到1207年3月約翰·梅薩里特斯去世時，君士坦丁堡的希臘社區(qū)仍然不確定如何運行。有些人將亨利皇帝視為教會贊助人和保護者，但隨著在教皇主持下建立東正教牧首區(qū)的事情未能取得任何進展，人們對其抱有一定程度的失望。另一種可能性是求助于尼西亞，狄奧多爾·拉斯卡里斯 (Theodore Laskaris) 在那里宣布自己為皇帝，從而建立了一個流亡的拜占庭政權(quán)。越來越多的精英，例如歷史學(xué)家尼基塔斯·霍尼亞提斯，被吸引到那里，但他們不一定受到歡迎?；裟醽喬崴箤δ嵛鱽喎矫孀畛醯慕哟罡惺?。當(dāng)?shù)厝撕推渌》菀粯?，對君士坦丁堡的精英階層沒什么好感。至于狄奧多爾·拉斯卡里斯，他正試圖確保他對小亞細(xì)亞西部的控制，并且不惜向教皇英諾森三世試探，他在1207年9月4日蒙費拉特的博尼法斯 (Boniface of Montferrat) 死后寫信給教皇。這封信沒有保存下來, 但它可以從日期為1208年-1210 年之間3月的教皇回信中得到重構(gòu)一部分。狄奧多爾給教皇寫了一封有些冗長的信，英諾森試圖將其簡化為幾個要點。狄奧多爾一開始就指責(zé)拉丁人叛教，因為他們發(fā)動了一場針對基督教民族的十字軍東征。由于君士坦丁堡的洗劫而褻瀆神明；因為他們沒有遵守停戰(zhàn)協(xié)議而作讓和約作廢。他請求教皇派遣使節(jié)代表他與亨利皇帝進行調(diào)解。他希望獲得后者對小亞細(xì)亞西部統(tǒng)治權(quán)力的承認(rèn)，這將涉及拉丁人從馬爾馬拉海岸的據(jù)點撤退。他還提議與拉丁帝國結(jié)盟以對抗塞爾柱人。否則，他威脅要與保加利亞統(tǒng)治者結(jié)盟對抗拉丁人。換句話說，當(dāng)君士坦丁堡再次受到保加利亞人的威脅時，狄奧多爾提出與拉丁人結(jié)盟，以換取后者承認(rèn)其小亞細(xì)亞獨立統(tǒng)治者的地位。

教皇向狄奧多爾保證，他曾譴責(zé)君士坦丁堡的拉丁人洗劫君士坦丁堡的殘暴行徑，但他仍然為這次征服辯護，稱其為上帝的作為，希臘教會將借此回歸羅馬。通過十字軍，希臘人因撕裂基督無縫的外衣而受到“上帝公正審判”的懲罰，是上帝將君士坦丁堡的帝國移交給了拉丁人。教皇建議狄奧多爾服從亨利皇帝的權(quán)威，并對作為圣彼得副手的教皇表現(xiàn)出應(yīng)有的忠誠。在后來寫給君士坦丁堡拉丁牧首的一封信中，英諾森三世提到了狄奧多爾對在拉丁帝國內(nèi)部地位的要求，但在這封寫給狄奧多爾·拉斯卡里斯的回信中并沒有被提及。有充分的理由假設(shè)教皇無意讓狄奧多爾得到滿意的答復(fù)并駁回他對帝國頭銜的要求，他堅持亨利是帝國的皇帝，這表明狄奧多爾在原信中提出了這個問題。然而，在英諾森的回復(fù)中沒有暗示狄奧多爾可能也提出了選舉新東正教牧首的問題，因為約翰十世·卡馬特洛斯已經(jīng)去世了。然而，有一點很清楚：此時狄奧多爾·拉斯卡里斯和其他希臘頭目愿意考慮在教皇的主持下重建拜占庭的政治和教會機構(gòu)，這當(dāng)然與尼西亞的宮廷息息相關(guān)。英諾森三世的答復(fù)表明，這種可能性不在他的計劃之內(nèi)，他堅持認(rèn)為希臘人必須服從拉丁帝國和拉丁主教區(qū)。

到狄奧多爾·拉斯卡里斯收到教皇的回信時——這不會在 1208 年初夏之前發(fā)生——事態(tài)已經(jīng)發(fā)生了變化。1208年3月20日，一名君士坦丁堡的東正教牧首被尼西亞方面選舉出來，他的第一個重要行動是在復(fù)活節(jié)的星期日加冕狄奧多爾·拉斯卡里斯為皇帝。該事件的重要性怎么強調(diào)都不過分。這意味著拜占庭帝國在流亡中的重建。不過，選舉新東正教大主教的倡議并非來自尼西亞宮廷，而是來自君士坦丁堡的東正教神職人員。1207年秋天，尼古拉斯·梅薩里特斯(Nicholas Mesarites) 被派往尼西亞，請求狄奧多爾·拉斯卡里斯召集他所在地區(qū)的主教和其他人員，以便他們可以著手選舉新的牧首。是什么引起了君士坦丁堡的神職人員親近尼西亞的狄奧多爾·拉斯卡里斯，這從未被透露過。那時可能已經(jīng)很清楚，亨利皇帝已經(jīng)撤回了他關(guān)于選舉新東正教牧首一事的支持。同樣，狄奧多爾·拉斯卡里斯對帝國皇帝頭銜的宣稱已經(jīng)開始變得不像過去那么隱晦了。尼古拉斯·梅薩里特斯對狄奧多爾·拉斯卡里斯的過度贊美表明，君士坦丁堡的東正教神職人員此前一直對拉斯卡里斯非常懷疑。

