不知有沒(méi)有小伙伴有這樣的感覺(jué)，對(duì)于單基因分析的高分文章，好像給人一種研究得很深入的感覺(jué)，畢竟朝著一個(gè)方向鉆，還能發(fā)到好文章，這的確是有點(diǎn)價(jià)值的，在臨床上能給出較為指導(dǎo)意義的方向！所以很多專(zhuān)家們往往在某個(gè)通路上，針對(duì)相應(yīng)的基因深入研究，往往也獲得了不小的成就！這也是科研人的鉆研精神，具體到文章上，我們今天就來(lái)好好學(xué)學(xué)這種套路。? 臨床數(shù)據(jù)的二次分析，具有大數(shù)據(jù)規(guī)模的特點(diǎn)，前人在這個(gè)方向上也提出了很多的值得參考的分析結(jié)果，但是這挖掘的還不夠，要在這項(xiàng)大規(guī)模數(shù)據(jù)中找到規(guī)律，總結(jié)出更為精細(xì)的結(jié)論就顯得無(wú)比有意義了！所以今天小云帶來(lái)的這篇文章，是研究三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白A1（ABCA1）這個(gè)單基因的遺傳變異與年齡相關(guān)性黃斑變性（AMD）的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)系，該基因是一種膽固醇轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，可將膽固醇轉(zhuǎn)運(yùn)至貧脂載脂蛋白上，有研究報(bào)道ABCA1中的內(nèi)含子變異與AMD風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。因此，作者從這個(gè)角度出發(fā)，納入臨床公共數(shù)據(jù)，利用加權(quán)等位基因評(píng)分評(píng)估AMD的風(fēng)險(xiǎn)，最后在敏感性分析中，從多個(gè)角度（單一基因變異、中介分析、相關(guān)性分析）進(jìn)行驗(yàn)證，使得風(fēng)險(xiǎn)關(guān)系數(shù)據(jù)可靠！這樣的研究思路還是很贊的，不得不說(shuō)臨床數(shù)據(jù)二次分析真的是屢試不爽??！復(fù)現(xiàn)價(jià)值也高！

(ps：不知道怎么創(chuàng)新的小伙伴可以來(lái)找小云！這里有新鮮出爐的生信熱點(diǎn)方向，還有一大波的可復(fù)現(xiàn)的創(chuàng)新思路，感興趣的直接來(lái)后臺(tái)找我噢！)。

題目：三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白A1的遺傳變異與年齡相關(guān)性黃斑變性的風(fēng)險(xiǎn) 雜志：

European Journal of Epidemiology

影響因子：IF=13.6006

發(fā)表時(shí)間：2023年6月19日

研究背景

年齡相關(guān)性黃斑變性(AMD)是一種視網(wǎng)膜疾病，其特征是富含脂質(zhì)的沉積物，積聚在視網(wǎng)膜色素上皮(RPE)的基底層下方，導(dǎo)致中央視力喪失。研究表明，除年齡外，遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素對(duì)AMD風(fēng)險(xiǎn)也有顯著影響，包括參與脂質(zhì)代謝的基因、膽固醇酯轉(zhuǎn)移蛋白基因（CETP）、肝脂肪酶基因（LIPC）、載脂蛋白E基因（APOE）和三磷酸腺苷結(jié)合盒轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白A1（ABCA1）基因。這些基因均參與高密度脂蛋白（HDL）膽固醇的代謝，然而，這些基因參與AMD發(fā)病機(jī)制的確切機(jī)制仍不清楚。ABCA1是一種膽固醇轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，可將膽固醇轉(zhuǎn)運(yùn)至貧脂載脂蛋白上，GWAS研究報(bào)道ABCA1中的內(nèi)含子變異與AMD風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。故這項(xiàng)研究探討ABCA1的遺傳變異與AMD的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)系。

數(shù)據(jù)來(lái)源

納入了兩項(xiàng)丹麥普通人群前瞻性隊(duì)列研究數(shù)據(jù)，哥本哈根城市心臟研究（CCHS，n=9584）和哥本哈根普通人群研究（CGPS，n=80972）。 對(duì)所有90556名個(gè)體進(jìn)行ABCA1中14個(gè)氨基酸變化變異體的基因分型：rs145183203、rs2230806、rs9282543、rs2066718、rs35819696、rs138880920、rs2066715、rs2066714、rs1422877738、rs33918808、rs76881554、rs2230808、rs146292819和rs142688906。選擇這14個(gè)變體是因?yàn)樗鼈儼l(fā)生氨基酸變化并且具有高于0.001的次要等位基因頻率。 協(xié)變量：動(dòng)脈粥樣硬化性心血管疾病和AMD的危險(xiǎn)因素（年齡、性別、吸煙狀況、飲酒、降脂治療的使用、糖尿病、高血壓、體重指數(shù)、缺乏身體活動(dòng)、教育程度、絕經(jīng)后狀態(tài)和激素替代治療）。

