstvout? ? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?;每 1.0 ps 保存一次速度

nstenergy? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 保存一次能量

nstlog? ? ? ? ? ? ? ? ? = 500? ? ? ?;每 1.0 ps 更新一次日志文件

; Bond parameters

continuation? ? ? ? ? ? = no? ? ? ? ; 首次動力學(xué)運行

constraint_algorithm? ? = lincs? ? ?; 整體性約束

constraints? ? ? ? ? ? ?= h-bonds? ?; 涉及 H 的鍵受到約束

lincs_iter? ? ? ? ? ? ? = 1? ? ? ? ?; LINCS的準確性

lincs_order? ? ? ? ? ? ?= 4? ? ? ? ?; 也和準確度有關(guān)

; Nonbonded settings?

cutoff-scheme? ? ? ? ? ?= Verlet? ? ; 緩沖鄰域搜索

ns_type? ? ? ? ? ? ? ? ?= grid? ? ? ; 搜索相鄰的網(wǎng)格單元

nstlist? ? ? ? ? ? ? ? ?= 10? ? ? ? ; 20 fs，與 Verlet 基本無關(guān)

rcoulomb? ? ? ? ? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程靜電截止點（單位：納米）

rvdw? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程范德瓦耳斯截止點（納米）

DispCorr? ? ? ? ? ? ? ? = EnerPres? ; 計算截止 vdW 方案

; Electrostatics

coulombtype? ? ? ? ? ? ?= PME? ? ? ?; 用于長距離靜電的粒子網(wǎng)格 Ewald

pme_order? ? ? ? ? ? ? ?= 4? ? ? ? ?; 立方插值

fourierspacing? ? ? ? ? = 0.16? ? ? ; FFT 的網(wǎng)格間距

; Temperature coupling is on

tcoupl? ? ? ? ? ? ? ? ? = V-rescale? ? ? ? ? ? ?; modified Berendsen thermostat

tc-grps? ? ? ? ? ? ? ? ?= Protein Non-Protein? ?; 兩個耦合組 - 更精確

tau_t? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 0.1? ? ?0.1? ? ? ? ? ?; 時間常數(shù)，單位為 ps

ref_t? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 300? ? ?300? ? ? ? ? ?; 參考溫度，每組一個，單位為K

; Pressure coupling is off

pcoupl? ? ? ? ? ? ? ? ? = no? ? ? ? ;NVT 無壓力耦合

; Periodic boundary conditions

pbc? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= xyz? ? ? ?; 3-D PBC

; Velocity generation

gen_vel? ? ? ? ? ? ? ? ?= yes? ? ? ?;根據(jù)麥克斯韋分布分配速度

gen_temp? ? ? ? ? ? ? ? = 300? ? ? ?; 麥克斯韋分布溫度

gen_seed? ? ? ? ? ? ? ? = -1? ? ? ? ; 生成一個隨機種子

npt.mdp

title? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= OPLS Lysozyme NPT equilibration?

define? ? ? ? ? ? ? ? ? = -DPOSRES? ; position restrain the protein

; Run parameters

integrator? ? ? ? ? ? ? = md? ? ? ? ; leap-frog integrator

nsteps? ? ? ? ? ? ? ? ? = 50000? ? ?; 2 * 50000 = 100 ps

dt? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 0.002? ? ?; 2 fs

; Output control

nstxout? ? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 保存一次坐標

nstvout? ? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 保存一次速度

nstenergy? ? ? ? ? ? ? ?= 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 保存一次能量

nstlog? ? ? ? ? ? ? ? ? = 500? ? ? ?; 每 1.0 ps 更新一次日志文件

; Bond parameters

continuation? ? ? ? ? ? = yes? ? ? ?;NVT 后重新啟動

constraint_algorithm? ? = lincs? ? ?; 整體性約束?

constraints? ? ? ? ? ? ?= h-bonds? ?; 涉及 H 的鍵受到約束

lincs_iter? ? ? ? ? ? ? = 1? ? ? ? ?; LINCS 的準確性

lincs_order? ? ? ? ? ? ?= 4? ? ? ? ?;也和準確度有關(guān)

; Nonbonded settings?

cutoff-scheme? ? ? ? ? ?= Verlet? ? ; 緩沖鄰區(qū)搜索

ns_type? ? ? ? ? ? ? ? ?= grid? ? ? ; 搜索鄰近網(wǎng)格單元

nstlist? ? ? ? ? ? ? ? ?= 10? ? ? ? ; 20 fs，與 Verlet 方案基本無關(guān)

rcoulomb? ? ? ? ? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程靜電截止（以納米為單位）

rvdw? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.0? ? ? ?; 短程范德瓦耳斯截止點（納米）

DispCorr? ? ? ? ? ? ? ? = EnerPres? ; 計算截止 vdW 方案

; Electrostatics

coulombtype? ? ? ? ? ? ?= PME? ? ? ?;用于長距離靜電的粒子網(wǎng)格 Ewald

pme_order? ? ? ? ? ? ? ?= 4? ? ? ? ?; 立方插值

fourierspacing? ? ? ? ? = 0.16? ? ? ; FFT 的網(wǎng)格間距

; Temperature coupling is on

tcoupl? ? ? ? ? ? ? ? ? = V-rescale? ? ? ? ? ? ?; 改進的 Berendsen 恒溫器

tc-grps? ? ? ? ? ? ? ? ?= Protein Non-Protein? ?;兩個耦合基團 - 更準確

tau_t? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 0.1? ? ?0.1? ? ? ? ? ?; 時間常數(shù)，單位為 ps

ref_t? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 300? ? ?300? ? ? ? ? ?; 參考溫度，每組一個，單位為K

; Pressure coupling is on

pcoupl? ? ? ? ? ? ? ? ? = Parrinello-Rahman? ? ?;NPT 壓力耦合

pcoupltype? ? ? ? ? ? ? = isotropic? ? ? ? ? ? ?; 盒向量的均勻縮放

tau_p? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 2.0? ? ? ? ? ? ? ? ? ?; 時間常數(shù)，單位為 ps

ref_p? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= 1.0? ? ? ? ? ? ? ? ? ?; 參考壓力，單位為 bar

compressibility? ? ? ? ?= 4.5e-5? ? ? ? ? ? ? ? ; 水的低溫壓縮性，bar^-1

refcoord_scaling? ? ? ? = com

; Periodic boundary conditions

pbc? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?= xyz? ? ? ?; 3-D PBC

; Velocity generation

gen_vel? ? ? ? ? ? ? ? ?= no? ? ? ? ; 速度生成關(guān)閉

一般來說，完整的gromacs流程包括：

生成蛋白結(jié)構(gòu)拓撲 ——> 定義容器并加水 ——> 給體系加離子 ——> 體系能量最小化 ——> nvt與npt平衡 ——> 正式的動力學(xué)模擬 ——> 模擬結(jié)果分析