Swissdock

SwissDock是瑞生物信息研究所分子建模小組開發(fā)的一項免費在線分子對接工具，用于進行蛋白質與小分子之間相互作用的模擬。它的網(wǎng)址是：

http://www.swissdock.ch/

SwissDock使用的分子對接算法叫EADock, 此算法是基于二面體空間的采樣，根據(jù)靶標蛋白和配體的性質，進行快速的計算。

SwissDock提供了一個直觀的圖形用戶界面，清楚地設置了用戶需要提供的輸入，使用非常方便。下面介紹該平臺的使用步驟：

1. 準備靶蛋白的pdb文件

平臺要求輸入靶蛋白的pdb結構文件，且移去其中的配體和非蛋白分子（如水分子）。蛋白的pdb文件可以從RSCB PDB 數(shù)據(jù)庫（https://www.rcsb.org/）下載，當有多個結構時，選擇分辨率更高的結構?？梢杂肞ymol軟件移去其中的配體（如果有的話）和非蛋白分子，再保存為pdb后綴的文件

2. 準備小分子的mol2文件

可以從PubChem數(shù)據(jù)庫（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）下載小分子結構的sdf文件（或者用ChemDraw畫出），然后用OpenBabel軟件轉化成mol2格式。

3. 在SwissDock網(wǎng)站分別上傳靶蛋白和小分子的結構文件，輸入該工作的命名，點擊submit即可

這里以人類雄激素受體（androgen receptor）與醋酸環(huán)丙氯地孕酮（cyproterone acetate）的分子對接為例，示范該平臺的使用。

（1）從RSCB PDB 數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)下載androgen receptor的晶體結構文件2OZ7.pdb, 該文件是androgen receptor與cyproterone acetate結合后的晶體結構。

（2）用Pymol軟件移去2OZ7中的配體分子和水分子，保存為2OZ7_protein.pdb.

操作步驟如下：

打開文件：

選擇配體：

移去配體：

選擇并移去水分子：

保存文件：

（3）從PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下載cyproterone acetate的sdf文件

（4）用OpenBabel軟件將其轉化為mol2格式，保存為cyproterone_acetate.mol2

（5）在SwissDock網(wǎng)站(http://www.swissdock.ch/)分別上傳靶蛋白和小分子的結構文件，輸入該工作的命名2OZ7，點擊submit.見下圖：

(6) 約10分鐘，對接結束，出現(xiàn)以下界面：

點擊“here”, 進入結果頁面如下。其中每行是小分子的一個pose,點擊每行前面的“show”，就出現(xiàn)該小分子以該pose與蛋白的結合圖。見下圖。

也可以下載結果文件，見下圖：

參考文獻：

1. Grosdidier A, Zoete V, Michielin O., SwissDock,a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic AcidsRes. 2011 Jul;39(Web Server issue):W270-7.

2. Grosdidier A,Zoete V, Michielin O., Fastdocking using the CHARMM force field with EADock DSS. JComput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.J Comput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.