研究思路

作者納入兩項(xiàng)大規(guī)模前瞻性隊(duì)列研究數(shù)據(jù)，首先按HDL膽固醇加權(quán)的ABCA1等位基因評(píng)分三分位數(shù)劃分研究參與者的基線特征，然后根據(jù)隨訪數(shù)據(jù)，探討AMD風(fēng)險(xiǎn)與ABCA1加權(quán)等位基因評(píng)分的關(guān)系；隨后再利用加權(quán)等位基因的分?jǐn)?shù)評(píng)估AMD的風(fēng)險(xiǎn)，最后，作者在敏感性驗(yàn)證分析中，應(yīng)用多變量調(diào)整Cox模型、中介分析以及多元線性回歸等將ABCA1基因變異與AMD風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行再一次的佐證。

主要結(jié)果

表1顯示了按HDL膽固醇加權(quán)的ABCA1等位基因評(píng)分三分位數(shù)劃分的研究參與者的基線特征。在ABCA1等位基因分?jǐn)?shù)的第一個(gè)三位數(shù)(參考)中，高密度脂蛋白膽固醇的平均(標(biāo)準(zhǔn)差)為1.59mmol/L(0.50)，在第二個(gè)三位數(shù)中(高1.8%)，在第二個(gè)三位數(shù)中(高出1.8%)，在第三個(gè)三位數(shù)(高出3.6%)中，高密度脂蛋白膽固醇的平均(標(biāo)準(zhǔn)誤)為1.62mmoL/L(0.51)。在允許12次多重比較后(所需的p值0.05/12=0.004)，沒(méi)有一個(gè)潛在的混雜因素與ABCA1等位基因得分相關(guān)。隊(duì)列和加權(quán)等位基因得分在預(yù)測(cè)AMD風(fēng)險(xiǎn)方面沒(méi)有交互作用(交互作用P=0.49)。因此，對(duì)整篇論文中結(jié)合的隊(duì)列進(jìn)行了分析。

表1?按HDL膽固醇加權(quán)等位基因評(píng)分三分位組劃分的研究參與者特征

1. AMD風(fēng)險(xiǎn)與ABCA1加權(quán)等位基因評(píng)分的關(guān)系

在平均10年的隨訪期中，1512人發(fā)展為全原因AMD，874人發(fā)展為非新生血管性AMD，1064人發(fā)展為新生血管性AMD。ABCA1等位基因評(píng)分前三位的多變量調(diào)整危險(xiǎn)比(?)分別為1.13(1.00hrs1.28)和1.30(1.14?1.49)(圖1，B組頂部；P為趨勢(shì)<0.001)。非新生血管性AMD的HR值分別為1.14(0.97?1.34)和1.26(1.06?1.50)(圖1，B組中部，P=0.01)，新生血管性AMD的HR分別為1.07(0.93?1.24)和1.31(1.12?1.53)(圖1，B組底部，P為趨勢(shì)=0.001)。 當(dāng)進(jìn)一步調(diào)整APOE、CETP和LIPC基因型時(shí)，結(jié)果是相似的(圖1，面板C)。當(dāng)使用外部重量時(shí)，結(jié)果也是相似的。最后，在進(jìn)一步調(diào)整血漿低密度脂蛋白和總膽固醇濃度和進(jìn)一步調(diào)整皮膚癌作為廣泛日曬替代指標(biāo)時(shí)，結(jié)果是相似的。

圖1?AMD風(fēng)險(xiǎn)與ABCA1加權(quán)等位基因評(píng)分有關(guān)

2. AMD風(fēng)險(xiǎn)作為ABCA1加權(quán)等位基因評(píng)分在連續(xù)尺度上的函數(shù)

在使用限制性三次樣條法的連續(xù)尺度上，在年齡和性別調(diào)整以及多變量調(diào)整的模型中，加權(quán)等位基因分?jǐn)?shù)越高，因此遺傳決定的高密度脂蛋白膽固醇水平越高，患AMD、非新生血管性AMD和新生血管性AMD的風(fēng)險(xiǎn)越高(圖2)。

圖2?AMD風(fēng)險(xiǎn)作為ABCA1加權(quán)等位基因評(píng)分在連續(xù)尺度上的函數(shù)

3.?在其他危險(xiǎn)因素的不同層次中，ABCA1加權(quán)等位基因得分每高1分的AMD風(fēng)險(xiǎn)