同樣，狄奧多爾為何對君士坦丁堡神職人員的做法做出積極回應(yīng)尚不清楚，因為就在狄奧多爾向英諾森三世發(fā)出一封信之前不久，信中提出了截然不同的優(yōu)先事項。一方面，亂世的當(dāng)務(wù)之急是生存——這對君士坦丁堡的精英來說尤其如此——另一方面，需要在新秩序中找到接納者。選舉新的東正教大主教是確保前者地位的最有效方式，同時為后者提供談判籌碼。狄奧多爾·拉斯卡里斯向安納托利亞(Anatolia)的主教發(fā)出命令，要求他們在四旬期的第三周（1208年3月2日至8日）舉行會議，以便他們可以繼續(xù)選舉新的東正教大主教，而尼古拉斯·梅薩里特斯 則帶著其他成員的邀請返回君士坦丁堡，如果可能的話，君士坦丁堡的東正教神職人員也將出席?；氐骄刻苟”ず?，梅薩里特斯發(fā)現(xiàn)一名拉丁間諜打探他的任務(wù)，并通知了威尼斯人，由于他害怕可能會被捕，并深深懷疑他可能會被其他希臘人背叛，他從君士坦丁堡溜走了，并前往尼西亞。

大會選擇米海爾·奧托雷亞諾斯 (Michael Autoreianos) 作為牧首。他之前曾是圣索菲亞的錢庫主管（grand sakellarios），因此是圣索菲亞最高級別的主官之一。君士坦丁堡淪陷后，他曾陪同老牧首流亡在外，但后來在普魯薩的奧林匹斯山上的一座修道院避難。他當(dāng)選為牧首的后果之一是君士坦丁堡的東正教高級教士遷移到尼西亞。例如，尼古拉斯·梅薩里特斯之后成為以弗所主教。另一個例子是狄奧多爾·埃雷尼科斯(Theodore Eirenikos)，他曾在阿萊克修斯三世 (Alexius III Angelus) 手下?lián)问紫?，他后來接替米海爾·奧托雷亞諾斯成為牧首，但當(dāng)尼基塔斯·霍尼亞提斯于1208年從尼西亞寫信給他時，稱他們被水所隔開，這一定意味著當(dāng)時埃雷尼科斯仍然居住在君士坦丁堡。新的東正教牧首的選舉是一個重要的變化，因為在此之前，盡管他們忠于自己的信仰，但君士坦丁堡希臘社區(qū)的領(lǐng)導(dǎo)人仍試圖接受新的拉丁體制。他們對在各省站穩(wěn)腳跟的抵抗運動頭目持懷疑的態(tài)度。狄奧多爾·拉斯卡里斯最初取得的皇帝頭銜意味著他是一個篡權(quán)者。一旦一位牧首在尼西亞就任，這一切都改變了。他的第一個重大行動是為狄奧多爾·拉斯卡里斯加冕為皇帝。這意味著拉斯卡里斯終于贏得了君士坦丁堡精英階層的認(rèn)可。這產(chǎn)生了影響深遠(yuǎn)的后果，新牧首支持狄奧多爾對抗拉丁人的斗爭，他還為所有在與西奧多的敵人戰(zhàn)斗中喪生的人進行赦罪。但這直接違背了東正教的教義，關(guān)于戰(zhàn)爭，教規(guī)認(rèn)為戰(zhàn)爭總是邪惡的，即使有時是必要的。牧首的行動將對抗拉丁人的戰(zhàn)爭變成了一場圣戰(zhàn)。

流亡尼西亞的東正教牧首區(qū)的復(fù)辟使君士坦丁堡的精英得以重新集結(jié)并恢復(fù)其話語權(quán)，它確保了這個階層以及拜占庭上層文化的生存。但這是一件有雙面意義的事情，對拜占庭思想界產(chǎn)生了重大影響。舊的理念取決于君士坦丁堡的不可侵犯性，那是新錫安和新羅馬。因此，它是拜占庭意識形態(tài)和身份認(rèn)同的核心。它的淪陷必須得到解釋。這可以從歷史學(xué)家尼基塔斯·霍尼亞提斯的作品中找到答案，他可能對最初在尼西亞受到的接待感到失望，但他很快發(fā)現(xiàn)拉斯卡里斯宮廷需要他作為演講家的天賦。他的演講可能在說服狄奧多爾·拉斯卡里斯按照君士坦丁堡教士的要求采取行動方面發(fā)揮了一定作用，為此他組織了東正教牧首的選舉。尼基塔斯撰寫了狄奧多爾·拉斯卡里斯于 1207年2月和1208年2月發(fā)表的四旬期演說，呼吁支持狄奧多爾·拉斯卡里斯。在1207年，人們只希望祈禱和齋戒能夠戰(zhàn)勝他的敵人。到1208年，人們已經(jīng)相信狄奧多爾將能夠收復(fù)君士坦丁堡，因為希臘人已經(jīng)為他們的罪孽贖罪，這被視為上帝的拉丁人派懲罰希臘人、使他們失去這座城市的原因。