在其他危險(xiǎn)因素的不同層次中，AMD的風(fēng)險(xiǎn)相似(協(xié)變量之間交互作用的所有p值和AMD風(fēng)險(xiǎn)的加權(quán)等位基因得分≥為0.10)(圖3)。正如預(yù)期的那樣，在一些亞組中，HR的幾個(gè)95%的可信區(qū)間重疊在1.0，包括那些個(gè)體數(shù)量和AMD事件最少的亞組，這可能是因?yàn)檫@些亞組的統(tǒng)計(jì)能力有限。圖3?AMD風(fēng)險(xiǎn)每增加1個(gè)ABCA1加權(quán)等位基因得分三分之在其他危險(xiǎn)因素的不同層級(jí)

4.?敏感度分析

（1）脂質(zhì)、脂蛋白和載脂蛋白的血漿濃度

作者還研究了ABCA1中氨基酸改變的遺傳變異與血漿脂質(zhì)、脂蛋白和載脂蛋白濃度的關(guān)系，為基于與HDL膽固醇相關(guān)的九種變異的加權(quán)等位基因評(píng)分的三分位數(shù)，獲得了CGPS和CCHS中基因分型的14個(gè)變體中的每一個(gè)的結(jié)果。與第一三分位數(shù)的個(gè)體相比，第二三分位數(shù)的HDL膽固醇高1.8%（1.2mg/dL；0.03mmol/L），而第二三分位數(shù)的HDL膽固醇高3.6%（2.3mg/dL；0.06mmol/L）。第三個(gè)三分位數(shù)（趨勢(shì)P<0.001）；決定系數(shù)為0.2%，F(xiàn)值為191。載脂蛋白A1的相應(yīng)值分別為1.3%(2mg/dL)和2.5%(4mg/dL)（趨勢(shì)P<0.001），系數(shù)為測(cè)定結(jié)果為0.2%，F(xiàn)值為153。血漿總膽固醇相應(yīng)的輕微增加可以用HDL膽固醇增加來(lái)解釋?zhuān)驗(yàn)長(zhǎng)DL膽固醇、載脂蛋白B和非HDL膽固醇不受ABCA1等位基因評(píng)分三分位數(shù)的影響。

（2）單一基因變異

作者還計(jì)算了HDL加權(quán)等位基因得分的單個(gè)等位基因權(quán)重，獲得了每個(gè)ABCA1變異的全因AMD風(fēng)險(xiǎn)。這些分析強(qiáng)調(diào)了每個(gè)變異對(duì)總體加權(quán)等位基因評(píng)分和AMD總體風(fēng)險(xiǎn)的貢獻(xiàn)。結(jié)果與主要結(jié)果一致。

（3）中介分析

在中介分析中，ABCA1的遺傳變異導(dǎo)致所有AMD風(fēng)險(xiǎn)增加的6%（3-14%）、非新生血管性AMD風(fēng)險(xiǎn)增加的8%（3-30%）和6%（3-17%）高密度脂蛋白膽固醇升高會(huì)增加新生血管性AMD的風(fēng)險(xiǎn)。

（4）相關(guān)性分析

較高的血漿LDL膽固醇濃度與較低的血漿HDL膽固醇濃度相關(guān)，r平方為0.17。血漿總膽固醇濃度與較高濃度的血漿HDL膽固醇濃度相關(guān)，r平方為0.16。

文章小結(jié)

這項(xiàng)研究的優(yōu)點(diǎn)：一是作者納入了來(lái)自一般人群的大量同質(zhì)樣本、在個(gè)體參與者層面上全面描述AMD風(fēng)險(xiǎn)因素以及前瞻性研究設(shè)計(jì)；二是對(duì)AMD重要風(fēng)險(xiǎn)因素的調(diào)整以及對(duì)其他重要風(fēng)險(xiǎn)基因的額外調(diào)整。與之前的研究不同，這項(xiàng)研究探討了ABCA1中跨越該基因整個(gè)蛋白質(zhì)編碼部分的幾個(gè)氨基酸改變變體！這樣的公共數(shù)據(jù)挖掘分析，其實(shí)套路已經(jīng)很明顯了，錨定一個(gè)單基因作為潛在風(fēng)險(xiǎn)因子，挖掘公共數(shù)據(jù)庫(kù)，從風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)性上做生信分析，也可得到很好的臨床價(jià)值，復(fù)現(xiàn)思路很大哦！結(jié)合自己的疾病，找準(zhǔn)基因，我們也可以很容易干它一篇出來(lái)呢！有想法的小伙伴可以聯(lián)系小云獲取思路喲！